靶点筛选与网络药理学分析
预测桑黄酮治疗食管癌的潜在靶点和关键通路。
基于GSE13898转录组数据筛选差异表达基因,通过SwissTargetPrediction预测桑黄酮靶点,取交集获得21个共同靶点,构建PPI网络并识别核心枢纽基因,进行GO和KEGG富集分析。
Integrated analysis of Morusin inhibiting esophageal cancer via network pharmacology molecular dynamics simulation and in vitro validation.
包含网络药理学、分子对接与动力学模拟,以及体外细胞实验(CCK-8、Transwell、伤口愈合、Western blot),但缺乏体内动物模型验证。
食管癌细胞系KYSE150 食管癌细胞系TE1 正常食管上皮细胞系Het-1A
Morusin浓度:10 µM 处理时间:24 h(迁移/侵袭)、48 h(凋亡/通路蛋白) 细胞系:KYSE150、TE1、Het-1A Western blot抗体:抗PARP、Cleaved PARP、Caspase-3等 统计方法:one-way ANOVA或Kruskal-Wallis检验,p<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测桑黄酮治疗食管癌的潜在靶点和关键通路。
基于GSE13898转录组数据筛选差异表达基因,通过SwissTargetPrediction预测桑黄酮靶点,取交集获得21个共同靶点,构建PPI网络并识别核心枢纽基因,进行GO和KEGG富集分析。
评估桑黄酮与关键靶蛋白ERK和MEK的结合亲和力和动态稳定性。
从PDB数据库获取受体蛋白结构,优化配体,使用AutoDock Tools进行分子对接,并利用Gromacs进行100 ns分子动力学模拟。
检测桑黄酮对食管癌细胞和正常细胞活力的影响。
使用CCK-8法检测不同浓度桑黄酮处理后细胞的活力。
评估桑黄酮对食管癌细胞迁移和侵袭能力的影响。
使用Transwell实验和伤口愈合实验检测细胞迁移能力。
检测桑黄酮对细胞凋亡相关蛋白表达的影响。
通过Western blot检测凋亡标志物表达水平。
检测桑黄酮对MAPK通路关键蛋白磷酸化的影响。
通过Western blot检测p-MEK1/2、p-MAPK3、p-ERK2等蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素混合液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Merck KGaA | IPVH00010 |
| ECL试剂盒 | Advansta | K-12043-D10 | |
| Bax抗体 | 文中未明确说明 | D2E11 | |
| 磷酸化ERK1抗体 | 文中未明确说明 | sc-7976 | |
| ERK1抗体 | 文中未明确说明 | sc-7976 | |
| 磷酸化MEK1/2抗体 | 文中未明确说明 | 166F8 | |
| MEK1/2抗体 | 文中未明确说明 | D1A5 | |
| PARP抗体 | 文中未明确说明 | 46D11 | |
| Cleaved PARP抗体 | 文中未明确说明 | Asp214 | |
| Caspase-3抗体 | 文中未明确说明 | D3R6Y | |
| Cleaved Caspase-3抗体 | 文中未明确说明 | Asp175 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(DMEM)、血清浓度(10% FBS)、抗生素浓度(1% PS)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| CCK-8实验 | 细胞密度(2×10³/孔)、Morusin浓度(5, 10, 15, 20 µM)、检测波长(450 nm) 阅读提示:Methods: CCK-8 assay; Fig. 4A |
| Transwell实验 | 细胞密度(2×10⁴/孔)、下室血清浓度(20% FBS)、处理时间(48 h)、染色(0.1%结晶紫) 阅读提示:Methods: Transwell assay; Fig. 4B |
| 伤口愈合实验 | 划痕宽度(10 µL枪头)、处理时间(24 h)、血清饥饿(12 h) 阅读提示:Methods: Wound healing assay; Fig. 4C |
| Western blot | Morusin浓度(10 µM)、处理时间(48 h)、抗体稀释比例(1:2000 primary, 1:1000 secondary) 阅读提示:Methods: Western blot analysis; Fig. 5, Fig. 6 |