LIPG表达上调及功能验证
确定LIPG是否在HBV阳性细胞中高表达并影响HBV感染。
通过单细胞转录组分析发现LIPG在HBV阳性HC1细胞中上调;用LIPG shRNA转导HC1和PXB细胞,检测LIPG表达水平以及HBV DNA、cccDNA和pgRNA水平。
Functional involvement of endothelial lipase in hepatitis B virus infection.
包含体外细胞系(HC1、HepG2-NTCP-C4、Huh7-NTCP-YFP等)、人源化小鼠肝细胞(PXB细胞)、患者肝组织样本等多种模型,并进行了基因敲低/敲除、过表达、突变体、抑制剂、免疫共沉淀、HiBiT结合实验等机制验证和功能验证。
HC1细胞 人源化肝脏嵌合小鼠来源的肝细胞(PXB细胞) HepG2-NTCP-C4细胞 Huh7-NTCP-YFP细胞
LIPG表达水平(mRNA和蛋白) shRNA或siRNA介导的LIPG敲低 LIPG抑制剂的浓度和处理时间 肝素和肝素酶处理 HBV吸附和感染时间的设置
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定LIPG是否在HBV阳性细胞中高表达并影响HBV感染。
通过单细胞转录组分析发现LIPG在HBV阳性HC1细胞中上调;用LIPG shRNA转导HC1和PXB细胞,检测LIPG表达水平以及HBV DNA、cccDNA和pgRNA水平。
验证LIPG是否影响HBV与宿主细胞的附着。
在HepG2-NTCP-C4-LIPG细胞中过表达LIPG,在Huh7-NTCP-YFP细胞中用siRNA敲低LIPG或使用LIPG KO细胞,并采用肝素/肝素酶处理,进行HBV附着实验。
验证LIPG是否与HBV表面蛋白直接结合。
在Huh7细胞中共表达HA标记的LIPG和Flag标记的LHBs(或MHBs/SHBs/preS1肽),进行免疫共沉淀和超分辨显微镜观察共定位。
验证LIPG是否增加HBV与HSPGs的结合。
使用HiBiT-HBVcc和ELISA板的HSPGs捕获系统,加入重组LIPG蛋白或使用过表达LIPG的细胞裂解液,检测HiBiT活性。
验证LIPG是否影响preS1区域与NTCP的结合。
使用荧光标记的preS1探针(2-48aa)与Huh7-NTCP-YFP细胞或LIPG KO细胞结合,在有无肝素或Myrcludex B条件下检测荧光信号。
验证LIPG的脂肪酶活性是否参与HBV附着。
使用LIPG抑制剂(GSK-264220A和orlistat)处理Huh7-NTCP-YFP细胞,并进行HBV附着实验;同时过表达野生型LIPG或酶活性缺陷突变体(R330A和N393A),检测HBV附着。
评估长期抑制LIPG是否减少HBV复制,以及其与恩替卡韦联合的效果。
PXB细胞转导LIPG或对照shRNA,感染HBV后培养4周,部分加入ETV,检测LIPG表达、cccDNA和pgRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PXB细胞(人源化肝脏嵌合小鼠来源的肝细胞) | PhoenixBio | -- | |
| 细胞转染 | FuGENE-HD转染试剂 | Promega | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| CRISPR基因敲除 | LIPG sgRNA(CRISPR677191_SGM) | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Cas9蛋白 | Takara Bio | -- | |
| GenomONE-GE转染试剂 | Ishihara Sangyo | -- | |
| 药物处理 | 肝素 | R&D Systems | -- |
| 肝素酶 | R&D Systems | -- | |
| 奥利司他 | R&D Systems | -- | |
| 恩替卡韦 | R&D Systems | -- | |
| GSK-264220A | Tocris Bioscience | -- | |
| Myrcludex B | Cosmo Bio | -- | |
| Western blot | 抗DYKDDDDK (FLAG)抗体 | Cell Signaling Technology | #14793 |
| 抗ACTB抗体 | Cell Signaling Technology | #4970 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | #5147 | |
| 抗LIPG抗体 | Abcam | ab24447 | |
| 免疫荧光 | 抗GFP抗体 | Thermo Fisher Scientific | A-11122 |
| 抗HBV核心抗体 | Austral Biologicals | HBP-023-9 | |
| 抗HBV preS1抗体 | GenScript | -- | |
| ELISA | LIPG ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS2501814 |
| DNA提取 | DNeasy Blood & Tissue试剂盒 | QIAGEN | -- |
| DNA处理 | T5核酸外切酶 | New England BioLabs | -- |
| qPCR | qPCR预混液 | Nippon Gene | -- |
| RNA提取 | GenElute哺乳动物总RNA小提试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| cDNA合成 | High-Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| qRT-PCR | 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 蛋白裂解 | RIPA裂解液 | EMD Millipore | -- |
| Complete蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Applied Science | -- | |
| 蛋白分级 | EzSubcell提取试剂盒 | ATTO | -- |
| Western blot | Blocking One封闭液 | Nacalai Tesque | -- |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein G Mag Sepharose磁珠 | GE Healthcare | -- |
| 免疫荧光 | PLUS防淬灭封片剂(含DAPI) | Vector Laboratories | -- |
| HiBiT检测 | Nano Glo HiBiT裂解检测系统 | Promega | -- |
| GloMax-Multi+多功能检测系统 | Promega | -- | |
| HiBiT实验 | 人硫酸乙酰肝素ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 重组人LIPG蛋白 | Abcam | -- | |
| 统计分析 | Prism 7软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LIPG表达与HBV感染实验 | 细胞系(HC1、PXB等)、LIPG shRNA序列、转导时间和MOI、HBV感染复数(MOI)和感染时间 阅读提示:Methods: Knockdown (KD) of LIPG by shRNA, 图1C-E |
| HBV附着实验 | 细胞类型(HepG2-NTCP-C4, Huh7-NTCP-YFP)、LIPG过表达或敲低状态、HBV吸附时间(1小时)和温度(4°C)、肝素/肝素酶浓度和处理时间、培养基更换条件 阅读提示:Methods: Cell lines, 图2C-D, 图3A-E |
| preS1探针结合实验 | Huh7-NTCP-YFP或LIPG KO细胞、TAMRA标记的preS1探针浓度(40 nM)、孵育时间(30分钟)和温度(37°C)、肝素或Myrcludex B浓度 阅读提示:Methods: PreS1 binding assay, 图6 |
| HiBiT结合实验 | HSPGs来源(细胞裂解液)、重组LIPG蛋白浓度(100 μg/well)、HiBiT-HBVcc拷贝数(10,000拷贝)、孵育时间(90分钟)和温度(37°C) 阅读提示:Methods: Establishment of the HiBiT assay system, 图5 |
| LIPG脂肪酶活性实验 | LIPG抑制剂(GSK-264220A和orlistat)的使用浓度和处理时间(1小时或2天) 阅读提示:Methods: Reagents and antibodies, 图7 |
| 长期LIPG抑制实验 | PXB细胞培养条件、shRNA转导效率、ETV浓度和给药时间、HBV感染时间(4周) 阅读提示:Methods: Cell lines, 图8E-H |