生物信息学分析SMS2表达与预后
评估SMS2表达与乳腺癌(特别是基底样/TNBC)预后及免疫抑制细胞浸润的关系。
分析Oncomine和TCGA数据库,比较SMS2在乳腺癌组织与正常组织的表达,评估SMS2与M2巨噬细胞、Tregs、MDSCs标志物的相关性,并根据分子分型比较预后。
Sphingomyelin synthase 2 facilitates M2-like macrophage polarization and tumor progression in a mouse model of triple-negative breast cancer.
包含体外细胞实验(BMDM极化、迁移)、体内动物模型(4T1原位瘤和实验性转移模型)、临床样本数据库分析及功能验证(SMS2敲除和抑制剂处理)。
4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞系 MDA-MB-231人三阴性乳腺癌细胞系 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM) 4T1同系小鼠原位肿瘤模型 4T1-luc尾静脉转移模型
SMS2敲除或15w处理后M2极化标志物(CD206, Arg1, TGF-β)的表达变化 15w的剂量(10 μM)和IC50(3.0 μM) 体内实验中15w给药剂量为20 mg/kg,口服给药 4T1细胞接种数量(2×10^5)及原位接种位置(第四乳腺脂肪垫) 肿瘤生长和转移的检测时间(14天和21天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SMS2表达与乳腺癌(特别是基底样/TNBC)预后及免疫抑制细胞浸润的关系。
分析Oncomine和TCGA数据库,比较SMS2在乳腺癌组织与正常组织的表达,评估SMS2与M2巨噬细胞、Tregs、MDSCs标志物的相关性,并根据分子分型比较预后。
验证SMS2缺失是否抑制体外巨噬细胞M2极化。
从SMS2-WT和SMS2-KO小鼠骨髓中分离单核细胞,诱导分化为BMDM,用IL-4刺激48小时诱导M2极化,通过流式细胞术、RT-qPCR和Western blot检测M2标志物。
验证药理学抑制SMS2是否能复现基因敲除的效果。
用不同浓度的15w处理BMDM,测定SMS2酶活性IC50;随后用10 μM 15w预处理1小时,再用IL-4刺激M2极化,检测M2标志物。
模拟体内肿瘤微环境对巨噬细胞极化的影响,并验证15w能否阻断该过程。
收集4T1和MDA-MB-231细胞的条件培养基(CM),处理BMDM 24或48小时,检测M2标志物(CD206 MFI)及细胞因子(IL-10, TGF-β)分泌。
评估SMS2抑制剂15w在体内的抗肿瘤和抗转移效果。
BALB/c小鼠原位接种4T1细胞或尾静脉注射4T1-luc细胞,口服15w(20 mg/kg)或对照,测量肿瘤重量、肺转移(生物发光成像和H&E染色)。
评估15w治疗对肿瘤免疫细胞浸润和血管生成的影响。
通过IHC和IF染色分析肿瘤组织中M2巨噬细胞(F4/80+CD206+)、Tregs(CD4+FOXP3+)、MDSCs(CD11b+Gr-1+)、CD8+ T细胞以及血管标志物(CD31, α-SMA)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 315-02 | |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 214-14 | |
| SMS活性测定 | C6-NBD-神经酰胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| RT-qPCR | PrimeScript™反转录预混液 | Takara Bio | RR036B |
| TB Green® Premix Ex Taq™ II | Takara Bio | RR820L | |
| Western blot | NuPAGE™ LDS上样缓冲液 | Invitrogen | NP0007 |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| Arg1抗体 | CST | 93668 | |
| P-Akt抗体 | CST | 4060S | |
| Akt抗体 | CST | 4691S | |
| P-S6抗体 | EPITOMICS | 2268-1 | |
| S6抗体 | CST | 2217 | |
| ECL检测试剂盒 | Merck Millipore | -- | |
| 流式细胞术 | 固定缓冲液 | BioLegend | -- |
| 胞内渗透缓冲液 | BioLegend | -- | |
| PE-Cyanine7抗小鼠F4/80抗体 | eBioscience | 25-4801-82 | |
| PE抗小鼠CD86抗体 | BioLegend | 105015 | |
| APC抗小鼠CD206抗体 | eBioscience | 17-2069-42 | |
| 细胞迁移 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| ELISA | TGF-β ELISA试剂盒 | ExCell Bio | -- |
| IL-10 ELISA试剂盒 | ExCell Bio | -- | |
| 动物实验 | 小鼠SM ELISA试剂盒 | mlbio | SU-B20566 |
| 组织学 | F4/80抗体 | Baiaosi bioscience | BA9048 |
| CD206抗体 | Abcam | ab64693 | |
| CD31抗体 | Baiaosi bioscience | BA9001 | |
| CD31抗体 | Abcam | ab182981 | |
| α-SMA抗体 | Boster | BM0002 | |
| FOXP3抗体 | CST | 98377 | |
| CD4抗体 | Abcam | AB183685 | |
| PE-CD11b抗体 | BioLegend | 101207 | |
| FITC-Gr1抗体 | Elabscience | E-AB-F1120UC |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA样本数522例,SMS2表达中位数分组,基底样/管腔样分型标准(KRT5+KRT14)/(KRT8+KRT18)比值 阅读提示:见方法部分的Bioinformatics analysis及结果部分Fig.1 |
| 体外巨噬细胞极化实验 | BMDM分化条件(M-CSF 20 ng/mL,7天),IL-4浓度20 ng/mL,处理时间48小时;15w浓度10 μM,预处理1小时 阅读提示:见方法部分的Monocyte isolation and BMDM differentiation, Western blotting, Flow cytometry analysis及图2, 3 |
| SMS活性测定 | 15w的IC50(3.0 μM),BMDM细胞密度5×10^5 cells/mL,C6-NBD-ceramide浓度0.1 mg/mL,处理2小时 阅读提示:见方法部分的SMS activity measurement及图3b |
| 体内药效实验 | BALB/c小鼠周龄(6周),每组8只,15w剂量20 mg/kg口服,每日一次,连续给药14天;4T1细胞接种量2×10^5,原位接种于第四乳腺脂肪垫;4T1-luc细胞尾静脉注射 阅读提示:见方法部分的SMS2 knockout mice and mouse models of breast cancer及图5, 6 |
| 免疫微环境分析 | IHC和IF染色的抗体及稀释比例(文中未明确说明),每个肿瘤5个视野计数 阅读提示:见方法部分的Immunohistochemistry and immunofluorescence及图5g-i, 6d-e |