生物信息学分析
识别I/R诱导的AKI中凋亡通路相关基因及枢纽转录因子。
从GEO下载GSE52004数据集,进行差异表达分析、GSEA、TF富集分析、PPI网络构建及hub TF筛选。
Tilianin Reduces Apoptosis via the ERK/EGR1/BCL2L1 Pathway in Ischemia/Reperfusion-Induced Acute Kidney Injury Mice.
包含生物信息学分析、分子对接及体内小鼠模型验证,但缺乏体外细胞实验及更深入的机制验证。
I/R诱导的急性肾损伤小鼠模型(C57BL/6小鼠) 肾小管上皮细胞(RTECs)
C57BL/6小鼠,雄性,6-8周龄,体重18-20g I/R模型:双侧肾血管夹闭35分钟后再灌注24小时 Tilianin剂量:5、10、15 mg/kg,灌胃,每日一次,持续7天 对照组:正常喂养、假手术组、IRI组、IRI+溶剂组(DMSO和玉米油,10 ml/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别I/R诱导的AKI中凋亡通路相关基因及枢纽转录因子。
从GEO下载GSE52004数据集,进行差异表达分析、GSEA、TF富集分析、PPI网络构建及hub TF筛选。
预测Tilianin与枢纽TF及ERK/p-ERK的结合潜力。
使用AutoDock对Tilianin与7个hub TF及ERK/p-ERK进行分子对接,评估结合能。
验证Tilianin对I/R诱导的AKI的保护作用及机制。
建立I/R诱导的AKI小鼠模型,给予不同剂量Tilianin预处理,检测肾功能、肾组织病理、凋亡、相关蛋白表达。
评估肾组织损伤和细胞凋亡程度。
通过HE染色评估肾小管损伤评分,TUNEL染色检测凋亡细胞,免疫组化检测p-ERK和EGR1表达。
验证凋亡相关基因和蛋白的表达变化。
使用qRT-PCR检测mRNA表达,Western blot检测蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 田蓟苷 | MCE | 4291-60-5 |
| 药物溶解 | 二甲基亚砜 | Solarbio | D8370 |
| 肾功能检测 | 肌酐检测试剂盒 | 南京建成 | C011-2-1 |
| 尿素检测试剂盒 | 南京建成 | C013-2-1 | |
| 凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | -- |
| 免疫组化 | 牛血清白蛋白 | Servicebio | G5001 |
| 抗p-ERK1/2抗体 | Abcam | ab201015 | |
| 抗EGR1抗体 | Proteintech | 22008-1-AP | |
| 二抗 | Elabscience Biotechnology | E-AB-1034 | |
| DAB显色试剂盒 | Servicebio | G1211 | |
| 细胞色素c检测 | 小鼠细胞色素c ELISA试剂盒 | Cusabio | CSB-E08532m |
| RNA提取 | RNAex pro试剂 | Accurate Biotechnology | -- |
| RT-qPCR | SYBR ExScript qRT-PCR试剂盒 | TaKaRa | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Elabscience Biotechnology | -- |
| PMSF蛋白酶抑制剂 | Elabscience Biotechnology | -- | |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Elabscience Biotechnology | -- | |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗β-actin抗体 | Elabscience Biotechnology | E-AB-20058 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Abcam | ab184699 | |
| 抗BCL2抗体 | Elabscience Biotechnology | E-AB-22004 | |
| 抗BAX抗体 | Elabscience Biotechnology | E-AB-10049 | |
| 抗BCL2L1抗体 | Elabscience Biotechnology | E-AB-40057 | |
| 抗BAD抗体 | Affinity | AF7927 | |
| 抗caspase-3抗体 | Abcam | ab184787 | |
| 二抗(山羊抗小鼠IgG) | Elabscience Biotechnology | E-AB-1035 | |
| 二抗(山羊抗兔IgG) | Elabscience Biotechnology | E-AB-1034 | |
| ECL检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-IR-R307 | |
| 显微镜观察 | 光学显微镜 | Olympus | DP73 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;分组;手术方法(双侧肾血管夹闭时间);再灌注时间;每组样本量。 阅读提示:Methods and Materials: Animals and Treatment |
| 药物处理 | Tilianin剂量(5、10、15 mg/kg)、给药方式(灌胃)、给药频率(每日一次)、给药时长(7天)、溶剂(DMSO+玉米油)、对照组设置。 阅读提示:Methods and Materials: Animals and Treatment; Figure 1 |
| 肾功能检测 | 血清肌酐和尿素氮检测方法、试剂盒、样本处理(离心条件)、检测波长。 阅读提示:Methods and Materials: Detection of Renal Function |
| 组织学分析 | 肾脏固定、包埋、切片厚度、染色方法(HE)、损伤评分标准(0-4分)、评估视野数。 阅读提示:Methods and Materials: Hematoxylin-Eosin Staining and Histopathological Analysis |
| 凋亡检测 | TUNEL试剂盒、样本处理、阳性细胞计数方法、视野数。 阅读提示:Methods and Materials: Terminal Deoxynucleotidyltransferase-Mediated dUTP Nick End Labeling |
| 蛋白表达检测 | 组织裂解方法、蛋白定量(BCA)、SDS-PAGE凝胶浓度、转膜条件、抗体孵育条件、内参蛋白。 阅读提示:Methods and Materials: Western Blot Analysis |
| mRNA表达检测 | RNA提取试剂、逆转录方法、qRT-PCR引物序列、PCR反应条件、内参基因。 阅读提示:Methods and Materials: Quantitative Real-Time PCR |