表达与预后分析
验证LINC00853在胃癌中的表达及其与预后的关联。
利用TCGA数据库分析LINC00853在GC中的表达,RT-PCR验证临床样本和细胞系中的表达,生存分析评估预后相关性。
LINC00853 contributes to tumor stemness of gastric cancer through FOXP3-mediated transcription of PDZK1IP1.
包含体外细胞功能实验、机制验证(RNA pull-down、RIP)及体内裸鼠异种移植模型,多层级验证。
胃癌细胞系MGC803 胃癌细胞系MKN-78 裸鼠异种移植模型 胃癌临床组织样本
LINC00853在MGC803和MKN-78细胞中的表达水平 LINC00853与FOXP3的结合验证(RNA pull-down和RIP) FOXP3对PDZK1IP1转录的调控 体内肿瘤生长实验(细胞接种数量、观察周期)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证LINC00853在胃癌中的表达及其与预后的关联。
利用TCGA数据库分析LINC00853在GC中的表达,RT-PCR验证临床样本和细胞系中的表达,生存分析评估预后相关性。
探究LINC00853对胃癌细胞增殖、迁移、凋亡和干性的影响。
通过敲低和过表达LINC00853,采用CCK-8、Transwell、流式细胞术、无血清成球实验及干性标志物检测。
验证LINC00853与FOXP3的相互作用及其对PDZK1IP1转录的调控。
通过RNA pull-down、RIP验证LINC00853与FOXP3结合;Western blot检测PDZK1IP1和FOXP3表达变化。
评估LINC00853对体内肿瘤生长的影响。
使用稳定敲低或过表达LINC00853的细胞接种裸鼠,监测肿瘤生长并检测相关标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Invitrogen | -- |
| F12K培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 慢病毒质粒 | GenePharma | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | KeyGEN | -- |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 结晶紫 | Sigma | -- | |
| 成球实验 | B27添加剂 | Sigma | -- |
| 表皮生长因子 | Sigma | -- | |
| 成纤维细胞生长因子 | Sigma | -- | |
| 流式分析 | 抗CD44抗体 | BD Biosciences | 550989 |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma | -- |
| BCA蛋白浓度检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Merk | -- | |
| 抗PDZK1IP1抗体 | Abcam | ab156014 | |
| 抗FOXP3抗体 | Abcam | ab4728 | |
| 抗GAPDH抗体 | Affinity | AF7021 | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | Beyotime | A0208 | |
| ECL化学发光试剂 | Pierce | -- | |
| FISH | cy3标记探针 | GenePharma | -- |
| FITC标记探针 | GenePharma | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗Ki67抗体 | Affinity | AF0189 |
| 山羊抗小鼠辣根过氧化物酶 | Beyotime | A0216 | |
| RNA pull-down | 生物素标记试剂盒 | Elabscience | E-LK-B002 |
| Pierce磁性RNA-蛋白质下拉试剂盒 | Thermo Scientific | 20164 | |
| RIP | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| 抗Ago2抗体 | Abcam | ab186733 | |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab172730 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型(RPMI-1640/F12K)、FBS浓度 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 转染 | 慢病毒载体(pcDNA3.1/pLKo.1)、转染时间(48h)、效率验证 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| CCK-8实验 | 细胞接种密度(1×10^4细胞/孔)、培养时间(48h)、CCK-8试剂孵育时间(1.5h)、检测波长(450nm) 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 |
| Transwell实验 | 细胞数(1×10^5)、上室体积、下室培养基体积(200μL)、固定剂(4% PFA)、染色(1%结晶紫5分钟) 阅读提示:Materials and methods: Transwell assay |
| 无血清成球实验 | 细胞数(1000细胞/孔)、培养基成分(B27 2%、EGF 20ng/ml、FGF 10ng/ml)、培养时间(7天) 阅读提示:Materials and methods: Serum-free spheroid formation assay |
| 流式检测CD44 | 抗体稀释度(1:200)、孵育时间(1小时)、室温 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry detection of CD44 |
| Western blot | 蛋白上样量(25μg)、SDS-PAGE浓度(10%)、一抗稀释度及孵育条件(4°C过夜)、二抗孵育时间(4小时) 阅读提示:Materials and methods: Western blot |
| RNA pull-down | RNA合成及生物素标记(Biotin Labeling Kit)、细胞裂解液、磁珠孵育、洗脱 阅读提示:Materials and methods: RNA pull-down assay |
| RIP | 细胞裂解(30分钟冰上)、抗体孵育(Ago2抗体1:50, 6小时)、磁珠-抗体复合物孵育(4°C过夜) 阅读提示:Materials and methods: RNA immunoprecipitation (RIP) assay |
| 体内异种移植 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6-8周)、细胞数(4×10^5)、每组3只、观察周期(4周) 阅读提示:Materials and methods: Xenograft tumorigenesis |
| 统计分析 | 统计方法(t检验或one-way ANOVA)、生存分析(Kaplan-Meier)、显著性水平(0.05) 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |