验证ERRα为胰岛素刺激的转录因子
确定ERRα是否响应不同营养状态和胰岛素刺激。
通过Western blot和qPCR检测不同营养状态(禁食/再喂、急性高脂饮食、昼夜周期)以及给予葡萄糖或胰岛素后肝细胞和小鼠肝脏中ERRα蛋白和mRNA水平;通过RNA-seq分析胰岛素刺激的WT和ERRα-/-小鼠肝脏中的差异表达基因。
Insulin action and resistance are dependent on a GSK3β-FBXW7-ERRα transcriptional axis.
研究包含体外细胞实验、体内小鼠模型(肝脏特异性敲除、CRISPR突变)及转录组、蛋白质互作等多元验证,明确功能与机制验证。
HepG2细胞 HEK293T细胞 C2C12成肌细胞 小鼠(肝脏特异性GSK3β或FBXW7敲除,ERRα3SA和ERRα2SA、ERRαS22A磷酸化突变小鼠)
ERRα蛋白磷酸化位点S19、S22、S26对胰岛素响应的影响 GSK3β和FBXW7对ERRα蛋白稳定性及泛素化的调控 ERRα3SA小鼠在正常饮食和高脂饮食下的代谢表型(体重、血糖、胰岛素、甘油三酯等) ERRα抑制剂C29对ERRα3SA小鼠代谢紊乱的改善效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定ERRα是否响应不同营养状态和胰岛素刺激。
通过Western blot和qPCR检测不同营养状态(禁食/再喂、急性高脂饮食、昼夜周期)以及给予葡萄糖或胰岛素后肝细胞和小鼠肝脏中ERRα蛋白和mRNA水平;通过RNA-seq分析胰岛素刺激的WT和ERRα-/-小鼠肝脏中的差异表达基因。
探究胰岛素如何稳定ERRα蛋白,并确定参与其中的激酶。
使用多种激酶抑制剂和siRNA敲除筛选影响ERRα稳定性的激酶;通过Western blot检测GSK3β缺失或抑制对ERRα蛋白水平的影响;通过肝脏特异性敲除小鼠验证GSK3β在体内的作用。
确定GSK3β磷酸化ERRα的具体位点,并验证其导致蛋白酶体降解。
通过生物信息学预测GSK3β共识基序;进行体外激酶实验验证GSK3β直接磷酸化ERRα;构建ERRα磷酸化位点突变体,检测其对降解的敏感性;通过MG132抑制蛋白酶体实验和泛素化实验验证降解途径。
寻找负责ERRα泛素化降解的E3连接酶。
通过筛选策略(结合ERRα靶基因和代谢相关E3)筛选候选E3;通过过表达和敲低实验验证其对ERRα稳定性、半衰期、泛素化的影响;通过Co-IP验证与ERRα的相互作用;检测磷酸化状态对相互作用的影响;在体内验证FBXW7敲除对ERRα积累的影响。
研究破坏胰岛素/GSK3β/FBXW7/ERRα轴对小鼠代谢稳态的影响。
通过CRISPR/Cas9基因编辑生成ERRα3SA(S19A+S22A+S26A)小鼠;通过Western blot检测ERRα蛋白水平;进行RNA-seq分析肝脏和肌肉转录组;通过代谢笼、体重、体脂、血糖、血脂、胰岛素敏感性等检测代谢表型。
确认FBXW7和ERRα磷酸化位点在体内对ERRα蛋白稳定性和胰岛素响应的影响。
通过肝脏特异性敲除FBXW7或GSK3β,检测ERRα蛋白水平及其对禁食/再喂的反应;通过代偿性突变研究ERRα磷酸化位点突变对蛋白积累的影响。
验证ERRα过度激活是否直接导致ERRα3SA小鼠的代谢缺陷。
对ERRα3SA小鼠给予C29(ERRα逆激动剂)腹腔注射,检测血糖、胰岛素、甘油三酯、体重、能量代谢、肝脏脂肪、糖原含量及基因表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 12483020 | |
| 青霉素-链霉素 | Wisent | -- | |
| 动物实验 | D-葡萄糖 | Thermo Fisher Scientific | 15023-021 |
| 胰岛素 | Sigma | I0516 | |
| 高脂饮食 | Envigo | TD.06414 | |
| 标准饮食 | Envigo | TD.08806 | |
| 药物处理 | C29 抑制剂 | -- | -- |
| SB 216763 抑制剂 | MedChemExpress | HY-12012 | |
| 二甲基亚砜 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚乙二醇300 | Sigma | -- | |
| 细胞培养 | MG132 蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | ERRα 抗体 | Abcam | ab76228 |
| 磷酸化AKT (Ser473) 抗体 | Cell Signaling Technology | 4060S | |
| AKT 抗体 | Cell Signaling Technology | 9272S | |
| 磷酸化GSK-3β (Ser9) 抗体 | Cell Signaling Technology | 9322S | |
| GSK-3β 抗体 | Cell Signaling Technology | 12456S | |
| Vinculin 抗体 | Sigma-Aldrich | MAB3574 | |
| Lamin B1 抗体 | Cell Signaling Technology | 12586S | |
| α-微管蛋白抗体 | Cedarlane | CLT9002 | |
| 总OXPHOS啮齿动物WB抗体混合物 | Abcam | ab110413 | |
| HA 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-805 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8226 | |
| CK2α 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-373894 | |
| Flag 标签抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3933S | |
| FBXW7 抗体 | Abcam | ab109617 | |
| FBXW7 抗体(用于LKO研究) | R&D Systems | MAB7776 | |
| V5 标签抗体 | Abcam | ab9116 | |
| FBXO7 抗体 | Abnova | H00025793-M01 | |
| FBXO11 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393229 | |
| WWP1 抗体 | LSBio | LS-C333953 | |
| Parkin 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32282 | |
| 磷酸化ERRα (Ser19) 抗体 | -- | -- | |
| 磷酸化Akt (Thr308) 抗体 | Cell Signaling Technology | 9275S | |
| 磷酸化糖原合酶 (Ser641) 抗体 | Cell Signaling Technology | 47043T | |
| 糖原合酶抗体 | Cell Signaling Technology | 3886S | |
| 兔IgG,HRP偶联全抗体 | VWR | CA95017-556L | |
| 小鼠IgG,HRP偶联全抗体 | VWR | CA95017-332L | |
| SuperSep Phos-tag 凝胶 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 4548995049858 | |
| ECL Western 印迹检测试剂 | Amersham Biosciences | -- | |
| HyBlot CL 放射自显影胶片 | Harvard Apparatus | E3018 | |
| ChemiDoc MP 成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| PVDF 膜 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A 磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 10008D |
| 兔TrueBlot IgG | Rockland | 18-8816-33 | |
| 分子克隆 | Q5 定点突变试剂盒 | NEB | E0554S |
| 细胞转染 | FuGENE HD 转染试剂 | Promega | E2311 |
| HiPerFect 转染试剂 | QIAGEN | 301707 | |
| Opti-MEM 培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985062 | |
| 蛋白质纯化 | 谷胱甘肽琼脂糖珠 | GE Healthcare | 17-0756-01 |
| 异丙基硫代半乳糖苷 | Wisent | -- | |
| 溶菌酶 | Roche | -- | |
| 体外激酶实验 | [γ-32P] ATP | PerkinElmer | BLU002Z250UC |
| ATP | Thermo Fisher Scientific | PV3227 | |
| Typhoon TRIO 扫描仪 | Amersham Biosciences | -- | |
| 动物实验 | 表达Cre重组酶的腺病毒 | Applied Biological Materials Inc. | 000023A |
| 表达GFP的腺病毒 | Applied Biological Materials Inc. | 000541A | |
| 代谢监测 | Promethion 高清晰行为表型系统 | Sable Systems International | -- |
| 体成分分析 | Echo MRI-100 体成分分析仪 | EchoMRI LLC | -- |
| 组织学 | Aperio ScanScope XT 扫描仪 | Leica Biosystems | -- |
| Aperio ImageScope 软件 | Leica Biosystems | 12.4.3.5008 | |
| 生物化学检测 | OneTouch Ultra2 血糖仪 | LifeScan | -- |
| Lactate Scout 乳酸检测仪 | Lactate.com | -- | |
| 超敏感小鼠胰岛素ELISA试剂盒 | Crystal Chem | 90080 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Abcam | ab65336 | |
| 游离脂肪酸检测试剂盒 | Abcam | ab65341 | |
| 天冬氨酸氨基转移酶(AST/GOT)活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K236-M | |
| 糖原检测试剂盒 | Abcam | ab65620 | |
| PDH酶活性微孔板检测试剂盒 | Abcam | ab109902 | |
| RNA提取 | RNeasy 小型RNA提取试剂盒 | QIAGEN | 74106 |
| RNeasy 纤维组织小型RNA提取试剂盒 | QIAGEN | 74704 | |
| 逆转录 | ProtoScript II 逆转录酶 | NEB | M0368X |
| 实时PCR | SYBR Green 预混液 | Roche | 4887352001 |
| LightCycler 480 实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| RNA测序 | NEBNext Ultra RNA 文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| Agilent Bioanalyzer 2100 系统 | Agilent | -- | |
| cBot 簇生成系统 | Illumina | -- | |
| ChIP-qPCR | 蛋白G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 10003D |
| QIAquick PCR 纯化试剂盒 | QIAGEN | 28106 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 软件 | GraphPad Software | -- |
| CalR 软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与处理 | 小鼠品系、年龄、性别、禁食/再喂方案、胰岛素/葡萄糖剂量、高脂饮食持续时间、C29给药方案 阅读提示:Methods: Mice; 图1, 5, 7 legend |
| 细胞培养与处理 | 细胞系、培养条件、血清饥饿时间、药物浓度(如MG132、CHX)、转染试剂和方法 阅读提示:Methods: Cell culture; 图2, 3, 4 legend |
| 蛋白质检测 | 抗体、稀释度、裂解缓冲液、核质分离方法、Phos-tag凝胶条件 阅读提示:Methods: Preparation of cell or tissue lysates and immunoblotting; 图3a, 3e |
| 转录组分析 | RNA提取方法、建库试剂盒、测序平台、差异表达基因筛选阈值(p<0.05, |FC|≥1.2) 阅读提示:Methods: RNA extraction and real-time PCR, RNA-sequencing; 图1m, 5d |
| 代谢表型检测 | 代谢笼条件、GTT/ITT剂量、血糖/胰岛素/血脂检测方法、糖原/PDH活性检测 阅读提示:Methods: Indirect calorimetry, Glucose and insulin tolerance tests, Biochemistry measurements; 图6, 7 |