生物信息学分析
从GEO数据集中识别糖尿病心肌病的差异表达基因,并预测潜在治疗药物。
下载GSE99411数据集的基因表达谱,使用Limma包筛选DEGs(|log2FC|>1,p<0.05),并通过DGIdb数据库分析药物-基因相互作用。
Folic Acid Alleviates High Glucose and Fat-Induced Pyroptosis via Inhibition of the Hippo Signal Pathway on H9C2 Cells.
包含体外细胞实验(H9C2细胞HGF模型、YAP1抑制剂和siRNA干预)、体内动物模型(HFD+STZ小鼠)及生物信息学分析,并进行功能验证和机制验证。
H9C2心肌细胞系 C57BL/6小鼠T2DM模型(高脂饮食+链脲佐菌素)
HGF条件:30 mM葡萄糖和500 nM棕榈酸 叶酸浓度:5、50、500 nM(体外)和8 mg/kg(体内) YAP1抑制剂维替泊芬浓度:5 μM(中和叶酸保护作用) T2DM模型建立:高脂饮食(60%脂肪)联合50 mg/kg STZ腹腔注射 动物处理时间:8周,每2天灌胃叶酸或PBS
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从GEO数据集中识别糖尿病心肌病的差异表达基因,并预测潜在治疗药物。
下载GSE99411数据集的基因表达谱,使用Limma包筛选DEGs(|log2FC|>1,p<0.05),并通过DGIdb数据库分析药物-基因相互作用。
评估叶酸对HGF条件下H9C2细胞活力、焦亡及Hippo通路的影响。
H9C2细胞分为对照组(NG)、高糖高脂组(HGF)、HGF加不同浓度叶酸(5、50、500 nM)组,检测细胞活力、LDH释放、焦亡比例及蛋白表达。
验证叶酸的保护作用是否依赖于YAP1。
使用YAP1抑制剂维替泊芬或YAP1 siRNA处理H9C2细胞,观察对焦亡相关蛋白和细胞活力的影响。
验证叶酸在T2DM小鼠模型中对心肌焦亡和Hippo通路的影响。
建立HFD+STZ诱导的T2DM小鼠模型,分组为对照组、HFD+STZ组、HFD+STZ+叶酸组,灌胃处理8周,检测血糖、体重及心脏组织蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gbico | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 药物处理 | 棕榈酸 | -- | -- |
| 叶酸 | Sigma | 59303 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | Dojindo Laboratories | -- |
| LDH检测 | LDH检测试剂盒 | Jian-cheng | -- |
| 流式检测 | FAM-FLICA Caspase-1试剂盒 | ImmunoChemistry Technologies | 9161 |
| Annexin V-PE/7-ADD | eBioscience | 559763 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白提取定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| NLRP3抗体 | abcam | ab263899 | |
| ASC抗体 | abcam | ab180799 | |
| 半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1抗体 | Immunoway | YT5743 | |
| cleaved caspase-1抗体 | abcam | ab179515 | |
| YAP1抗体 | proteintech | 66900-1-Ig | |
| 磷酸化YAP1 (Ser127)抗体 | Cell Signaling Technology | 13008s | |
| LATS1抗体 | proteintech | 17049-1-AP | |
| 磷酸化LATS1 (Thr1079/1041)抗体 | immunoway | YP1222 | |
| α-微管蛋白抗体 | abcam | ab176560 | |
| 增强化学发光试剂 | biosharp | BL520A | |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology | -- |
| 人IL-18 ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology | -- | |
| 动物实验 | 链脲佐菌素 | Sigma | 18883664 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据集来源、DEG筛选标准(|log2FC|>1, p<0.05)、DGIdb相互作用评分阈值(>20) 阅读提示:Methods: Data Preprocessing and Identification of DEGs; Drug-Gene Interaction |
| 体外细胞培养与处理 | 细胞系(H9C2)、培养基(DMEM+10%FBS)、高糖高脂浓度(30 mM葡萄糖+500 nM棕榈酸)、叶酸浓度(5-500 nM)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| 细胞活力与毒性检测 | 细胞接种密度(5000细胞/孔)、CCK-8试剂、孵育时间(2小时)、OD450测量 阅读提示:Methods: CCK-8 Assay |
| 焦亡检测 | FAM-FLICA Caspase-1试剂盒、PI染色、Annexin V/7-AAD staining、流式细胞仪 阅读提示:Methods: Flow Cytometry Assay |
| Western blot | 抗体列表及稀释比例、蛋白上样量(未明确)、转膜条件(未明确)、封闭条件(5%脱脂牛奶,1.5小时) 阅读提示:Methods: Western Blotting |
| YAP1功能干预 | 维替泊芬浓度(5 μM)、YAP1 siRNA序列(未明确)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(48小时) 阅读提示:Methods: RNA Interference; Figure 5, 6 legends |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6,雄性)、高脂饮食成分(脂肪60%)、STZ剂量(50 mg/kg)、叶酸剂量(8 mg/kg,灌胃)、给药频率(每2天)、处理时间(8周)、每组样本量(n=6) 阅读提示:Methods: Animals |
| 统计分析 | 数据表示方式(mean±SD)、统计方法(one-way ANOVA, two-way ANOVA, Tukey's post-hoc)、显著性水平(p<0.05) 阅读提示:Methods: Statistical Analysis |