建立氧化损伤模型
确定H2O2诱导TMCs氧化损伤的最佳浓度和时间。
用不同浓度H2O2(0-400 μM)处理TMCs 12小时,以及用300 μM H2O2处理0-24小时,通过MTT检测细胞活力。
miR-486-5p Restrains Extracellular Matrix Production and Oxidative Damage in Human Trabecular Meshwork Cells by Targeting TGF-β/SMAD2 Pathway.
研究包含体外细胞模型、功能实验(凋亡、氧化应激、ECM)和机制验证(靶标预测、荧光素酶报告、回复实验),但缺乏动物模型及患者样本验证。
人小梁网细胞(TMCs) HEK293T细胞(用于荧光素酶报告实验)
人小梁网细胞(TMCs)的来源和培养条件(ScienCell,#6590,DMEM+10%FBS,3-5代) H2O2处理浓度(300 μM)和时间(12小时) miR-486-5p mimics浓度(50 nM)和转染试剂(Lipofectamine 2000) SMAD2敲低和过表达载体(sh-SMAD2和pcDNA3.1/SMAD2)的验证 凋亡检测采用Annexin V-FITC/PI染色,ECM和蛋白检测采用Western blot和免疫荧光
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定H2O2诱导TMCs氧化损伤的最佳浓度和时间。
用不同浓度H2O2(0-400 μM)处理TMCs 12小时,以及用300 μM H2O2处理0-24小时,通过MTT检测细胞活力。
验证miR-486-5p过表达对H2O2诱导的TMCs损伤的保护作用。
转染miR-486-5p mimics或NC mimics后,用300 μM H2O2处理12小时,检测凋亡、氧化应激指标和ECM表达。
预测并验证miR-486-5p的直接靶基因。
使用TargetScan、starBase、miRDB和TargetRank预测靶基因,通过RT-qPCR筛选候选基因,并通过双荧光素酶报告实验验证miR-486-5p与SMAD2 3'-UTR的结合。
验证SMAD2在H2O2诱导的TMCs损伤中的作用。
通过sh-SMAD2敲低SMAD2,然后检测凋亡、氧化应激指标和ECM表达。
验证miR-486-5p通过靶向SMAD2发挥保护作用。
在H2O2处理的TMCs中,共转染miR-486-5p mimics和pcDNA3.1/SMAD2,检测SMAD2表达、凋亡、氧化应激和ECM表达是否恢复。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 人小梁网细胞 | ScienCell Research Laboratories | #6590 |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | Gibco | -- | |
| 硫酸链霉素 | Gibco | -- | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | -- | |
| 两性霉素B | Gibco | -- | |
| 氧化损伤模型 | 过氧化氢 | Gibco | -- |
| 细胞转染 | miR-486-5p模拟物 | RiboBio | 序列: UCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG |
| 阴性对照模拟物 | RiboBio | 序列: UAUCCGGCCUGCGCCGUUAGCA | |
| SMAD2短发夹RNA | GenePharma | 序列: GCAGAACTATCTCCTACTACTTTCAAGAGAAGTAGTAGGAGATAGTTCTGCTTTTTT | |
| 阴性对照短发夹RNA | GenePharma | 序列: TTATCAACAAGGTCCTCCTACTTCAAGAGAGTAGGAGGACCTTGTTGATAATTTTTT | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-027 | |
| pcDNA3.1质粒 | Invitrogen | HG-VPI0001 | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | -- | 70-AP101-100 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| mirPremier microRNA分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- | |
| M-MLV逆转录酶 | Promega | M1701 | |
| miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | GeneCopoeia | QP114 | |
| FastStart Universal SYBR Green Master混合物 | Roche | 4913850001 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Elabscience | E-BC-R327 |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 一抗 | -- | -- | |
| 二抗 | -- | -- | |
| ECL Advance化学发光试剂 | GE Healthcare | -- | |
| Image Lab v6.0软件 | -- | -- | |
| MTT assay | MTT溶液 | Sigma-Aldrich | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| SpectraMax M2e酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 流式细胞术 | FACScan流式细胞仪 | Becton–Dickinson | -- |
| FlowJo软件 | -- | -- | |
| 免疫荧光染色 | Triton X-100 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| Alexa Fluor 555标记的兔IgG | Abcam | -- | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | LSM710 | |
| ELISA | SOD检测试剂盒 | -- | ab65354 |
| MDA检测试剂盒 | -- | ab118970 | |
| 双荧光素酶报告实验 | pmirGLO-SMAD2野生型质粒 | -- | -- |
| pmirGLO-SMAD2突变体质粒 | -- | -- | |
| 双荧光素酶报告系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 人小梁网细胞(TMCs)来源(ScienCell,#6590),培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5% CO2),细胞代数(3-5代) 阅读提示:Methods 2.1 Cell Culture |
| 氧化损伤模型 | H2O2浓度(300 μM)和处理时间(12小时),用于后续实验 阅读提示:Methods 2.1 Cell Culture 和 Results 3.1 |
| 细胞转染 | miR-486-5p mimics(50 nM)、NC mimics(50 nM)、sh-SMAD2(50 nmol/L)、sh-NC(50 nmol/L)的浓度,转染试剂Lipofectamine 2000的使用方法,转染后处理时间(48小时) 阅读提示:Methods 2.2 Cell Transfection |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI染色,细胞密度1×10^6 cells/mL,染色时间15分钟,使用FACScan流式细胞仪分析 阅读提示:Methods 2.7 Flow Cytometry |
| Western blotting | 抗体信息:cleaved caspase-3(ab32042)、cleaved caspase-9(#20750S)、collagen I(ab138492)、fibronectin(ab268020)、laminin(ab108536)、SMAD2(ab40855)、TGF-β(ab215715)、β-actin(#4970S);蛋白上样量30 μg 阅读提示:Methods 2.5 Western Blotting |