网络药理学预测
预测EPI治疗阿霉素肾病的潜在靶点和信号通路
通过TCMSP、GeneCards、OMIM等数据库获取EPI和阿霉素肾病相关靶点,利用jvenn取交集,STRING构建蛋白互作网络,KEGG富集分析。
Epimedium sagittatum Maxim ameliorates adriamycin-induced nephropathy by restraining inflammation and apoptosis via the PI3K/AKT signaling pathway.
包含体内动物模型、体外细胞模型和网络药理学分析,并通过病理学、ELISA、流式、Western blot、RT-qPCR等多种手段验证功能和机制。
阿霉素诱导的肾病大鼠模型 NRK-52e大鼠肾上皮细胞系
阿霉素剂量和给药途径:第1天4mg/kg,第8天3.5mg/kg,尾静脉注射 药物分组及剂量:PA(10mg/kg)、EPI低剂量(1.17g/kg)、EPI高剂量(4.68g/kg),灌胃给药4周 细胞实验阿霉素浓度:0.5μg/mL,淫羊藿苷浓度:10μM 每组样本量:动物每组8只或3只,细胞实验重复三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测EPI治疗阿霉素肾病的潜在靶点和信号通路
通过TCMSP、GeneCards、OMIM等数据库获取EPI和阿霉素肾病相关靶点,利用jvenn取交集,STRING构建蛋白互作网络,KEGG富集分析。
验证EPI对阿霉素肾病大鼠的肾脏保护和功能改善作用
建立阿霉素诱导的肾病大鼠模型,给予EPI低剂量和高剂量及阳性药PA,通过H&E染色、血清和尿液生化指标、ELISA检测肾功能和损伤标志物。
评估EPI对阿霉素肾病大鼠足细胞损伤的改善作用
通过透射电镜观察肾组织超微结构,RT-qPCR和免疫组化检测nephrin和desmin的表达。
评估EPI对阿霉素肾病大鼠炎症反应的抑制作用
流式细胞术检测肾脏巨噬细胞和中性粒细胞,ELISA检测血清IL-10和TGF-β1,RT-qPCR检测炎症因子mRNA,Western blot检测NF-κB通路蛋白。
评估EPI对阿霉素肾病大鼠氧化应激和线粒体凋亡的改善作用
检测ROS、Ca2+、MMP和凋亡水平,Western blot检测氧化应激和凋亡相关蛋白。
验证淫羊藿苷对阿霉素诱导的NRK-52e细胞凋亡和PI3K/AKT通路的影响
用阿霉素和淫羊藿苷处理NRK-52e细胞,MTT检测细胞活力,流式检测ROS、MMP、凋亡,Western blot检测PI3K/AKT通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 高效液相色谱分析 | 岛津LC-40高效液相色谱系统 | Shimadzu | -- |
| Cosmosil 5C18-MS-II色谱柱 | Nacalai Tesque | -- | |
| 药物处理 | 阿霉素 | Main Luck | H44024359 |
| 醋酸泼尼松 | Macklin | P829896 | |
| 淫羊藿苷 | Solarbio | S18010 | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜(HT7700) | Hitachi | -- |
| ELISA分析 | MAU ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R0025c |
| KIM-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R3019 | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE20003 | |
| TGF-β1 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE20010 | |
| 生化指标检测 | 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C011-2-1 |
| 尿素氮检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C013-2-1 | |
| 尿蛋白检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C035-2-1 | |
| 总超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A001-1 | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A005 | |
| 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-1 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒 | Solarbio | R1200 |
| RNA定量 | NanoDrop One紫外分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| 逆转录 | BeyoRT III第一链cDNA合成试剂盒 | Beyotime | D7178M |
| RT-qPCR | QuantiNova SYBR Green PCR试剂盒 | Qiagen | -- |
| 流式细胞术 | 活性氧检测试剂盒 | Solarbio | CA1410 |
| Fluo-4 AM荧光探针 | Solarbio | F8500 | |
| JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | Servicebio | G1511 | |
| 凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1515 | |
| 抗CD16/32抗体 | BD | 553142 | |
| F4/80-Alexa Fluor偶联抗体 | BD Biosciences | 8045596 | |
| CD11b-APC偶联抗体 | Invitrogen | 2311195 | |
| Ly6G-FITC偶联抗体 | Invitrogen | 2440387 | |
| CD11b-FITC偶联抗体 | Invitrogen | 2172513 | |
| 免疫组化 | 抗Nephrin抗体 | -- | -- |
| 抗Desmin抗体 | -- | -- | |
| 山羊抗兔IgG H&L(辣根过氧化物酶) | -- | -- | |
| Western blot | 总蛋白提取试剂盒 | Solarbio | BC3710 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Abcam | ab16502 | |
| 抗磷酸化NF-κB p65抗体 | Abcam | ab86299 | |
| 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab9722 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Abcam | ab59348 | |
| 抗Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| 抗Cleaved-caspase-3抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗Caspase-3抗体 | Abcam | ab13847 | |
| 抗Nrf2抗体 | Abcam | ab137550 | |
| 抗磷酸化Nrf2抗体 | Abcam | ab76026 | |
| 抗HO-1抗体 | ABclonal | A19062 | |
| 抗NQO-1抗体 | ABclonal | A19586 | |
| 抗PI3K抗体 | Abcam | ab1678 | |
| 抗AKT抗体 | Abcam | ab8805 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Abcam | ab66138 | |
| 抗β-actin抗体 | ABclonal | Ac026 | |
| 二抗(山羊抗兔 925-68071) | Li-COR | 925-68071 | |
| Image Studio 5.2软件 | Li-COR | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| MTT检测 | MTT试剂 | -- | -- |
| 细胞透化 | Triton X-100 | -- | -- |
| Western blot(细胞) | 抗GAPDH抗体 | ABclonal | AC033 |
| 山羊抗鼠IgG (925-32210) | Li-COR | 925-32210 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 大鼠品系、性别、周龄、体重;阿霉素剂量和给药时间:第1天4mg/kg,第8天3.5mg/kg,尾静脉注射 阅读提示:Materials and Methods 2.2 Animals |
| 药物分组及给药 | 分组(CON、ADR、PA、EPI-L、EPI-H);PA剂量10mg/kg,EPI-L 1.17g/kg,EPI-H 4.68g/kg;给药方式灌胃,每日一次,持续4周 阅读提示:Materials and Methods 2.2 Animals |
| 组织学检查 | 肾组织固定液4%多聚甲醛,固定时间24小时,切片厚度5μm,H&E染色 阅读提示:Materials and Methods 2.3 Histological examination |
| 足细胞损伤评估 | 透射电镜观察足突融合和基底膜增厚;RT-qPCR检测nephrin和desmin mRNA;免疫组化检测蛋白表达 阅读提示:Results 3.2 Effects of EPI on podocyte injury |
| 炎症检测 | 流式细胞术检测巨噬细胞(F4/80)和中性粒细胞(Ly6G);ELISA检测血清IL-10和TGF-β1;RT-qPCR检测炎症因子mRNA;Western blot检测NF-κB通路蛋白 阅读提示:Results 3.4 Effects of EPI on the inflammatory response |
| 氧化应激和凋亡检测 | 流式检测ROS、Ca2+、MMP、凋亡;生化检测GSH-Px、T-SOD、MDA;Western blot检测Bax、Bcl-2、Cleaved-Caspase-3、Nrf2、HO-1、NQO-1 阅读提示:Results 3.5 Effects of EPI on oxidative stress and the mitochondrial apoptosis pathway |
| 体外细胞实验 | NRK-52e细胞培养条件;阿霉素浓度0.5μg/mL,淫羊藿苷浓度10μM,处理24小时 阅读提示:Materials and Methods 2.11 Cell culture, 2.12 Cell viability assay |