LINC00853通过FOXP3介导的PDZK1IP1转录促进胃癌的肿瘤干性

LINC00853 contributes to tumor stemness of gastric cancer through FOXP3-mediated transcription of PDZK1IP1.

作者信息Xia Hu, Maoyuan Zhao, Shuangyuan Hu, Qingsong Liu, Wenhao Liao, Lina Wan, Feng Wei, Fangting Su, Yu Guo, Jinhao Zeng
PMID37403034
发布时间2023-07-04
DOI10.1186/s12575-023-00213-2

实验完整度

包含体外细胞功能实验、机制验证(RNA pull-down、RIP)及体内裸鼠异种移植模型,多层级验证。

主要模型

胃癌细胞系MGC803 胃癌细胞系MKN-78 裸鼠异种移植模型 胃癌临床组织样本

重点核对

LINC00853在MGC803和MKN-78细胞中的表达水平 LINC00853与FOXP3的结合验证(RNA pull-down和RIP) FOXP3对PDZK1IP1转录的调控 体内肿瘤生长实验(细胞接种数量、观察周期)

摘要

背景:胃癌(GC)的发病率和死亡率在全球范围内都很高。肿瘤干性是胃癌肿瘤发生和发展的主要因素,其中长链非编码RNA(lncRNAs)深度参与。本研究旨在探讨LINC00853在胃癌进展和干性中的作用及机制。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库和GC细胞系,通过RT-PCR和原位杂交评估LINC00853的水平。通过功能获得和功能缺失实验评估LINC00853的生物学功能,包括细胞增殖、迁移和肿瘤干性。此外,利用RNA pull-down和RNA免疫沉淀(RIP)实验验证LINC00853与转录因子叉头盒P3(FOXP3)之间的连接。使用裸鼠异种移植模型确定LINC00853对肿瘤发展的影响。结果:我们发现GC中lncRNA-LINC00853水平上调,其过表达与GC患者的不良预后相关。进一步研究表明,LINC00853促进细胞增殖、迁移和癌症干性,同时抑制细胞凋亡。机制上,LINC00853直接结合FOXP3并促进FOXP3介导的PDZK1相互作用蛋白1(PDZK1IP1)的转录。FOXP3或PDZK1IP1的改变逆转了LINC00853诱导的对细胞增殖、迁移和干性的生物学效应。此外,使用异种移植肿瘤实验研究LINC00853在体内的功能。结论:总之,这些发现揭示了LINC00853在GC中的促肿瘤活性,扩展了我们对lncRNA调控GC发病机制的理解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
LINC00853在胃癌进展和肿瘤干性中的作用及分子机制。
核心机制
LINC00853直接结合转录因子FOXP3,促进FOXP3介导的PDZK1IP1转录,从而增强肿瘤干性并加速肿瘤进展。
主要证据
体外功能实验显示LINC00853促进增殖、迁移和干性,抑制凋亡;RNA pull-down和RIP验证LINC00853与FOXP3结合;体内异种移植实验显示LINC00853促进肿瘤生长,且PDZK1IP1表达与LINC00853趋势一致。
研究意义
揭示LINC00853通过FOXP3介导的PDZK1IP1转录促进胃癌进展,为GC治疗提供新的潜在策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

表达与预后分析

验证LINC00853在胃癌中的表达及其与预后的关联。

利用TCGA数据库分析LINC00853在GC中的表达,RT-PCR验证临床样本和细胞系中的表达,生存分析评估预后相关性。

2

体外功能实验

探究LINC00853对胃癌细胞增殖、迁移、凋亡和干性的影响。

通过敲低和过表达LINC00853,采用CCK-8、Transwell、流式细胞术、无血清成球实验及干性标志物检测。

3

机制验证

验证LINC00853与FOXP3的相互作用及其对PDZK1IP1转录的调控。

通过RNA pull-down、RIP验证LINC00853与FOXP3结合;Western blot检测PDZK1IP1和FOXP3表达变化。

4

体内实验

评估LINC00853对体内肿瘤生长的影响。

使用稳定敲低或过表达LINC00853的细胞接种裸鼠,监测肿瘤生长并检测相关标志物。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI-1640培养基Invitrogen--
F12K培养基Gibco--
胎牛血清Invitrogen--
慢病毒质粒GenePharma--
CCK-8试剂盒KeyGEN--
Transwell小室Corning--
结晶紫Sigma--
B27添加剂Sigma--
表皮生长因子Sigma--
成纤维细胞生长因子Sigma--
抗CD44抗体BD Biosciences550989
Trizol试剂Invitrogen--
PrimeScript RT试剂盒Takara--
RIPA裂解液Sigma--
BCA蛋白浓度检测试剂盒Beyotime--
PVDF膜Merk--
抗PDZK1IP1抗体Abcamab156014
抗FOXP3抗体Abcamab4728
抗GAPDH抗体AffinityAF7021
辣根过氧化物酶标记的二抗BeyotimeA0208
ECL化学发光试剂Pierce--
cy3标记探针GenePharma--
FITC标记探针GenePharma--
抗Ki67抗体AffinityAF0189
山羊抗小鼠辣根过氧化物酶BeyotimeA0216
生物素标记试剂盒ElabscienceE-LK-B002
Pierce磁性RNA-蛋白质下拉试剂盒Thermo Scientific20164
Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒Millipore17-700
抗Ago2抗体Abcamab186733
抗IgG抗体Abcamab172730

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源、培养基类型(RPMI-1640/F12K)、FBS浓度
阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection
转染
慢病毒载体(pcDNA3.1/pLKo.1)、转染时间(48h)、效率验证
阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection
CCK-8实验
细胞接种密度(1×10^4细胞/孔)、培养时间(48h)、CCK-8试剂孵育时间(1.5h)、检测波长(450nm)
阅读提示:Materials and methods: CCK-8
Transwell实验
细胞数(1×10^5)、上室体积、下室培养基体积(200μL)、固定剂(4% PFA)、染色(1%结晶紫5分钟)
阅读提示:Materials and methods: Transwell assay
无血清成球实验
细胞数(1000细胞/孔)、培养基成分(B27 2%、EGF 20ng/ml、FGF 10ng/ml)、培养时间(7天)
阅读提示:Materials and methods: Serum-free spheroid formation assay
流式检测CD44
抗体稀释度(1:200)、孵育时间(1小时)、室温
阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry detection of CD44
Western blot
蛋白上样量(25μg)、SDS-PAGE浓度(10%)、一抗稀释度及孵育条件(4°C过夜)、二抗孵育时间(4小时)
阅读提示:Materials and methods: Western blot
RNA pull-down
RNA合成及生物素标记(Biotin Labeling Kit)、细胞裂解液、磁珠孵育、洗脱
阅读提示:Materials and methods: RNA pull-down assay
RIP
细胞裂解(30分钟冰上)、抗体孵育(Ago2抗体1:50, 6小时)、磁珠-抗体复合物孵育(4°C过夜)
阅读提示:Materials and methods: RNA immunoprecipitation (RIP) assay
体内异种移植
小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6-8周)、细胞数(4×10^5)、每组3只、观察周期(4周)
阅读提示:Materials and methods: Xenograft tumorigenesis
统计分析
统计方法(t检验或one-way ANOVA)、生存分析(Kaplan-Meier)、显著性水平(0.05)
阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis