外泌体提取与鉴定
验证HaCaT细胞来源外泌体的存在和特征
用差速离心法提取正常和高糖处理的HaCaT细胞外泌体,通过NTA、TEM和Western blot表征
Long noncoding RNA LINC01435 impedes diabetic wound healing by facilitating YY1-mediated HDAC8 expression.
包括体外细胞实验、动物模型、患者样本、功能验证和机制验证,如迁移、成管、动物伤口愈合、双荧光素酶报告基因和ChIP等。
HaCaT细胞 HUVECs db/db糖尿病小鼠 糖尿病足皮肤组织
HG-Exos浓度:100 μg溶于100 μL PBS,4个注射位点 db/db小鼠与野生型小鼠,7周龄雄性 高糖处理浓度:33.3 mmol/L;正常糖对照:5.5 mmol/L + 甘露醇22.7 mmol/L LINC01435敲低方式:SM-LINC01435(siRNA与ASO混合) 统计:one-way ANOVA with Dunnett's T3,p<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HaCaT细胞来源外泌体的存在和特征
用差速离心法提取正常和高糖处理的HaCaT细胞外泌体,通过NTA、TEM和Western blot表征
确认HUVECs能够摄取HaCaT细胞来源的外泌体
用PKH26标记外泌体,与HUVECs共孵育,激光共聚焦显微镜观察
评估HG-Exos和LINC01435对HUVECs迁移和成管的影响
用HG-Exos处理HUVECs,进行迁移和成管实验,并敲低或过表达LINC01435观察功能变化
验证HG-Exos在体内对糖尿病创面愈合的影响
在野生型和db/db小鼠背部制作全层皮肤伤口,皮下注射NG-Exos或HG-Exos,观察伤口愈合率,并通过免疫组化和免疫荧光检测CD31等
探索LINC01435抑制血管生成的下游效应分子
通过qPCR和Western blot检测Notch信号通路相关基因,发现HDAC8表达上调,并通过敲低和过表达验证功能
揭示LINC01435调控HDAC8表达的分子机制
通过pull-down、RIP、免疫荧光、双荧光素酶报告基因和ChIP实验验证LINC01435与YY1结合并调控HDAC8转录
验证LINC01435通过YY1/HDAC8轴发挥功能
在敲低YY1或HDAC8的基础上过表达LINC01435或HDAC8,观察迁移和成管能力的变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 最低必需培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | -- | |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000-015 | |
| HaCaT细胞 | Cell Biological | CL-0090 | |
| 人脐静脉内皮细胞 | Cell Biological | FH1122 | |
| 支原体检测试剂盒 | Genecreate Biological engineering | -- | |
| 外泌体提取 | 0.22μm滤膜 | Guangzhou Jet Bio-Filtration | -- |
| 外泌体标记 | PKH26 | Sigma-Aldrich | MINI26 |
| 细胞核染色 | DAPI | Biyuntian Biotechnology | -- |
| 细胞成像 | 共聚焦激光扫描显微镜(LSM 800) | Zeiss | -- |
| 成管实验 | 基质胶 | BD | -- |
| 血管生成载玻片 | Ibidi | -- | |
| 自动荧光显微镜(IX83) | Olympus | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | CWBIO | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | CWBIO | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Merck-Millipore | -- | |
| ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Mini Chemi成像系统 | Sagecreation | -- | |
| CD9抗体 | Abcam | ab92726 | |
| TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| Grp94抗体 | Abcam | ab108606 | |
| HDAC8抗体 | CST | 66042S | |
| YY1抗体 | Proteintech | 66281 | |
| GAPDH抗体 | Servicebio | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| FastKing gDNA去除反转录超混合试剂盒 | Tiangen | -- | |
| Super Real Premix Plus试剂盒(SYBR Green) | Tiangen | -- | |
| TB Green Premix ExTaq II | Roche | -- | |
| LightCycler 480 II | Roche | -- | |
| 细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | APExBIO | K1018 |
| EdU-555 | EpiZyme | CX003 | |
| 细胞凋亡 | Annexin V-FITC/PI试剂盒 | CWBIO | CW2574S |
| 流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning CoStar | -- |
| 结晶紫 | 文中未明确说明 | -- | |
| 转染 | SM-LINC01435 | RiboBio | P202008150001 |
| SM-NC | RiboBio | P202008150001 | |
| si-HDAC8 | RiboBio | P202012180038 | |
| si-YY1 | RiboBio | P202012070066 | |
| pcDNA3.1-LINC01435 | 文中未明确说明 | -- | |
| pcDNA3.1(+)-Flag-YY1 | Jingbai | PPL00870-2c | |
| pCMV-HA-HDAC8 | Dahong | OENM_018486 | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | -- |
| pGL3-basic-HDAC8 | Dahong | PR213116 | |
| pGL3-basic-HDAC8突变体 | Dahong | -- | |
| PRL-TK | Dahong | PR2011092 | |
| pGL3-basic | Dahong | PR2011091 | |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- |
| RNA pull-down | 链霉亲和素磁珠 | MedChemExpress | -- |
| 动物实验 | Bks-db小鼠 | Gempharmatech-GD | T002407-1 |
| Bks-db-WT小鼠 | Gempharmatech-GD | T002407-2 | |
| 免疫组织化学 | 显微镜(Nikon) | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和外泌体提取 | HaCaT细胞培养基(MEM)含10%FBS,高糖处理浓度33.3 mM,正常糖5.5 mM+甘露醇22.7 mM;外泌体提取离心参数 阅读提示:Methods: Cell culture, Exosome extraction and identification |
| 体外功能实验 | 迁移实验细胞数量24,000个,成管实验细胞数量12,000个,处理时间;LINC01435敲低试剂SM-LINC01435浓度100 nM;HDAC8/YY1 siRNA浓度50 nM 阅读提示:Methods: Migration assay, Tube formation assay, Cell transfection |
| 动物实验 | 小鼠品系和性别(Bks-db和Bks-db-WT雄性7周龄),伤口直径6 mm,外泌体剂量100 μg/100 μL PBS,注射位点4个,观察时间点0,3,6,9,11天 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 2C legend |
| 机制实验 | RIP中YY1抗体,ChIP中YY1抗体和IgG阴性对照;双荧光素酶报告基因中pGL3-HDAC8野生型/突变型构建 阅读提示:Methods: LncRNA pull-down assay, RIP, ChIP, Luciferase reporter assay; Figure 5 |
| 统计设计 | 每组样本量n=6-8,统计方法(Student's t test和one-way ANOVA with Dunnett's T3),显著性水平α=0.05 阅读提示:Methods: Quantification and statistical analysis; Figure 2C legend |