植物提取物制备
获取猫须草粗提物用于后续实验
采集猫须草叶片,干燥研磨后用100%乙醇通过浸渍法提取,过滤并浓缩得到粗提物。
Mechanism of action of Orthosiphon stamineus against non-alcoholic fatty liver disease: Insights from systems pharmacology and molecular docking approaches.
包含体外细胞实验(细胞毒性、脂肪积累、抗氧化)和计算分析(系统药理学、分子对接),但缺乏动物模型或患者样本的验证。
HepG2细胞
HepG2细胞系 脂肪酸混合物(棕榈酸和油酸1:2)浓度0.5 mM处理24小时 猫须草提取物浓度35、75、150 µg/ml 处理时间点24、48、72小时 每组重复数n=3
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取猫须草粗提物用于后续实验
采集猫须草叶片,干燥研磨后用100%乙醇通过浸渍法提取,过滤并浓缩得到粗提物。
评估猫须草提取物对HepG2细胞的毒性,确定非毒性浓度
HepG2细胞用含EMEM培养基培养,以不同浓度猫须草提取物处理,CCK-8法检测细胞活力。
评估猫须草提取物对脂肪酸诱导的HepG2细胞脂肪积累的影响
用棕榈酸和油酸混合物诱导细胞脂肪变性,再用猫须草提取物处理,Nile Red染色检测脂肪积累。
评估猫须草提取物对细胞氧化应激和脂质过氧化的影响
脂肪酸诱导的HepG2细胞用猫须草提取物处理,检测MDA水平、SOD和GPx活性。
鉴定猫须草中的生物活性成分并筛选具有药物相似性和口服生物利用度的化合物
通过LC/MS分析鉴定成分,结合TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选,以OB≥50%和DL≥0.18为标准过滤。
预测生物活性化合物的潜在靶点并构建交互网络
使用BATMAN-TCM和SwissTargetPrediction预测靶点,与NAFLD相关基因取交集,构建网络并聚类。
分析潜在靶点涉及的生物学通路以理解作用机制
使用PANTHER、KEGG(DAVID)和Reactome数据库进行通路富集分析。
验证生物活性化合物与预测靶点的结合亲和力
将9种化合物与10个靶点进行分子对接,计算结合亲和力和抑制常数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 植物提取 | 乙醇 | R&M Chemical | -- |
| Whatman 1号滤纸 | Whatman | -- | |
| 旋转蒸发仪 | Büchi | R-200 | |
| 细胞培养 | Eagle极限必需培养基 | ATCC | 30-2003 |
| 非必需氨基酸 | SAFC | M7145 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | ATCC | 30-2300 | |
| 胰蛋白酶-EDTA溶液 | 文中未明确说明 | -- | |
| 细胞毒性检测 | CCK-8检测试剂盒 | MedChem Express | HY-K0301 |
| 磷酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich | P4417 | |
| 脂肪积累检测 | 棕榈酸 | Sigma-Aldrich | P0500 |
| 油酸 | Alfa Aesar | ALF 031997.06 | |
| 尼罗红 | Sigma | 19123 | |
| 赫斯特33342 | Sigma | B2261 | |
| 抗氧化检测 | 丙二醛比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K025-S |
| 超氧化物歧化酶比色检测试剂盒 | Canvax Biotech | CA061 | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K096-S | |
| 生物活性化合物分析 | 安捷伦6500系列四极杆飞行时间液质联用系统 | Agilent | -- |
| C18色谱柱 | 文中未明确说明 | -- | |
| 分子对接 | PyMOL | 文中未明确说明 | 2.4 |
| AutoDock Vina | 文中未明确说明 | 1.1.2 | |
| Discovery Studio可视化工具 | 文中未明确说明 | 21.1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HepG2细胞来源(ATCC)、培养基(EMEM)、非必需氨基酸浓度(1X)、青霉素-链霉素浓度(100 IU/mL和100 μg/mL)、培养温度(37°C)和CO2浓度(5%) 阅读提示:Materials and Methods 2.2.1 |
| 细胞毒性检测 | 细胞密度(4000细胞/孔)、血清浓度(未明确)、处理浓度系列(1000至15.6 µg/ml)、时间点(24,48,72小时)、CCK-8孵育时间(2小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.2.2, Figure 1B |
| 脂肪积累诱导 | 脂肪酸混合物比例(棕榈酸:油酸=1:2)、BSA结合比例(1:5)、浓度(0.5 mM)、诱导时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.2.3, Results 3.1.1, Figure 1C |
| 药物处理 | 猫须草提取物浓度(35,75,150 µg/ml)、处理时间(24,48,72小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.2.3, Results 3.1.1, Figure 1D |
| 抗氧化检测 | 诱导条件(0.5 mM FA 24小时)、处理浓度(35,75,150 µg/ml)、处理时间(24小时)、裂解液(1% SDS)、检测方法(MDA、SOD、GPx) 阅读提示:Materials and Methods 2.2.4, Results 3.1.2, Figure 2 |
| 化合物鉴定 | LC/MS条件(C18柱、20分钟、流速1 mL/min)、样品浓度(1 mg/mL)、筛选标准(OB≥50%, DL≥0.18) 阅读提示:Materials and Methods 2.3, Results 3.2, Table 1 |
| 靶点预测 | 软件参数(BATMAN-TCM score cutoff=20, adjusted P≤0.05;SwissTargetPrediction默认参数)、数据库版本 阅读提示:Materials and Methods 2.6 |
| 通路富集分析 | 数据库(PANTHER, DAVID/KEGG, Reactome)、FDR阈值≤0.05、物种(Homo sapiens) 阅读提示:Materials and Methods 2.7 |
| 分子对接 | 软件(AutoDock Vina 1.1.2)、exhaustiveness=20、modes=50、energy range=3.0 kcal/mol、网格盒覆盖整个蛋白、能量最小化步数(5000步) 阅读提示:Materials and Methods 2.8, Table 4 |