构建LINC00473的ceRNA相互作用网络
基于ENCORI数据库预测LINC00473、miR-23a-3p及其靶基因的相互作用,提出研究假设。
使用ENCORI网站预测LINC00473与miR-23a-3p的结合位点,并预测miR-23a-3p的靶基因,构建ceRNA网络。
LINC00473-modified bone marrow mesenchymal stem cells incorporated thermosensitive PLGA hydrogel transplantation for steroid-induced osteonecrosis of femoral head: A detailed mechanistic study and validity evaluation.
包括体外细胞分化与凋亡实验、双荧光素酶报告基因、RIP、RAP等机制验证,以及大鼠SONFH模型体内移植实验,证据层级完整。
人骨髓间充质干细胞(hBMSCs) 大鼠骨髓间充质干细胞(rBMSCs) 激素性股骨头坏死大鼠模型
hBMSCs和rBMSCs的分离、培养及第三代细胞的使用 LINC00473过表达和敲低慢病毒转染效率的验证(qRT-PCR和荧光显微镜) miR-23a-3p mimics转染效率的验证(qRT-PCR和Cy3荧光) Dex诱导hBMSCs凋亡的浓度(10^-6 mol/L) SONFH大鼠模型的建立(肌注20 mg/kg/day甲泼尼龙,3天/周,共3周)及实验分组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
基于ENCORI数据库预测LINC00473、miR-23a-3p及其靶基因的相互作用,提出研究假设。
使用ENCORI网站预测LINC00473与miR-23a-3p的结合位点,并预测miR-23a-3p的靶基因,构建ceRNA网络。
获取并验证实验所需的人骨髓间充质干细胞。
从骨髓组织分离hBMSCs,培养传代至第三代,通过形态学观察和流式细胞术检测表面标志物(CD34, CD44, CD45, CD73, CD90)进行鉴定。
明确LINC00473对hBMSCs成骨和成脂分化的调控作用。
使用过表达和敲低LINC00473的慢病毒感染hBMSCs,通过ALP染色/活性、油红O染色、TG含量、qRT-PCR和Western blot检测成骨标志物(BSPII, OPN3, Runx-2)和成脂标志物(PPAR-γ, CEBP-α, FABP4)的表达。
探讨LINC00473是否通过Wnt/β-catenin信号通路调控hBMSCs分化。
在成骨或成脂诱导条件下,加入DKK1(Wnt/β-catenin通路特异性抑制剂),检测LINC00473对通路关键分子(LRP5, β-catenin, TCF1)及分化标志物的影响。
验证miR-23a-3p是否介导LINC00473对Wnt/β-catenin和凋亡信号通路的调控。
将miR-23a-3p mimics与LINC00473过表达慢病毒共转染至hBMSCs,通过双荧光素酶报告实验验证miR-23a-3p与PEBP1的直接结合,并检测上述信号通路及分化、凋亡指标的变化。此外,通过AGO2-RIP和RAP验证LINC00473与miR-23a-3p的AGO2依赖性相互作用。
验证LINC00473对rBMSCs的成骨、成脂分化、凋亡和迁移的影响,为体内实验做准备。
在rBMSCs中过表达LINC00473,通过ALP染色/活性、油红O染色、TG含量、CCK-8、Hoechst 33342染色、流式细胞术和划痕实验评估其功能。
验证PLGA水凝胶是否适宜作为rBMSCs的载体。
通过形态学观察、SEM观察、细胞增殖(结晶紫染色)、凋亡(流式细胞术)和迁移(划痕实验)评估PLGA水凝胶及其浸提液对rBMSCs的影响。
在体内评估PLGA水凝胶负载LINC00473修饰的rBMSCs移植对SONFH的治疗效果。
通过肌注甲泼尼龙建立SONFH大鼠模型。将rBMSCs或负载rBMSCs的PLGA水凝胶(含LINC00473过表达或对照载体)移植至股骨髓腔,12周后通过MRI、micro-CT、HE染色和IHC评估治疗效果。
评估PLGA水凝胶对移植细胞命运和迁移的影响。
使用慢病毒标记rBMSCs表达荧光素酶,移植后1、3、7、15、30天通过免疫荧光染色观察细胞在股骨中的分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| miR-23a-3p模拟物 | RiboBio Corporation | -- | |
| miR-23a-3p抑制剂 | RiboBio Corporation | -- | |
| 成骨/成脂分化 | 成骨和成脂分化培养基 | Fuyuanbio | -- |
| ALP染色 | ALP染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| ALP活性检测 | ALP活性检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| TG含量检测 | 甘油三酯测定试剂盒 | Solarbio | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8检测试剂盒 | Solarbio | -- |
| 细胞凋亡检测 | Hoechst 33342试剂盒 | -- | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | -- | -- |
| Western blotting | GAPDH抗体 | Elabscience | -- |
| AGO2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Yeasen biology | -- |
| RNA免疫沉淀 | RIP试剂盒 | BersinBio | -- |
| RNA反义纯化 | RAP试剂盒 | Bersinbio | -- |
| 动物实验 | 甲泼尼龙 | Pfizer | -- |
| 细胞形态观察 | 倒置相差显微镜 (Olympus CKX41) | Olympus | -- |
| 流式细胞术 | Apogee A50-MICRO流式细胞仪 | Apogee | -- |
| MRI分析 | Skyra 3.0T磁共振成像系统 | Siemens | -- |
| Micro-CT分析 | μCT100显微CT | SCANCO MEDICAL | -- |
| 组织切片 | 切片机 (Leica, Biocut) | Leica | -- |
| 图像采集 | 全景扫描仪 (3DHISTECH P250 FLASH) | 3DHISTECH | -- |
| 酶标仪 | 酶标仪 | Tecan | -- |
| 统计学分析 | SPSS 19.0软件 | IBM | -- |
| 图表制作 | GraphPad Prism 8软件 | GraphPad | -- |
| ceRNA网络构建 | Cytoscape V3.7.2软件 | NRNB | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件(版本1.52u) | -- | -- |
| 实验动物 | Sprague-Dawley (SD)大鼠 | Pengyue experimental animal breeding limited company | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| hBMSCs分离与鉴定 | 细胞分离方法、培养条件、传代代数(第三代)、表面标志物表达(CD44, CD73, CD90阳性;CD34, CD45阴性)及其阳性率。 阅读提示:Materials and Methods: 5.2, 5.3; Results 2.2 |
| 细胞转染 | LINC00473过表达/敲低慢病毒、miR-23a-3p mimics/inhibitors的转染浓度、转染时间(72小时)、转染效率验证方法(qRT-PCR、荧光显微镜)。 阅读提示:Materials and Methods: 5.4; Results 2.3, 2.5 |
| 成骨/成脂分化 | 成骨/成脂诱导培养基(Fuyuanbio)培养条件、诱导时间、ALP染色/活性、油红O染色、TG含量检测方法。 阅读提示:Materials and Methods: 5.5-5.9; Results 2.3 |
| 凋亡实验 | Dex浓度(10^-6 mol/L)处理时间、CCK-8检测时间点(1-7天)、Hoechst 33342染色、流式细胞术(Annexin V-PE/7-AAD)方法。 阅读提示:Materials and Methods: 5.10-5.12; Results 2.6 |
| 分子机制验证 | 双荧光素酶报告实验载体构建(GV272-LINC00473-WT/MUT, GV272-PEBP1-WT/MUT)、转染细胞数、转染后检测时间(48小时)、AGO2-RIP和RAP实验步骤及关键试剂。 阅读提示:Materials and Methods: 5.15-5.17; Results 2.6, 2.7 |
| rBMSCs分离与功能实验 | rBMSCs分离方法(双侧股骨和胫骨)、培养条件、第三代使用、划痕实验细胞密度(5×10^4 cells/well)和观察时间(0, 6, 12小时)。 阅读提示:Materials and Methods: 5.18, 5.19; Results 2.8 |
| PLGA水凝胶制备与生物相容性 | PLGA水凝胶溶解方法(PBS 1:5)、包封细胞密度(1×10^6 cells/ml)、浸提液制备条件(5% CO2, 37°C)、结晶紫染色、流式细胞术和划痕实验条件。 阅读提示:Materials and Methods: 5.20-5.22; Results 2.9 |
| SONFH大鼠模型建立与分组 | MPS注射剂量(20 mg/kg/day)、频率(3天/周)和时长(3周)、大鼠品系(SD)、周龄(8周)、体重(300-350g)、分组情况、移植细胞密度(1×10^6 cells/ml)、移植体积(0.2ml)及治疗时间(12周)。 阅读提示:Materials and Methods: 5.23; Results 2.10 |
| 体内影像学与组织学评估 | MRI参数、micro-CT参数及分析指标(BV/TV, Tb.Th, Tb.N, Tb.Sp)、HE染色步骤、IHC及IF染色方法和切片厚度(5μm)。 阅读提示:Materials and Methods: 5.24-5.26; Results 2.10, 2.11 |
| 细胞追踪实验 | 荧光素酶慢病毒标记rBMSCs的效率、移植后观察时间点(1, 3, 7, 15, 30天)、IF染色方法。 阅读提示:Materials and Methods: 5.23, 5.26; Results 2.11 |