转录组分析
比较耐药与敏感细胞系中脂质代谢相关基因集的变化
对6对PLX4032耐药的黑色素瘤细胞系进行基因表达数据集分析,采用GSEA和Metabolizer软件鉴定富集的Hallmark基因集和代谢模块。
Targeting of the Lipid Metabolism Impairs Resistance to BRAF Kinase Inhibitor in Melanoma.
研究包含多对敏感和耐药细胞系的转录组分析、脂质组学检测、脂质饥饿处理、siRNA沉默ACAT2、SOAT抑制剂avasimibe及联合用药、铁死亡指标检测等实验验证。
LM16、LM36、LM47黑色素瘤细胞系及其对PLX4032耐药的亚系(LM16R、LM36R、LM47R)
耐药细胞系LM16R、LM36R、LM47R由亲本细胞长期暴露于PLX4032产生 细胞培养于RPMI-1640培养基,含10% FBS 脂质饥饿使用S181L脂质去除血清替代FBS ACAT2 siRNA浓度50 nM,转染5小时 avasimibe与PLX4032联合处理48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较耐药与敏感细胞系中脂质代谢相关基因集的变化
对6对PLX4032耐药的黑色素瘤细胞系进行基因表达数据集分析,采用GSEA和Metabolizer软件鉴定富集的Hallmark基因集和代谢模块。
检测耐药细胞中总脂肪酸和脂质亚类的变化
提取总脂质,通过薄层色谱分离脂质亚类,经气相色谱分析脂肪酸组成,计算SFA、MUFA、PUFA百分比及TG、CE质量。
评估外源脂质对细胞生长和药物敏感性的影响
将细胞培养于无脂质培养基中,通过细胞计数和CCK8检测生长,并用PLX4032处理评估敏感性。
验证降低ACAT2表达对耐药细胞PLX4032敏感性的影响
使用siRNA转染LM16R细胞沉默ACAT2,通过Western blot验证敲低效率,通过CCK8和caspase 3/7活性检测评估细胞活力和凋亡。
评估avasimibe单独或与PLX4032联合对耐药细胞的影响
用avasimibe处理细胞,检测细胞增殖和caspase 3/7活性,并通过Chou-Talalay方法分析联合用药的协同作用。
检测脂质饥饿和药物处理是否诱导铁死亡
测量MDA水平,通过Western blot检测GPX4表达,并测量GSH/GSSG比值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Lonza | -- |
| 胎牛血清 | Euroclone | -- | |
| Mycoalert | Lonza | -- | |
| Stem Elite ID System | Promega | -- | |
| 脂质饥饿 | 脂质去除血清 | Biowest | S181L |
| 细胞计数 | Z2颗粒计数器 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞增殖 | CCK8试剂盒 | Sigma-Aldrich | 96992 |
| 凋亡检测 | Caspase Glo 3/7检测试剂盒 | Promega | G8091 |
| 药物处理 | PLX4032 | Selleckchem | -- |
| Avasimibe | MedChemExpress | -- | |
| 转染 | Opti-MEM | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNAiMax | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | FASN抗体 | Sigma-Aldrich | HPA006461 |
| DHCR24抗体 | Cell Signaling Technology | 2033 | |
| SCD1抗体 | Abcam | ab19862 | |
| MVK抗体 | Abcam | ab154515 | |
| ACAT1抗体 | Abcam | ab168342 | |
| ACAT2抗体 | Abcam | ab131215 | |
| GPX4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc166120 | |
| HMGCR抗体 | Abcam | ab174830 | |
| β-微管蛋白抗体 | Abcam | ab6046 | |
| MDA检测 | MDA ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0060 |
| 脂质提取 | 己烷 | -- | -- |
| 异丙醇 | -- | -- | |
| 丁基羟基甲苯 | -- | -- | |
| 豆甾醇 | -- | -- | |
| 庚酸胆固醇酯 | -- | -- | |
| 三庚酸甘油酯 | -- | -- | |
| 薄层色谱 | 硅胶60板 | Merck | -- |
| 气相色谱 | DANI 1000气相色谱仪 | DANI | -- |
| MEGA-5毛细管柱 | MEGA Columns | -- | |
| FAME MIX 37标准品 | Merck | -- | |
| RNA提取 | miRNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 逆转录 | High-Capacity cDNA Archive试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| qRT-PCR | TaqMan探针 | Integrated DNA Technology | -- |
| QuantStudio 7 Flex实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
| Calcusyn软件 | Biosoft | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基(RPMI-1640)、血清(10% FBS)、细胞系(LM16等) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines, Drugs and Cell Proliferation Assays |
| 脂质饥饿 | 脂质去除血清(S181L)替代FBS 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines, Drugs and Cell Proliferation Assays |
| 药物处理 | PLX4032和avasimibe浓度、处理时间、DMSO浓度 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines, Drugs and Cell Proliferation Assays; Results: SOAT Targeting |
| ACAT2沉默 | siRNA序列、浓度、转染时间 阅读提示:Materials and Methods: Loss of Function Studies; Results: ACAT2 Targeting |
| 铁死亡检测 | GSH/GSSG比值、GPX4表达、MDA水平 阅读提示:Materials and Methods: Ferroptosis Assessment; Results: Effect of PLX4032 Exposure |