鉴定PRDX1为UL13相互作用蛋白
筛选与PRV UL13相互作用的宿主蛋白
通过ESI-MS鉴定UL13结合蛋白,随后用Co-IP验证候选蛋白PRDX1。
Peroxiredoxin 1 Interacts with TBK1/IKKε and Negatively Regulates Pseudorabies Virus Propagation by Promoting Innate Immunity.
包含蛋白互作筛选(ESI-MS、Co-IP)、基因敲除细胞系构建(CRISPR/Cas9)、病毒重组(缺失及点突变)、功能验证(复制、免疫因子表达)及信号通路生化验证,层次丰富。
HEK293T细胞(PRDX1基因敲除及回补) PK-15细胞(PRDX1基因敲除及回补) PRV ZJ01感染模型(野生型、ΔUL13、UL13/K93A突变体、回补病毒)
PRDX1敲除细胞系(HEK293T和PK-15)的构建与验证 PRV UL13缺失(ΔUL13)及K93A点突变重组病毒的构建与验证 PRDX1与TBK1/IKKε的相互作用(Co-IP) UL13介导的PRDX1 K48连接泛素化及蛋白酶体降解(MG132处理) 病毒复制水平测定(TCID50)及IFN-β/ISG表达检测(qRT-PCR、ELISA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与PRV UL13相互作用的宿主蛋白
通过ESI-MS鉴定UL13结合蛋白,随后用Co-IP验证候选蛋白PRDX1。
确定PRDX1是否调控PRV复制
利用CRISPR/Cas9构建PRDX1敲除HEK293T和PK-15细胞,感染PRV ZJ01、ΔUL13或ΔUL13R,测定病毒产量和细胞活力。
检测PRDX1是否影响I型干扰素及ISG的表达
转染poly(dA-dT)或cGAS/STING质粒,或感染病毒,用qRT-PCR检测IFN-β、ISG15、ISG56表达。
明确PRDX1是否通过TBK1/IKKε调节IFN-β信号
通过Co-IP检测外源及内源PRDX1与TBK1/IKKε的结合;报告基因实验检测IFN-β启动子活性;Western blot检测信号通路蛋白磷酸化。
探究UL13促进PRDX1降解的分子机制
在HEK293T或PK-15细胞中共转染PRDX1-Myc和UL13-Flag或激酶突变体,观察降解;使用抑制剂(MG132、3-MA、Z-VAD-FMK)处理;检测泛素化类型。
确定UL13激酶活性是否影响病毒复制和抗病毒免疫
构建UL13/K93A突变病毒和回补病毒,感染PRDX1+/+和−/−细胞,检测病毒滴度及IFN-β/ISG表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白互作验证 | 抗Flag抗体 | Abcam | ab125243 |
| 抗Myc抗体 | Abcam | ab32 | |
| 抗PRDX1抗体 | Abcam | ab16745 | |
| 蛋白检测 | 抗GFP抗体 | Abcam | ab290 |
| Western blot | 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗磷酸化IRF3(Ser396)抗体 | Cell Signaling Technology | 83611 | |
| 抗cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 31659 | |
| 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology | 13647 | |
| 抗磷酸化TBK1(Ser172)抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| 抗IKKε抗体 | Cell Signaling Technology | 3416 | |
| 抗PRDX1抗体 | Proteintech Group | 66820-1-Ig | |
| 药物处理 | MG132 | -- | S2619 |
| 3-甲基腺嘌呤 | -- | S2767 | |
| Z-VAD-FMK | -- | S7023 | |
| 转染 | 脂质体3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒 | Omega | -- |
| qRT-PCR | SYBR green实时定量PCR预混液 | -- | -- |
| ABI QuantStudio 7实时定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | 人IFN-β ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 猪IFN-β ELISA试剂盒 | Mlbio | -- | |
| 转染及质粒构建 | pCDNA3.1-Myc载体 | -- | -- |
| 质粒构建 | pCDH载体 | -- | -- |
| pX335-sgRNA载体 | -- | -- | |
| pX459-sgRNA-puro载体 | -- | -- | |
| pUC-CMV-GFP载体 | -- | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 蛋白检测 | PVDF膜 | -- | -- |
| Western blot | ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Co-IP | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Beyotime | -- |
| ESI-MS | Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC进样器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系构建 | PRDX1敲除细胞系(HEK293T和PK-15)的构建方法(CRISPR/Cas9或lentiCRISPRv2)、sgRNA序列、敲除验证 阅读提示:Materials and Methods中的“Generation of cells with gene disruptions”部分,以及补充材料 |
| 病毒重组 | 重组病毒(ΔUL13、UL13/K93A及其回补病毒)的构建策略、sgRNA序列、质粒(pX335-UL13、pUC-CMV-GFP等) 阅读提示:Material and Methods中的“Generation of PRV containing UL13 deletions or site-specific mutations”部分 |
| 病毒感染与复制测定 | 细胞感染MOI(0.01用于病毒滴度,0.1用于基因表达),感染时间(24h滴度,12h表达) 阅读提示:Figure legends对应图2、图3、图7 |
| 蛋白互作检测 | 转染剂量(如PRDX1-Myc 3μg、UL13-Flag 3μg),Co-IP抗体及用量 阅读提示:Materials and Methods中的“Co-IP”部分及Figure 1 legend |
| 泛素化与降解实验 | MG132处理浓度(1μM或5μM)和处理时间(8h),转染剂量 阅读提示:Materials and Methods部分及Figure 6 legend |