鉴定核心基因RGS1
利用TCGA数据库筛选与宫颈癌免疫和FIGO分期相关的核心基因
使用WGCNA分析筛选与免疫相关的模块和270个hub基因,并与FIGO分期差异基因取交集,得到核心基因RGS1。
RGS1 and related genes as potential targets for immunotherapy in cervical cancer: computational biology and experimental validation.
包含TCGA数据库分析、组织样本验证、细胞功能实验和体内裸鼠成瘤实验,具有多个独立证据层级和功能验证。
HeLa和SiHa宫颈癌细胞系 HcerEpic正常宫颈上皮细胞系 Balb/c裸鼠移植瘤模型 TCGA-CESC患者队列
TCGA数据库296例宫颈癌患者数据 RGS1敲低效率67.6%-84.2%(sh-RGS1 vs sh-NC) 细胞增殖检测时间点:0、24、48、72、96小时 Transwell迁移侵袭实验:5*10^4细胞/200μL,孵育2天 裸鼠成瘤实验:2*10^6细胞皮下注射,33天后终止
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用TCGA数据库筛选与宫颈癌免疫和FIGO分期相关的核心基因
使用WGCNA分析筛选与免疫相关的模块和270个hub基因,并与FIGO分期差异基因取交集,得到核心基因RGS1。
鉴定与RGS1相互作用的基因并分析其功能
利用STRING数据库进行PPI网络分析,鉴定10个与RGS1相互作用的基因,进行GO富集分析和基因-基因相关性分析。
基于关键基因表达将患者分为不同组别以研究免疫差异
使用ConsensusClusterPlus将TCGA-CESC患者分为两组(组1高表达RGS1,组2低表达),并鉴定两组间DEGs。
比较两组患者免疫浸润差异
使用ESTIMATE、CIBERSORT和ssGSEA分析免疫细胞浸润程度和免疫评分。
比较两组患者免疫检查点抑制剂靶点表达的差异
比较两组之间15个免疫调节靶点(PD1、PD-L1等)的表达水平。
评估RGS1表达与患者临床特征和预后的关系
分析RGS1表达与FIGO分期、TNM分期、DSS、PFI和OS的关系。
验证RGS1在宫颈癌组织和正常组织中的表达
通过qRT-PCR和免疫组化检测宫颈癌组织(腺癌和鳞癌)和正常宫颈组织中RGS1 mRNA和蛋白表达。
评估敲低RGS1对宫颈癌细胞功能的影响
构建sh-RGS1和sh-NC稳定细胞系,检测细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡以及RGS1的亚细胞定位。
评估敲低RGS1对裸鼠肿瘤生长的影响
将sh-RGS1和sh-NC细胞皮下注射到裸鼠背部,记录肿瘤体积和重量,并通过Ki67免疫组化检测增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 16096020 |
| 逆转录 | PrimeScript™ RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | RR047A |
| qRT-PCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| QuantStudio实时荧光定量PCR仪 | Thermo | A40425 | |
| 免疫组化 | 免疫组化试剂盒 | Elabscience | E-IR-R211 |
| RGS1多克隆抗体 | Elabscience | E-AB-11534 | |
| HPV16+18-E6单克隆抗体 | abcam | ab70 | |
| 显微镜 | 显微镜 | Nikon | 703548 |
| 细胞培养 | HeLa细胞系 | Procell | CL-0101 |
| SiHa细胞系 | Procell | CL-0210 | |
| RPMI 1640培养基 | HyClone | SH30255.01 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| Western blot | PVDF膜 | Bioshop | BS-PVDF-22 |
| 山羊抗兔IgG抗体 | Invitrogen | 31466 | |
| 兔抗GAPDH多克隆抗体 | ABCAM | AB9485 | |
| CCK8 | CCK-8试剂 | Hanbio | HB-CCK8-2 |
| 酶标仪 | Bio Tek | 1603301D | |
| Transwell | Transwell小室 | Corning | 3413 |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD | 356234 |
| 凋亡检测 | 凋亡检测试剂盒 | Solarbio | CA1020 |
| 免疫荧光 | 兔/鼠 IgG-H&L二抗 | abcam | ab150079/ab150115 |
| DAPI染色液 | Solarbio | S2110 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系为HeLa和SiHa,培养基为RPMI 1640,添加10% FBS,培养条件为37°C和5% CO2。 阅读提示:Methods中的Cell culture and shRNA transfection |
| qRT-PCR | RNA提取使用TRIzol,逆转录试剂盒为PrimeScript™ RT Reagent Kit,PCR使用TB Green Premix Ex Taq II,20μL体系,引物序列,内参为GAPDH,重复三次。 阅读提示:Methods中的qRT-PCR |
| 细胞增殖 | CCK8实验细胞密度2000个/孔,5个平行孔,检测时间点0、24、48、72、96小时,加入10μL CCK-8试剂,2小时后测450nm吸光度。 阅读提示:Methods中的CCK8 |
| 迁移和侵袭 | Transwell上室加入200μL无血清培养基含5*10^4细胞,下室加入800μL含血清培养基,孵育2天,侵袭实验需在Transwell上室添加10μL Matrigel(1:5稀释)。 阅读提示:Methods中的Transwell |
| 凋亡检测 | 使用凋亡检测试剂盒,Annexin V-FITC孵育30分钟,加入PI染色15分钟后流式细胞仪检测。 阅读提示:Methods中的Apoptosis assay |
| 体内实验 | 皮下注射2*10^6细胞至雌性Balb/c裸鼠背部,记录肿瘤体积(0.5*a^2*b)和重量,33天后终止。 阅读提示:Methods中的Tumor growth studies |