癌症干细胞和DC成分分析
评估DC与癌症干细胞的相关性及其与预后的关系。
从TCGA获取AML患者基因表达谱,使用quanTIseq评估DC成分,使用机器学习方法估计癌症干细胞评分,并分析相关性。
MMP9-Associated Tumor Stem Cells, CCL1-Silenced Dendritic Cells, and Cytokine-Induced Killer Cells Have a Remarkable Therapeutic Efficacy for Acute Myeloid Leukemia by Activating T Cells.
包含TCGA数据分析、RNA测序、体外细胞功能实验(增殖、凋亡、流式)、体内动物模型验证及T细胞功能检测等多个独立证据层级。
DC-CIK细胞 K562、Jurkat、HL-60白血病细胞系 AML患者外周血来源的T细胞 BALB/c小鼠AML模型
DC-CIK细胞的制备和培养条件(细胞因子、浓度) MMP9和CCL1的shRNA序列及转染效率验证 DC-CIK细胞与白血病细胞共培养比例和时间 体内AML模型建立(HL-60细胞注射)和分组 T细胞相关细胞因子和耗竭标志物的检测方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DC与癌症干细胞的相关性及其与预后的关系。
从TCGA获取AML患者基因表达谱,使用quanTIseq评估DC成分,使用机器学习方法估计癌症干细胞评分,并分析相关性。
鉴定正常人和AML患者DC-CIK细胞中差异表达的mRNA。
分离PBMCs并制备DC-CIK细胞,提取RNA进行高通量测序,分析差异表达基因。
验证测序结果并选择MMP9和CCL1作为研究靶点。
通过RT-qPCR验证7个差异表达基因,发现MMP9和CCL1在AML患者DC-CIK细胞中高表达。
验证shRNA敲低MMP9和CCL1的效率及其对LDH释放的影响。
用shRNA转染DC-CIK细胞,通过qRT-PCR和western blot验证敲低效率,并检测LDH浓度。
评估MMP9和CCL1沉默的DC-CIK细胞对白血病细胞增殖和凋亡的影响。
将转染后的DC-CIK细胞与白血病细胞共培养,检测增殖(CCK-8和EdU)和凋亡(流式细胞术)。
评估MMP9和CCL1沉默的DC-CIK细胞对T细胞亚群、活化和耗竭的影响。
将转染后的DC-CIK细胞与T细胞共培养,通过流式细胞术检测T细胞亚群和PD-1表达,通过ELISA和qRT-PCR检测细胞因子和耗竭标志物。
验证MMP9和CCL1沉默的DC-CIK细胞在AML模型小鼠中的治疗作用。
通过尾静脉注射HL-60细胞建立AML小鼠模型,然后注射修饰的DC-CIK细胞,检测T细胞功能和脾脏病理。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 白细胞介素-4 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- | |
| 肿瘤坏死因子-α | -- | -- | |
| 干扰素-γ | -- | -- | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 抗CD3单克隆抗体 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq 4000系统 | Illumina | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| BeyoClick EdU-647细胞增殖试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| FITC标记的CD4抗体 | -- | -- | |
| FITC标记的CD8抗体 | -- | -- | |
| FITC标记的PD-1抗体 | -- | -- | |
| CellQuest软件 | BD Biosciences | -- | |
| ELISA | 小鼠IL-2 ELISA试剂盒 | Beyotime | PI575 |
| 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | Beyotime | PI508 | |
| 小鼠GZMB ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0594c96T | |
| 小鼠LDH ELISA试剂盒 | Beyotime | PI596 | |
| 小鼠LAMP-1 ELISA试剂盒 | -- | EM1182 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Takara | 9109 |
| Bestar™ qPCR RT试剂盒 | DBI | 2220 | |
| Bestar™ qPCR MasterMix | DBI | 2043 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| SDS-PAGE凝胶 | Solarbio | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| HRP标记的二抗 | Cell Signaling Technology | -- | |
| ECL试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| ChemiDoc-X成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞分离 | 人CD4+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 人CD8+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 免疫组化 | 抗PD-1抗体 | -- | -- |
| 抗TIM3抗体 | -- | -- | |
| 抗LAG3抗体 | -- | -- | |
| 抗CTLA4抗体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DC-CIK细胞制备 | PBMC分离、DC分化条件(IL-4、GM-CSF、TNF-α浓度)、CIK诱导条件(IFN-γ、IL-2、anti-CD3浓度)、DC与CIK共培养比例和时间 阅读提示:Methods 2.2 Cell Culture |
| 基因敲低 | MMP9和CCL1 shRNA序列、转染试剂和浓度、转染时间、敲低效率验证 阅读提示:Methods 2.7 Cell Transfection |
| 体外共培养实验 | DC-CIK细胞与白血病细胞共培养比例、时间、CCK-8和EdU检测条件 阅读提示:Methods 2.8 Cell Proliferation |
| T细胞功能检测 | T细胞分离方法、共培养条件、细胞因子和耗竭标志物检测方法 阅读提示:Methods 2.9 Flow Cytometry, 2.10 ELISA, 2.11 RT-qPCR |
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别、HL-60细胞注射剂量、DC-CIK细胞注射剂量、分组、每组样本量 阅读提示:Methods 2.13 Animal |