生物信息学分析
评估NOP58在NSCLC中的临床相关性及其与预后的关系。
基于TCGA数据库,对LUAD和LUSC进行差异表达分析和Kaplan-Meier生存分析,比较肿瘤与正常组织的NOP58表达。
NOP58 modulates radiosensitivity in non-small cell lung cancer via DDX18-mediated DNA damage repair.
包含体外细胞模型、功能验证(敲低/过表达)及机制验证(pull-down、拯救实验),但缺乏动物或临床样本验证。
H1299人非小细胞肺癌细胞系 H1299R放射抵抗细胞亚系
放射抵抗细胞系H1299R的建立:H1299细胞经分次X射线照射,每次2 Gy,每周2-3次,累积总剂量80 Gy NOP58敲低:使用慢病毒载体shNOP58,靶序列5'-CCAAACACAAAGGAAAGATTT-3' DDX18过表达质粒VB900008-2306gnb,转染试剂Lipofectamine 3000 照射剂量:0、2、4、6、8 Gy,后续功能实验多用4 Gy NOP58与DDX18相互作用验证:pull-down实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NOP58在NSCLC中的临床相关性及其与预后的关系。
基于TCGA数据库,对LUAD和LUSC进行差异表达分析和Kaplan-Meier生存分析,比较肿瘤与正常组织的NOP58表达。
获得放射抵抗的NSCLC细胞系以研究放射抵抗机制。
通过分次X射线照射亲本H1299细胞,累积剂量80 Gy,建立放射抵抗亚系H1299R。
确认H1299R细胞具有放射抵抗特性并检测NOP58和DDX18的表达。
通过CCK-8、集落形成、流式凋亡、γ-H2AX免疫荧光和彗星实验比较H1299R与H1299在0-8 Gy照射下的反应;用qRT-PCR和Western blot检测NOP58和DDX18表达。
探究NOP58对放射敏感性的影响。
在H1299和H1299R细胞中敲低NOP58,在4 Gy照射下检测细胞活力、集落形成、凋亡和DNA损伤。
验证NOP58与DDX18的相互作用及其在放射抵抗中的功能关联。
通过pull-down验证NOP58与DDX18直接结合;在NOP58敲低的基础上过表达DDX18,观察能否逆转放射增敏效应。
验证NOP58是否足以赋予放射抵抗表型。
在放射敏感的H1299细胞中过表达NOP58,在4 Gy照射下评估细胞活力、DNA损伤和DDX18表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 12491015 |
| 胎牛血清 | Gibco | A5670701 | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| H1299细胞系 | Procell | CL-0165 | |
| 基因敲低与过表达 | shNOP58慢病毒载体 | VectorBuilder | -- |
| DDX18过表达质粒 | VectorBuilder | VB900008-2306gnb | |
| NOP58过表达质粒 | Youbao | G112035 | |
| 基因转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| RNA提取与定量 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 逆转录 | GoScript™逆转录系统 | Promega | A5001 |
| qPCR | TB Green® Premix Ex Taq™ II | Takara | RR820Q |
| QuantStudio™ 3实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | A28137 | |
| qPCR引物合成 | 引物 | Sangon Biotech | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Yeasen | 20101 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Beyotime | P0012A | |
| PVDF膜 | Merck | IPFL00010 | |
| 抗NOP58抗体 | Abcam | ab155969 | |
| 抗DDX18抗体 | Abcam | ab183853 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 山羊抗兔二抗 | Abcam | ab6702 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab6708 | |
| ECL化学发光试剂 | YEASEN | 36208ES60 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | 51119000 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121-100ml |
| 凋亡检测 | 磷酸盐缓冲液 | Beyotime | C0221A |
| FITC-Annexin V/PI细胞凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062S | |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | ST1723-100ml |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST2249-5g | |
| 抗γ-H2AX抗体 | Abcam | ab81299 | |
| Alexa Fluor® 488标记山羊抗兔IgG | Abcam | ab150077 | |
| DAPI染色液 | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| 荧光显微镜 | Olympus | BX63 | |
| 彗星实验 | 彗星实验试剂盒 | Beyotime | C2041M |
| Pull-down实验 | Protein A/G琼脂糖珠 | Beyotime | P2055-10ml |
| 抗NOP58抗体 | Proteintech | 82879-1-RR | |
| 抗DDX18抗体 | Proteintech | 28502-1-AP | |
| 正常兔IgG | 未明确提供 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 放射抵抗细胞株构建 | H1299细胞来源(Procell,CL-0165),照射剂量方案(2 Gy/次,每周2-3次,累积80 Gy) 阅读提示:Methods中Cell culture and treatment部分 |
| 基因转染与敲低/过表达 | shNOP58序列,DDX18过表达质粒(VB900008-2306gnb),转染试剂(Lipofectamine 3000),转染效率验证(qRT-PCR) 阅读提示:Methods中Cell culture and treatment部分 |
| 照射处理 | X射线剂量(0, 2, 4, 6, 8 Gy),用于功能实验的剂量(4 Gy) 阅读提示:Results部分及图例 |
| 细胞活力与增殖 | CCK-8检测条件(96孔板,5×10^3细胞/孔,加入10 μL CCK-8,37°C孵育2小时,450 nm测量);集落形成实验条件(6孔板,2×10^3细胞/孔,培养14天) 阅读提示:Methods中Cell counting kit-8 assay和Colony formation assay部分 |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI染色,流式细胞仪分析,早期凋亡(Annexin V+/PI-)和晚期凋亡(Annexin V+/PI+)比例 阅读提示:Methods中Apoptosis assessment部分 |
| DNA损伤检测 | γ-H2AX免疫荧光(4% PFA固定,0.2% Triton X-100透化,5% BSA封闭,一抗1:250,二抗1:1000,DAPI染色);彗星实验(4 Gy照射后裂解,碱性电泳) 阅读提示:Methods中Immunofluorescence和Comet assay部分 |
| 蛋白相互作用 | pull-down实验:细胞裂解液预清除,anti-NOP58或anti-DDX18抗体孵育过夜,蛋白A/G琼脂糖珠孵育4小时 阅读提示:Methods中Pull down assay部分 |