民族医学调查
确定贝宁南部四个社区用于治疗COVID-19的草药使用情况。
在科托努、阿博梅-卡拉维、泽、维达四个社区,对市场草药师和传统治疗师进行访谈,记录使用的植物、配方和制备方法。
Comparison study of Beninese and Chinese herbal medicines in treating COVID-19.
研究包含民族医学调查、网络药理学分析、分子对接及BEAS-2B细胞实验等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
BEAS-2B细胞系 民族医学调查人群(贝宁南部四个社区)
六种最常用草药:Citrus aurantiifolia(13.18%)、Momordica charantia(7.75%)、Ocimum gratissimum(7.36%)、Crateva adansonii(6.59%)、Azadirachta indica(5.81%)、Zanthoxylum zanthoxyloides(5.42%) 活性成分筛选标准:OB≥30%且DL≥0.15 细胞实验:BEAS-2B细胞,LPS(10 μg/mL)诱导损伤,六种化合物浓度0.1、1、10 μmol/L 炎症因子检测:ELISA检测IL-6和TNF-α;细胞活力CCK-8,LDH释放 分子对接:ACE2、3CLpro、Spike三个靶点;结合能阈值-6 kcal/mol 阳性对照:地塞米松(5 μmol/L)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定贝宁南部四个社区用于治疗COVID-19的草药使用情况。
在科托努、阿博梅-卡拉维、泽、维达四个社区,对市场草药师和传统治疗师进行访谈,记录使用的植物、配方和制备方法。
鉴定植物物种并计算引用频率,确定最常用的草药。
采集受访者提到的植物样本,根据贝宁国家植物标本馆进行鉴定,使用The Plant List核对学名,计算引用频率(FC)。
预测六种最常用草药的活性成分、靶点和通路。
利用植物化学成分数据库和TCMSP筛选活性成分,Swiss Target Prediction和SEA预测靶点,与COVID-19靶点取交集,构建网络,进行PPI和KEGG通路富集分析。
比较中国和贝宁用药在成分、靶点和通路上的相似性。
从文献中提取中国的三种中药和三种方剂,与贝宁六种草药进行比较,分析共有成分和靶点通路。
验证六种主要成分对BEAS-2B细胞的保护作用和抗炎效果。
用LPS诱导BEAS-2B细胞损伤,给予不同浓度的六种成分(stigmasterol, kaempferol, isovitexin, isoimperatorin, quercetin, β-sitosterol),检测细胞活力(CCK-8)、LDH释放和炎症因子(IL-6、TNF-α)水平。
评估六种成分与COVID-19相关靶点(ACE2、3CLpro、Spike)的结合能力。
从PubChem下载活性成分结构,进行能量最小化;从PDB获取靶点晶体结构,使用AutoDock Vina进行对接,分析结合能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Biological Industries | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Biological Industries | -- | |
| BEAS-2B细胞 | American Type Culture Collection | -- | |
| 细胞活力分析 | Cell Counting Kit-8 | -- | -- |
| 乳酸脱氢酶试剂盒 | -- | -- | |
| 炎症因子分析 | ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 分子对接 | AutoDock Vina软件 | -- | 1_1_2 |
| PyMOL软件 | -- | 1.7.2.1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 民族医学调查 | 调查地点、受访者类型和数量、抽样方法、访谈内容、植物鉴定方法 阅读提示:Section 2.2, 2.3, 2.4, Table 1 |
| 网络药理学分析 | 活性成分筛选标准(OB≥30%,DL≥0.15)、目标数据库、网络构建软件及参数 阅读提示:Section 2.5, 2.6, Fig. 2 |
| 细胞实验 | 细胞系、培养条件、LPS浓度、药物浓度、处理时间、检测方法、阳性对照 阅读提示:Section 2.8, 2.9, 2.10, Fig. 5 |
| 分子对接 | 靶点选择、配体和受体结构来源、软件版本及参数、结合能阈值 阅读提示:Section 2.11, Fig. 5E |