检测LINC01138在OA组织和细胞中的表达
验证LINC01138在OA中是否差异表达
利用GEO数据集(GSE105027)分析LINC01138表达,并在人OA软骨组织和正常人软骨组织中通过qRT-PCR验证;用不同浓度IL-1β处理原代软骨细胞,检测LINC01138表达。
Knockdown of LINC01138 protects human chondrocytes against IL-1β-induced damage by regulating the hsa-miR-1207-5p/KIAA0101 axis.
包含细胞模型(IL-1β诱导软骨细胞)、功能验证(敲低/过表达)、双荧光素酶报告基因验证靶向关系及下游通路蛋白检测,但缺乏体内实验验证。
原代人软骨细胞 IL-1β诱导的OA细胞模型 OA患者软骨组织标本
LINC01138敲低效率(shRNA1 vs shRNA2) IL-1β处理浓度(5 ng/ml)和时间(文中未明确说明) 双荧光素酶报告基因验证LINC01138与miR-1207-5p、miR-1207-5p与KIAA0101的结合 ECM降解指标(Col2α1、aggrecan、sGAG)及炎症因子(MMP-13、IL-6、TNF-α)的检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证LINC01138在OA中是否差异表达
利用GEO数据集(GSE105027)分析LINC01138表达,并在人OA软骨组织和正常人软骨组织中通过qRT-PCR验证;用不同浓度IL-1β处理原代软骨细胞,检测LINC01138表达。
探究LINC01138敲低是否保护软骨细胞免受IL-1β诱导的ECM降解和炎症反应
用shRNA(shRNA1和shRNA2)转染软骨细胞敲低LINC01138,用IL-1β处理,检测ECM成分(Col2α1、aggrecan、sGAG)和炎症因子(MMP-13、IL-6、TNF-α)的表达。
验证LINC01138是否直接靶向hsa-miR-1207-5p
通过DIANA-TarBase预测并结合GEO表达分析筛选hsa-miR-1207-5p;qRT-PCR检测LINC01138过表达/敲低后miR-1207-5p表达变化;双荧光素酶报告基因实验验证结合。
验证hsa-miR-1207-5p是否直接靶向KIAA0101
通过TargetScan预测并结合GEO表达分析筛选KIAA0101;qRT-PCR检测miR-1207-5p过表达/抑制后KIAA0101表达变化;双荧光素酶报告基因实验验证结合。
验证LINC01138是否通过hsa-miR-1207-5p发挥作用
在LINC01138敲低的细胞中同时转染miR-1207-5p inhibitor,观察ECM和炎症指标的变化。
验证hsa-miR-1207-5p是否通过KIAA0101发挥作用
在miR-1207-5p抑制的细胞中同时转染si-KIAA0101,观察ECM和炎症指标的变化。
探究KIAA0101是否调控JAK/STAT和Wnt通路
通过GSEA分析GSE1919数据集预测KIAA0101激活的通路,并通过Western blot检测JAK1、p-JAK1、STAT3、p-STAT3、Wnt1、β-catenin蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素和链霉素溶液 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| II型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Yesen | -- |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录试剂盒 | 北京全式金生物技术有限公司 | -- | |
| SYBR Green染料 | SinoBio | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | KeyGen Biotech Co., Ltd | -- | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| ELISA | 人基质金属蛋白酶13 ELISA试剂盒 | Baiao | ZN2333 |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | elabscience | E-EL-H0102c | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | TB Healthcare | TBK5020000601 | |
| Western blot | MMP-13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP |
| IL-6抗体 | Proteintech | 21865-1-AP | |
| TNF-α抗体 | Proteintech | 17590-1-AP | |
| JAK1抗体 | Abcam | ab133666 | |
| p-JAK1抗体 | Abcam | ab138005 | |
| STAT3抗体 | Abcam | ab68153 | |
| p-STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9131 | |
| Wnt1抗体 | Abcam | ab15251 | |
| β-catenin抗体 | Abcam | ab223075 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 软骨细胞分离方法(0.25%胰蛋白酶,0.02% II型胶原酶)、培养条件(DMEM+10% FBS+1%青霉素/链霉素)、IL-1β浓度(5 ng/ml)及处理时间(文中未明确说明) 阅读提示:Methods 2.2 和 Results 3.1 |
| 细胞转染 | shRNA序列、siRNA序列、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染浓度及时间(文中未明确说明) 阅读提示:Methods 2.4 |
| 靶向验证 | 双荧光素酶报告基因实验中野生型和突变型质粒构建、共转染条件(Lipofectamine 2000)、检测时间(48小时) 阅读提示:Methods 2.5 |
| 功能检测 | ELISA试剂盒品牌及货号、Western blot抗体及稀释比例、sGAG检测方法(离心、酶解、二甲基蓝染色、525nm吸光度) 阅读提示:Methods 2.6, 2.7, 2.9 |