患者队列分析
评估CCN2表达与NAFLD纤维化阶段的相关性
分析GEO数据集GSE49541中40例轻度纤维化(F0-F1)和32例晚期纤维化(F3-F4)NAFLD患者的肝脏CCN2表达,以及CCN2与Col1A1、Col1A2、Col3A1、αSMA的相关性。
Production, Exacerbating Effect, and EV-Mediated Transcription of Hepatic CCN2 in NASH: Implications for Diagnosis and Therapy of NASH Fibrosis.
包含患者队列数据分析、两种转基因小鼠模型(CCN2-EGFP报告鼠、Alb-CCN2过表达鼠)的体内实验、体外细胞实验(肝细胞、星状细胞)及EV功能研究,验证了CCN2的表达、定位及功能。
NAFLD患者队列(GSE49541,F0-F1 vs F3-F4) CCN2-EGFP报告小鼠(瑞士Webster) Alb-CCN2转基因小鼠(Balb/c) HepG2肝细胞和LX2人肝星状细胞
CCN2在NAFLD患者F3-F4纤维化阶段表达显著升高,且与Col1A1、Col1A2、Col3A1、αSMA表达正相关 CDAA-HF饮食喂养7周可诱导小鼠NASH样纤维化,CCN2表达显著升高 CCN2-EGFP报告小鼠显示CCN2主要表达于活化HSC和血管平滑肌细胞/成纤维细胞 Alb-CCN2转基因小鼠在CDAA-HF饮食下胶原沉积和αSMA表达加剧 棕榈酸处理的HepG2细胞产生的EV诱导LX2细胞CCN2、Col1A1、αSMA表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CCN2表达与NAFLD纤维化阶段的相关性
分析GEO数据集GSE49541中40例轻度纤维化(F0-F1)和32例晚期纤维化(F3-F4)NAFLD患者的肝脏CCN2表达,以及CCN2与Col1A1、Col1A2、Col3A1、αSMA的相关性。
在体内验证CCN2在NASH纤维化中的表达和功能
瑞士Webster WT或CCN2-EGFP报告小鼠喂食对照或CDAA-HF饮食长达7周,分析肝组织学、血清ALT、CCN2、Col1A1、αSMA表达;并喂食Alb-CCN2转基因和WT Balb/c小鼠,评估纤维化程度。
确定CCN2在正常和NASH肝脏中的细胞来源
使用CCN2-EGFP报告小鼠肝脏切片进行免疫荧光共染,检测EGFP/CCN2与细胞标记物(HNF4α、CK19、LYVE1、desmin、αSMA、collagen I、F4/80、CD45)的共定位。
验证肝细胞来源的EV是否诱导HSC中CCN2表达
用PA(200μM)或BSA(33μM)处理HepG2细胞48小时,收集条件培养基,通过差速离心纯化EV,用NTA和BCA表征,然后处理LX2细胞(10 μg/mL EV,48小时),通过RT-qPCR检测CCN2、Col1A1、αSMA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | CDAA-HF饲料 | Research Diets Inc. | A06071302 |
| 对照饲料 | Inotiv | 2020X | |
| 组织学 | 天狼星红 | Sigma-Aldrich | -- |
| 免疫荧光 | 抗F4/80抗体 | Cell Signaling | 70076S |
| 抗CD45抗体 | Cell Signaling | 70257S | |
| 抗αSMA抗体 | Thermo Fisher Scientific | A700-082-T | |
| 抗EGFP抗体 | Takara Bio | 632375 | |
| 抗CCN2抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-31420 | |
| 抗desmin抗体 | Invitrogen | 50-9747-80 | |
| 抗LYVE1抗体 | Cell Signaling | 67538 | |
| 抗HNF4α抗体 | Abclonal | A20865 | |
| 抗CES1抗体 | Abcam | ab45957 | |
| 抗CK19抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank | TROMA-III | |
| 抗I型胶原抗体 | Abcam | ab34710 | |
| Alexa Fluor二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 肝功能检测 | ALT检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 葡萄糖检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K234-M | |
| EV分离与表征 | 棕榈酸 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白(BSA) | -- | -- | |
| HepG2细胞系 | American Type Culture Collection | HB-8065 | |
| 杜氏磷酸盐缓冲液(DPBS) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | miRNeasy微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- |
| Eppendorf Mastercycler系统 | Eppendorf | -- | |
| Bio-Rad CFX Connect实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 图像分析 | ImageJ | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列分析 | GSE49541数据集,样本分组(F0-F1 n=40,F3-F4 n=32),CCN2表达与纤维化基因相关性,统计方法(Benjamini-Hochberg校正,FDR=5%) 阅读提示:Methods 4.5,图1A-E |
| 小鼠NASH模型 | 小鼠品系(瑞士Webster或Balb/c)、性别(雄性)、年龄(8周)、每组数量(n=5)、饮食(CDAA-HF vs control)、喂食时长(3,7周或8周)、血清采集方法、肝脏采集方法 阅读提示:Methods 4.1,图1F-K |
| CCN2定位实验 | 报告小鼠类型(CCN2-EGFP)、喂食时长(3周)、免疫荧光抗体和浓度、共聚焦显微镜设置、定量方法(ImageJ) 阅读提示:Methods 4.3,图2-4 |
| EV实验 | HepG2细胞处理(浓度、时间)、PA/BSA浓度、EV分离方法(差速离心步骤)、EV浓度(10 μg/mL)、LX2细胞处理时间(48小时)、RT-qPCR检测基因 阅读提示:Methods 4.6,图6 |
| RT-qPCR | RNA提取方法(miRNeasy kit)、引物序列(表1)、内参基因(18S rRNA或GAPDH)、实验重复次数、统计方法(Student's t-test) 阅读提示:Methods 4.7,表1 |