单细胞转录组谱分析
揭示CLAD肺组织中的细胞组成和转录变化,识别差异表达基因和通路。
对4例CLAD和3例对照肺组织进行单细胞RNA-Seq,经UMAP聚类识别40个细胞群,分析上皮细胞亚群和基底细胞差异表达基因。
JAK-STAT activation contributes to cytotoxic T cell-mediated basal cell death in human chronic lung allograft dysfunction.
包含单细胞RNA-Seq、空间转录组学、免疫荧光、Western blot、体外细胞实验等多层级验证。
人CLAD移植肺组织 供体肺对照组织 原代人支气管上皮基底细胞 肺移植对照组织
CLAD样本n=4,对照n=3 IFNA1刺激浓度100 ng/μL JAK1抑制剂brepocitinib浓度0.5 μM 处理24小时 3个生物学重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
揭示CLAD肺组织中的细胞组成和转录变化,识别差异表达基因和通路。
对4例CLAD和3例对照肺组织进行单细胞RNA-Seq,经UMAP聚类识别40个细胞群,分析上皮细胞亚群和基底细胞差异表达基因。
验证CLAD基底细胞中MHC-I表达和JAK-STAT通路激活。
通过免疫荧光、Western blot和免疫荧光检测CLAD和对照气道中MHC-I表达,并通过免疫荧光检测STAT1核定位。
确定JAK-STAT激活对MHC-I表达的必要性和充分性。
使用原代人基底细胞,经IFNA1刺激和JAK1抑制剂处理,检测B2M和pSTAT1表达。
评估CLAD肺中CD8+T细胞亚群特征及其与基底细胞的潜在相互作用。
对单细胞数据中的CD8+T细胞亚群进行基因表达分析,使用CellChat预测细胞间相互作用,并通过免疫荧光和邻近连接实验验证。
在组织形态学背景下验证CD8+TEM细胞在早期CLAD气道中的富集。
对3例CLAD和1例对照组织进行Visium空间转录组学,将单细胞RNA-Seq定义的细胞群映射到空间数据。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序样本制备 | 多组织解离试剂盒1 | Miltenyi Biotec | 130-110-201 |
| gentleMACS解离器 | Miltenyi Biotec | 130-093-235 | |
| 红细胞裂解液 | MilliporeSigma | R7757 | |
| 单细胞测序文库制备 | 单细胞3'试剂盒v2 | 10x Genomics | -- |
| 单细胞测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 体外细胞培养 | 干扰素-α | Abcam | ab48750 |
| brepocitinib (PF-06700841) | MilliporeSigma | PZ0345 | |
| Western blot | 含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液 | Santa Cruz Biotechnology | sc-24948 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| NuPAGE凝胶 | Thermo Fisher Scientific | NP0322BOX | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | IB24001 | |
| iBlot2干转印系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| pSTAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| B2M抗体 | Cell Signaling Technology | 12851 | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32233 | |
| 化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| X射线胶片 | VWR | PI34090 | |
| 免疫荧光 | KRT5抗体 | BioLegend | 905901 |
| STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| CD8A抗体 | MilliporeSigma | 108M-9 | |
| 乙酰化α-微管蛋白抗体 | MilliporeSigma | T7451 | |
| SCGB1A1抗体 | R&D Systems | MAB4218 | |
| B2M抗体 | BioLegend | 311402 | |
| TUNEL染色 | TUNEL原位凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A322 |
| 邻近连接分析 | 邻近连接分析试剂盒 | MilliporeSigma | DUO92105 |
| B2M探针 | Abcam | ab215889 | |
| CD8A探针 | Abcam | ab217344 | |
| 细胞分选 | CD45微珠 | Miltenyi Biotec | 130-045-081 |
| CD31微珠 | Miltenyi Biotec | 130-091-935 | |
| 细胞培养 | 6.5 mm聚酯膜插入式培养皿(0.4 μm孔径) | MilliporeSigma | CLS3470 |
| 人胎盘IV型胶原蛋白 | MilliporeSigma | C7521 | |
| 空间转录组学 | Visium空间基因表达载玻片 | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA-Seq样本制备 | 组织消化条件、细胞裂解和过滤参数、测序平台 阅读提示:Methods: Human lung sample preparation for single-cell sequencing |
| 单细胞数据分析 | Cell Ranger版本、参考转录组、Seurat参数、FindClusters分辨率 阅读提示:Methods: Human lung single-cell sequencing data processing |
| 体外细胞实验 | IFNA1浓度、brepocitinib浓度、处理时间、细胞代数 阅读提示:Methods: In vitro culture and assays |
| 免疫荧光 | 抗原修复条件、抗体稀释度、孵育时间、切片类型 阅读提示:Methods: Immunofluorescence |
| 空间转录组学 | 切片厚度、组织处理、空间转录组学平台和参数 阅读提示:Methods: Visium spatial transcriptomics |