临床样本中L1CAM表达分析
探究L1CAM在伴有血管壁侵袭的VTT组织中的表达情况。
收集20对非侵袭和侵袭性VTT组织样本,进行HE染色、Western blot和免疫组化分析L1CAM表达,并利用TCGA数据库进行生存分析。
L1CAM deployed perivascular tumor niche promotes vessel wall invasion of tumor thrombus and metastasis of renal cell carcinoma.
包含细胞实验(粘附、迁移、侵袭)、动物模型(尾静脉转移)、临床样本(VTT组织)及转录组学等多层级验证,并明确功能与机制验证。
肾癌细胞系786-O 肾癌细胞系Caki-1 人脐静脉内皮细胞HUVEC 裸鼠尾静脉转移模型
L1CAM在伴有血管壁侵袭的VTT组织中高表达 L1CAM与ITGA5的相互作用及其RGD基序 L1CAM通过ADAM17释放可溶性L1CAM-ECD 内皮细胞分泌CXCL5及其受体CXCR2促进RCC迁移 体内实验中L1CAM过表达增加肺转移数量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究L1CAM在伴有血管壁侵袭的VTT组织中的表达情况。
收集20对非侵袭和侵袭性VTT组织样本,进行HE染色、Western blot和免疫组化分析L1CAM表达,并利用TCGA数据库进行生存分析。
验证L1CAM对RCC细胞粘附、迁移和侵袭能力的影响。
使用shRNA敲低或过表达L1CAM后,通过ECM粘附、肿瘤-内皮粘附、划痕愈合、Transwell迁移和侵袭实验评估细胞行为,并检测F-actin和粘着斑复合物。
探究L1CAM-ECD是否介导RCC与内皮细胞的串扰。
通过超滤检测培养上清中L1CAM-ECD水平,共培养RCC和HUVEC进行趋化实验,并对HUVEC进行RNA-seq和KEGG通路分析。
验证内皮细胞分泌的CXCL5及其受体CXCR2对RCC迁移的影响。
ELISA检测CXCL5水平,Transwell趋化实验评估CXCL5的趋化作用,并利用CXCR2抑制剂SB225002验证机制。
验证L1CAM过表达对体内转移的影响。
将荧光素酶标记的L1CAM过表达和对照786-O细胞尾静脉注射裸鼠,监测肺转移。
验证L1CAM与ITGA5的相互作用及其信号通路。
通过IP、免疫荧光验证L1CAM与ITGA5结合,并检测下游FAK、AKT、GSK-3β磷酸化及β-catenin核转位。
验证L1CAM的RGD基序是否是其功能所必需。
构建RGD突变质粒(L1CAM-RGE),转染后检测与ITGA5结合及细胞功能变化。
探究β-catenin/TCF4复合物对ADAM17转录的调控。
通过qPCR和Western blot检测ADAM10/17表达,ChIP和双荧光素酶报告基因检测TCF4结合位点。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Luminata Crescendo Western HRP底物 | Millipore | -- | |
| 核质分离 | 胞质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | ZsBio | -- |
| 免疫荧光 | 三重荧光免疫组化小鼠/兔试剂盒 | Immunoway | -- |
| Alexa 488偶联鬼笔环肽 | Beyotime | -- | |
| 细胞粘附实验 | DiL荧光染料 | Beyotime | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | 354480 |
| 免疫沉淀 | 蛋白A+G琼脂糖珠 | Santa Cruz | -- |
| 抗FLAG磁珠 | Beyotime | -- | |
| 化学趋化实验 | CXCL5重组蛋白 | Novoprotein | -- |
| SB225002 | Selleck | -- | |
| 转录组测序 | NEB Next Ultra方向性RNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina HiSeqTM 2500测序平台 | Illumina | -- | |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | -- | -- |
| cDNA合成 | Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Tiangen | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green预混液 | Yeasen | -- |
| ELISA | 人CXCL5 ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 动物实验 | D-荧光素 | -- | -- |
| ChIP | Pierce磁性ChIP试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| TCF4抗体 | Abcam | ab217668 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pRL-TK海肾荧光素酶质粒 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- | |
| 发光检测仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | VTT样本配对(侵袭与非侵袭)、样本数量20对 阅读提示:参见Materials and methods中“RCC specimens and cell culture” |
| 细胞功能实验 | 细胞系786-O和Caki-1、L1CAM敲低/过表达效率、puromycin浓度(4 μg/mL筛选、2 μg/mL维持) 阅读提示:参见Materials and methods中“Establishment of stable cell lines” |
| 趋化实验 | CXCL5浓度(0、20、40 ng/mL)、SB225002浓度(10 nM)及预处理时间(1小时) 阅读提示:参见Materials and methods中“Co-culture and chemotaxis assays” |
| 体内转移实验 | 裸鼠周龄(4-6周)、性别(雄性)、细胞数(5×10^5)、注射途径(尾静脉)、监测时间(8周)、每组动物数(n=8) 阅读提示:参见Materials and methods中“In vivo animal studies” |
| 分子机制实验 | ChIP实验中使用TCF4抗体(ab217668)、IP使用anti-FLAG磁珠 阅读提示:参见Materials and methods中“Immunoprecipitation”和“Chromatin immunoprecipitation (CHIP) assay” |