通过综合生物信息学分析和实验验证鉴定二硫化物死亡相关基因G6PD作为胰腺导管腺癌的潜在生物标志物和治疗靶点

Identification of the disulfidptosis-related gene G6PD as a potential biomarker and therapeutic target in pancreatic ductal adenocarcinoma by integrative bioinformatics analysis and experimental validation.

作者信息Shuangyan Su, Bihua Wu, Tingting Han, XianYu Wang, Fenglin Lou, Zhenghao Mei, Le Guo
PMID41781786
发布时间2026-03-04
DOI10.1007/s12672-026-04753-3

实验完整度

包含多组学生物信息学分析、临床样本验证和体外细胞实验,但缺乏体内模型和深入的机制验证

主要模型

SW1990人胰腺癌细胞系 HPDE-C7人胰腺导管上皮细胞系 TCGA-PAAD队列 GEO队列(GSE28735、GSE15471、GSE62452)

重点核对

G6PD表达水平:TCGA-PAAD、GEO和临床样本中验证 RRx-001处理浓度和持续时间(文中未明确说明) SW1990细胞中SLC7A11高表达 NADPH水平、胱氨酸摄取和F-肌动蛋白形态变化 细胞活性(CCK-8)和细胞死亡率(PI染色)

摘要

背景:胰腺腺癌(PAAD)是一种高度致命的消化系统肿瘤,五年生存率低,治疗效果有限,亟需新的治疗靶点。二硫化物死亡(一种新型细胞死亡机制)在肿瘤治疗中显示出前景。葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)是二硫化物死亡的关键基因,调控抗氧化防御、生物合成和代谢。本研究通过生物信息学和体外实验探讨G6PD在PAAD中的作用及其治疗潜力。方法:我们利用多个公共数据库的数据矩阵分析了G6PD在PAAD中的表达及其与临床特征的相关性。同时,我们评估了G6PD表达与免疫微环境和免疫治疗的相关性。最后,GO/KEGG富集分析确定了与G6PD相关的生物学过程,体外实验初步确定了G6PD作为PAAD中二硫化物死亡激活靶点的潜力。结果:G6PD在PAAD中过表达,并与临床分期、组织学分级和预后相关。它与免疫细胞类型、调节基因、MHC分子和趋化因子呈正相关,提示G6PD表达与PAAD中的免疫细胞浸润评分和免疫调节特征相关。GO/KEGG分析将G6PD与磷酸戊糖途径、谷胱甘肽和NADPH代谢联系起来,强调其在氧化还原稳态和代谢重编程中的作用。G6PD抑制剂RRx-001通过减少NADPH生成、抑制胱氨酸摄取并促进F-肌动蛋白收缩和聚集,在PAAD细胞系SW1990中诱导类二硫化物死亡特征。结论:我们的研究揭示了G6PD在PAAD中的关键作用。G6PD高表达与PAAD患者不良临床病理特征和预后不良以及特定的肿瘤免疫微环境特征密切相关。G6PD抑制剂RRx-001可在PAAD细胞中诱导类二硫化物死亡特征,表明G6PD作为治疗靶点的潜力,并为PAAD的精准治疗提供了新思路。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
G6PD在胰腺导管腺癌中的表达、预后价值及其作为二硫化物死亡治疗靶点的潜力
核心机制
G6PD通过维持NADPH水平抑制二硫化物死亡;抑制G6PD可减少NADPH生成,抑制胱氨酸摄取,促进F-肌动蛋白收缩和聚集,诱导类二硫化物死亡特征
主要证据
生物信息学分析显示G6PD高表达与不良预后和临床特征相关,体外实验证实RRx-001抑制G6PD可降低NADPH和胱氨酸摄取,诱导F-肌动蛋白塌陷,增加细胞死亡
研究意义
G6PD可作为PAAD的预后生物标志物和治疗靶点,为精准治疗提供新思路,但需进一步验证其临床转化潜力

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

G6PD表达差异分析

评估G6PD在PAAD中的表达水平和临床意义

利用TCGA、GEO数据库及临床样本,通过Wilcoxon检验、配对t检验和RT-qPCR、免疫组化、Western blot检测G6PD mRNA和蛋白表达

2

预后和诊断价值评估

评估G6PD表达与PAAD患者预后的关系及诊断价值

进行Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线和时间依赖性ROC分析,并分析G6PD与临床特征的相关性

3

免疫浸润和免疫调节分析

探索G6PD表达与肿瘤免疫微环境的相关性

使用ssGSEA、Spearman相关性分析G6PD与24种免疫细胞浸润的关系,并分析免疫调节基因、趋化因子和药物敏感性

4

功能富集分析

揭示G6PD相关基因的生物学功能和通路

进行GO、KEGG富集分析和GSEA,识别G6PD相关通路

5

体外功能验证

验证G6PD抑制是否诱导二硫化物死亡特征

用RRx-001处理SW1990细胞,进行CCK-8、PI染色、NADPH检测、胱氨酸摄取检测和F-actin免疫荧光染色

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
杜尔贝科改良伊格尔培养基----
胎牛血清----
青霉素/链霉素----
RRx-001Med Chem Express (MCE)--
二甲基亚砜----
RNA-easy分离试剂Vazyme--
Vazyme逆转录试剂盒Vazyme--
SYBR Green----
StepOnePlus实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--
细胞计数试剂盒-8----
碘化丙啶----
BD FACSCanto™ II流式细胞仪BD Biosciences--
胱氨酸摄取检测试剂盒Majorbio--
Synergy H4酶标仪BioTek--
NADP+/NADPH检测试剂盒(WST-8法)Beyotime Biotechnology--
RIPA裂解液----
BCA蛋白浓度测定试剂盒Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd.--
聚偏二氟乙烯膜----
G6PD抗体Proteintech66373-1-Ig
辣根过氧化物酶标记的二抗----
增强化学发光检测试剂盒Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd.--
DAB+底物染色系统----
594标记的鬼笔环肽CoolaberCD4682
含DAPI的抗淬灭封片剂CoolaberSL1841

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系:HPDE-C7和SW1990;培养基:DMEM、10%胎牛血清、1%青霉素/链霉素;培养条件:37°C、5% CO2
阅读提示:Materials and methods: Cell culture
药物处理
RRx-001浓度、处理时间:文中未明确说明;溶剂对照:DMSO
阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Results: G6PD inhibition by RRx-001
细胞活性检测
细胞密度:5000个/孔;处理时间:未明确说明;CCK-8孵育时间:2小时;检测波长:450 nm
阅读提示:Materials and methods: CCK-8 cell viability assay; Figure 7B
细胞死亡检测
细胞密度:1-5×10^5;PI染色量:5 µL;检测:流式细胞仪;分析:FlowJo v10
阅读提示:Materials and methods: Propidium iodide (PI) staining assay; Figure 7C-E
代谢物检测
NADPH检测:WST-8法,波长450 nm;胱氨酸摄取:荧光490nm/540nm
阅读提示:Materials and methods: NADP⁺ and NADPH measurement; Cystine uptake assay; Figure 7F-G
形态学观察
F-actin染色:Phalloidin 1:100稀释,室温孵育20分钟;DAPI封片;显微镜:Zeiss
阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence staining of actin filaments; Figure 7H-I