生物信息学分析
评估IL20RB在ccRCC中的表达及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA数据库分析IL20RB表达,进行差异表达、临床相关性、生存分析及免疫浸润分析。
IL20RB promotes proliferation and migration in clear cell renal cell carcinoma and is associated with immune infiltration.
包含TCGA数据库分析、体外细胞实验(siRNA敲低、CCK-8、划痕、Transwell)和IHC验证,但缺乏动物模型或体内验证。
786-O细胞系 A498细胞系 Caki-1细胞系 HK-2正常肾上皮细胞系
TCGA队列中IL20RB表达水平的分组标准(中位数分层) IL20RB siRNA敲低实验序列及转染试剂(siRNA1序列、Rfect V2 siRNA reagent) 细胞培养条件:培养基(DMEM/F-12、MEM、RPMI 1640)及血清添加物(10% FBS) 免疫组化染色使用组织样本数(12对肿瘤及癌旁组织) Western blot抗体信息(IL20RB ER63751, HUABIO, 1:1000;ACTIN 66009-1-Ig, Proteintech, 1:50000)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估IL20RB在ccRCC中的表达及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA数据库分析IL20RB表达,进行差异表达、临床相关性、生存分析及免疫浸润分析。
验证IL20RB蛋白在ccRCC组织中的表达水平。
对12例ccRCC患者的肿瘤和癌旁组织进行IHC染色,计算H-score。
检测IL20RB在正常肾细胞和ccRCC细胞系中的表达差异。
通过Western blot和qRT-PCR检测IL20RB在HK-2、A498、Caki-1、786-O细胞中的表达。
评估IL20RB对ccRCC细胞增殖和迁移的影响。
在786-O细胞中转染IL20RB siRNA,通过CCK-8、集落形成、划痕和Transwell实验检测细胞功能变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | Waltham, MA, USA |
| MEM培养基 | Procell | Wuhan, China | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | Waltham, MA, USA | |
| 胎牛血清 | HyCyte | Suzhou, China | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | Waltham, MA, USA | |
| 转染 | Rfect V2 siRNA转染试剂 | BIOG | Changzhou, China |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | Shanghai, China |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | GLPBIO | Montclair, CA, USA |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 超敏ECL试剂盒 | GLPBIO | Montclair, CA, USA | |
| IL20RB抗体 | HUABIO | ER63751 | |
| ACTIN抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| RNA提取 | EZ-press RNA纯化试剂盒 | EZBioscience | Houston, TX, USA |
| cDNA合成 | Hifair® III 第一链cDNA合成试剂盒(qPCR用) | Yeasen Biotechnology | Shanghai, China |
| qRT-PCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme Biotech | Nanjing, China |
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | Biosharp | pH 6.0 |
| 牛血清白蛋白 | Biosharp | -- | |
| 二抗 | Dako | Glostrup, Denmark |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据获取、IL20RB表达分组标准(中位数)、统计方法(Kruskal-Wallis、Wilcoxon、Cox) 阅读提示:Methods: Acquisition of transcriptomic and clinical datasets, Prognostic significance and construction of predictive models |
| 免疫组化 | 标本类型(肿瘤及癌旁组织)、病例数(12例)、抗体稀释度(1:100)、抗原修复条件(柠檬酸缓冲液pH6.0) 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry |
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基及血清添加物(10% FBS)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 基因敲低 | siRNA序列(siRNA1)、转染试剂(Rfect V2)、敲低效率验证方法(qRT-PCR和Western blot) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection, Western blot, qRT-PCR |
| 功能实验 | 细胞密度(CCK-8:2×10^4细胞/mL,每孔100μL)、实验时间(CCK-8每隔24小时;划痕0h和24h;Transwell 24h)、重复数(CCK-8六重复) 阅读提示:Methods: Wound healing, Transwell assay, CCK8, Colony formation assay |