iPSC生成与表征
建立携带RECQL4致病性变异的患者特异性iPSC模型,并验证其多能性和无重编程痕迹。
从RTS患者和未受影响父母皮肤成纤维细胞中,通过仙台病毒重编程生成iPSC克隆,通过免疫染色、qRT-PCR、畸胎瘤形成实验和基因组PCR验证多能性标志物和转基因消除,并通过全外显子测序评估突变负担。
Patient-derived iPSCs link elevated mitochondrial respiratory complex I function to osteosarcoma in Rothmund-Thomson syndrome.
包含患者iPSC模型、体外成骨分化与功能验证、转录组与代谢分析、药物抑制等至少两个独立证据层级,且包含功能验证和机制验证。
RTS患者来源的iPSCs及其分化的成骨细胞 家族对照(FC)iPSCs及其分化的成骨细胞
RTS患者携带双等位基因RECQL4致病性变异(RTS-A: c.2719C>T/Q907X;RTS-B: 1568G>C;1573delT和VS11+32del24) iPSC分化为成骨细胞的培养条件(含0.1 μM地塞米松、10 mM β-甘油磷酸、200 μM抗坏血酸的成骨分化培养基) IACS-010759处理浓度(100 nM)和处理时间(3天) AIG实验中细胞接种密度(1×10^4)和软琼脂培养时间(1.5个月) Seahorse实验中细胞接种密度(30,000个/孔)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立携带RECQL4致病性变异的患者特异性iPSC模型,并验证其多能性和无重编程痕迹。
从RTS患者和未受影响父母皮肤成纤维细胞中,通过仙台病毒重编程生成iPSC克隆,通过免疫染色、qRT-PCR、畸胎瘤形成实验和基因组PCR验证多能性标志物和转基因消除,并通过全外显子测序评估突变负担。
评估RTS iPSC来源成骨细胞的成骨分化能力和肿瘤前表型。
将iPSC分化为MSC,再分化为成骨细胞;通过ARS染色、qRT-PCR分析成骨基因表达;通过AIG实验检测体外致瘤能力;并检测细胞增殖、周期和迁移能力。
鉴定RTS成骨细胞中异常调控的信号通路,特别是能量代谢相关通路。
对iPSC来源的MSC(D0)、前成骨细胞(D15)和成骨细胞(D24)进行RNA-seq,并通过GSEA、KEGG和Reactome分析富集的生物学过程。
验证RTS成骨细胞中OXPHOS和复合物I活性的功能性升高。
通过酶活性测定检测复合物I、II、III、IV及柠檬酸合酶活性;用Seahorse分析OCR和ECAR,评估线粒体呼吸和糖酵解;检测ATP水平。
验证抑制复合物I是否选择性抑制RTS成骨细胞生长,并探索其分子机制。
用IACS-010759处理RTS和FC成骨细胞,检测OCR、细胞增殖、细胞形态、衰老、细胞周期、ROS、凋亡;RNA-seq分析转录变化,并用免疫印迹验证MAPK和细胞周期相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞重编程 | CytoTune-iPS 2.0 仙台病毒重编程试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A16517 |
| 细胞培养 | KnockOut DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12660012 |
| StemMACS iPSC-Brew XF培养基 | Miltenyi Biotec | 130-104-368 | |
| SB-431542 | MilliporeSigma | S4317 | |
| Accutase细胞解离液 | StemCell Technology | 07922 | |
| DMEM培养基 | GenDEPOT | F0900-050 | |
| 胎牛血清 | GenDEPOT | F0900-050 | |
| 细胞增殖 | PrestoBlue细胞活力试剂 | Thermo Fisher Scientific | A13262 |
| 细胞衰老 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9860 |
| 细胞凋亡 | SensoLyte均相AMC Caspase-3/7检测试剂盒 | Anaspec | AS-71118 |
| ATP检测 | ATPlite发光检测系统 | Perkin Elmer | 6016943 |
| 活性氧检测 | 活性氧荧光检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K138-F |
| 蛋白定量 | Bradford蛋白定量试剂 | Bio-Rad | 5000006 |
| RNA提取 | Trizol RNA提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| 免疫印迹 | NANOG抗体 | R&D Systems | AF1997 |
| OCT4抗体 | Santa Cruz | SC-9081 | |
| 流式细胞术 | TRA-1-81-Alexa Fluor 555抗体 | R&D Systems | FAB3195A |
| SSEA4-PE抗体 | R&D Systems | FA1435P-025 | |
| CD44抗体 | BD PharMingen | 559942 | |
| CD73抗体 | BD PharMingen | 550257 | |
| CD105抗体 | eBioscience | 12-1057 | |
| 免疫印迹 | RECQL4抗体 | MilliporeSigma | SAB1410002 |
| NDUFA7抗体 | ABclonal Science | A8441 | |
| NDUFS8抗体 | ABclonal Science | A13034 | |
| STK39抗体 | ABclonal Science | A2275 | |
| EREG抗体 | ABclonal Science | A16372 | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling | 4695 | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling | 9101 | |
| ACTIN抗体 | MilliporeSigma | A2228 | |
| 代谢分析 | Seahorse细胞代谢分析 | Agilent | -- |
| IACS-010759 | -- | -- | |
| 鱼藤酮 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| iPSC重编程 | 仙台病毒重编程试剂盒型号、培养基成分、克隆筛选标志物(TRA-1-81)、无转基因验证方法 阅读提示:Materials and methods: Somatic cell reprogramming |
| 成骨分化 | MSC分化和成骨分化培养基成分、地塞米松、β-甘油磷酸、抗坏血酸浓度、分化天数 阅读提示:Materials and methods: In vitro differentiation of iPSCs to MSCs, Osteogenic differentiation |
| AIG实验 | 细胞密度、软琼脂浓度、培养时间、集落计数标准 阅读提示:Materials and methods: In vitro AIG assay |
| 代谢分析 | Seahorse仪器、细胞接种密度、检测试剂(FCCP、寡霉素等)、归一化方法 阅读提示:Materials and methods: Seahorse assay |
| 药物处理 | IACS-010759浓度(100 nM)、处理时间(3天)、溶剂对照(DMSO) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Senescence staining |