患者来源的iPSCs将线粒体呼吸复合物I功能升高与Rothmund-Thomson综合征中的骨肉瘤联系起来

Patient-derived iPSCs link elevated mitochondrial respiratory complex I function to osteosarcoma in Rothmund-Thomson syndrome.

作者信息Brittany E Jewell, An Xu, Dandan Zhu, Mo-Fan Huang, Linchao Lu, Mo Liu, Erica L Underwood, Jun Hyoung Park, Huihui Fan, Julian A Gingold, Ruoji Zhou, Jian Tu, Zijun Huo, Ying Liu, Weidong Jin, Yi-Hung Chen, Yitian Xu, Shu-Hsia Chen, Nino Rainusso, Nathaniel K Berg, Danielle A Bazer, Christopher Vellano, Philip Jones, Holger K Eltzschig, Zhongming Zhao, Benny Abraham Kaipparettu, Ruiying Zhao, Lisa L Wang, Dung-Fang Lee
PMID34965247
发布时间2021-12-29
DOI10.1371/journal.pgen.1009971

实验完整度

包含患者iPSC模型、体外成骨分化与功能验证、转录组与代谢分析、药物抑制等至少两个独立证据层级,且包含功能验证和机制验证。

主要模型

RTS患者来源的iPSCs及其分化的成骨细胞 家族对照(FC)iPSCs及其分化的成骨细胞

重点核对

RTS患者携带双等位基因RECQL4致病性变异(RTS-A: c.2719C>T/Q907X;RTS-B: 1568G>C;1573delT和VS11+32del24) iPSC分化为成骨细胞的培养条件(含0.1 μM地塞米松、10 mM β-甘油磷酸、200 μM抗坏血酸的成骨分化培养基) IACS-010759处理浓度(100 nM)和处理时间(3天) AIG实验中细胞接种密度(1×10^4)和软琼脂培养时间(1.5个月) Seahorse实验中细胞接种密度(30,000个/孔)

摘要

Rothmund-Thomson综合征(RTS)是一种常染色体隐性遗传病,其特征为皮肤异色病、身材矮小、骨骼异常、眉毛/睫毛稀疏、白内障和癌症易感性。携带双等位基因RECQL4致病性变异的2型RTS患者具有多种骨骼异常和显著增加的骨肉瘤发病率。在此,我们生成了RTS患者来源的诱导多能干细胞(iPSCs),以剖析导致RTS患者相关骨肉瘤的病理信号。RTS iPSC来源的成骨细胞表现出成骨分化缺陷和体外致瘤能力的获得。RTS成骨细胞的转录组分析验证了骨形态发生的减少,同时揭示了线粒体呼吸复合物I基因表达的异常上调。RTS成骨细胞的代谢分析显示线粒体呼吸复合物I功能升高、氧化磷酸化(OXPHOS)增加和ATP产生增加。通过IACS-010759抑制线粒体呼吸复合物I活性可选择性抑制RTS成骨细胞的细胞呼吸和细胞增殖。此外,对IACS-010759诱导的RTS成骨细胞变化的系统分析揭示,线粒体呼吸复合物I的化学抑制损害细胞增殖、诱导衰老,并减少MAPK信号和细胞周期相关基因,但增加H19和核糖体蛋白基因。总之,我们的研究表明线粒体呼吸复合物I是RTS相关骨肉瘤的潜在治疗靶点,并为未来的临床治疗策略提供了见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RECQL4致病性变异如何驱动RTS患者骨肉瘤的发生,以及哪些分子机制可作为治疗靶点?
核心机制
RECQL4功能受损导致成骨细胞中线粒体呼吸复合物I基因表达和活性增加,促进氧化磷酸化和ATP产生,从而驱动肿瘤前表型;抑制复合物I可逆转这些效应。
主要证据
RTS iPSC来源的成骨细胞表现出成骨分化缺陷和体外致瘤能力(AIG实验),RNA-seq和GSEA显示OXPHOS和复合物I基因上调,酶活性和Seahorse实验证实复合物I活性和OXPHOS升高;IACS-010759处理选择性抑制RTS成骨细胞增殖并诱导衰老。
研究意义
线粒体呼吸复合物I是RTS相关骨肉瘤的潜在治疗靶点,IACS-010759可能为RTS患者及携带RECQL4突变的散发性骨肉瘤提供新的治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

iPSC生成与表征

建立携带RECQL4致病性变异的患者特异性iPSC模型,并验证其多能性和无重编程痕迹。

从RTS患者和未受影响父母皮肤成纤维细胞中,通过仙台病毒重编程生成iPSC克隆,通过免疫染色、qRT-PCR、畸胎瘤形成实验和基因组PCR验证多能性标志物和转基因消除,并通过全外显子测序评估突变负担。

2

成骨分化及表型分析

评估RTS iPSC来源成骨细胞的成骨分化能力和肿瘤前表型。

将iPSC分化为MSC,再分化为成骨细胞;通过ARS染色、qRT-PCR分析成骨基因表达;通过AIG实验检测体外致瘤能力;并检测细胞增殖、周期和迁移能力。

3

转录组分析

鉴定RTS成骨细胞中异常调控的信号通路,特别是能量代谢相关通路。

对iPSC来源的MSC(D0)、前成骨细胞(D15)和成骨细胞(D24)进行RNA-seq,并通过GSEA、KEGG和Reactome分析富集的生物学过程。

4

线粒体功能验证

验证RTS成骨细胞中OXPHOS和复合物I活性的功能性升高。

通过酶活性测定检测复合物I、II、III、IV及柠檬酸合酶活性;用Seahorse分析OCR和ECAR,评估线粒体呼吸和糖酵解;检测ATP水平。

5

药物抑制与机制探索

验证抑制复合物I是否选择性抑制RTS成骨细胞生长,并探索其分子机制。

用IACS-010759处理RTS和FC成骨细胞,检测OCR、细胞增殖、细胞形态、衰老、细胞周期、ROS、凋亡;RNA-seq分析转录变化,并用免疫印迹验证MAPK和细胞周期相关蛋白。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
CytoTune-iPS 2.0 仙台病毒重编程试剂盒Thermo Fisher ScientificA16517
KnockOut DMEM/F12培养基Thermo Fisher Scientific12660012
StemMACS iPSC-Brew XF培养基Miltenyi Biotec130-104-368
SB-431542MilliporeSigmaS4317
Accutase细胞解离液StemCell Technology07922
DMEM培养基GenDEPOTF0900-050
胎牛血清GenDEPOTF0900-050
PrestoBlue细胞活力试剂Thermo Fisher ScientificA13262
衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒Cell Signaling Technology9860
SensoLyte均相AMC Caspase-3/7检测试剂盒AnaspecAS-71118
ATPlite发光检测系统Perkin Elmer6016943
活性氧荧光检测试剂盒ElabscienceE-BC-K138-F
Bradford蛋白定量试剂Bio-Rad5000006
Trizol RNA提取试剂Thermo Fisher Scientific15596026
NANOG抗体R&D SystemsAF1997
OCT4抗体Santa CruzSC-9081
TRA-1-81-Alexa Fluor 555抗体R&D SystemsFAB3195A
SSEA4-PE抗体R&D SystemsFA1435P-025
CD44抗体BD PharMingen559942
CD73抗体BD PharMingen550257
CD105抗体eBioscience12-1057
RECQL4抗体MilliporeSigmaSAB1410002
NDUFA7抗体ABclonal ScienceA8441
NDUFS8抗体ABclonal ScienceA13034
STK39抗体ABclonal ScienceA2275
EREG抗体ABclonal ScienceA16372
ERK1/2抗体Cell Signaling4695
磷酸化ERK1/2抗体Cell Signaling9101
ACTIN抗体MilliporeSigmaA2228
Seahorse细胞代谢分析Agilent--
IACS-010759----
鱼藤酮----
FCCP----
寡霉素----
DAPI----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
iPSC重编程
仙台病毒重编程试剂盒型号、培养基成分、克隆筛选标志物(TRA-1-81)、无转基因验证方法
阅读提示:Materials and methods: Somatic cell reprogramming
成骨分化
MSC分化和成骨分化培养基成分、地塞米松、β-甘油磷酸、抗坏血酸浓度、分化天数
阅读提示:Materials and methods: In vitro differentiation of iPSCs to MSCs, Osteogenic differentiation
AIG实验
细胞密度、软琼脂浓度、培养时间、集落计数标准
阅读提示:Materials and methods: In vitro AIG assay
代谢分析
Seahorse仪器、细胞接种密度、检测试剂(FCCP、寡霉素等)、归一化方法
阅读提示:Materials and methods: Seahorse assay
药物处理
IACS-010759浓度(100 nM)、处理时间(3天)、溶剂对照(DMSO)
阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Senescence staining