G6PD表达差异分析
评估G6PD在PAAD中的表达水平和临床意义
利用TCGA、GEO数据库及临床样本,通过Wilcoxon检验、配对t检验和RT-qPCR、免疫组化、Western blot检测G6PD mRNA和蛋白表达
Identification of the disulfidptosis-related gene G6PD as a potential biomarker and therapeutic target in pancreatic ductal adenocarcinoma by integrative bioinformatics analysis and experimental validation.
包含多组学生物信息学分析、临床样本验证和体外细胞实验,但缺乏体内模型和深入的机制验证
SW1990人胰腺癌细胞系 HPDE-C7人胰腺导管上皮细胞系 TCGA-PAAD队列 GEO队列(GSE28735、GSE15471、GSE62452)
G6PD表达水平:TCGA-PAAD、GEO和临床样本中验证 RRx-001处理浓度和持续时间(文中未明确说明) SW1990细胞中SLC7A11高表达 NADPH水平、胱氨酸摄取和F-肌动蛋白形态变化 细胞活性(CCK-8)和细胞死亡率(PI染色)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估G6PD在PAAD中的表达水平和临床意义
利用TCGA、GEO数据库及临床样本,通过Wilcoxon检验、配对t检验和RT-qPCR、免疫组化、Western blot检测G6PD mRNA和蛋白表达
评估G6PD表达与PAAD患者预后的关系及诊断价值
进行Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线和时间依赖性ROC分析,并分析G6PD与临床特征的相关性
探索G6PD表达与肿瘤免疫微环境的相关性
使用ssGSEA、Spearman相关性分析G6PD与24种免疫细胞浸润的关系,并分析免疫调节基因、趋化因子和药物敏感性
揭示G6PD相关基因的生物学功能和通路
进行GO、KEGG富集分析和GSEA,识别G6PD相关通路
验证G6PD抑制是否诱导二硫化物死亡特征
用RRx-001处理SW1990细胞,进行CCK-8、PI染色、NADPH检测、胱氨酸摄取检测和F-actin免疫荧光染色
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | RRx-001 | Med Chem Express (MCE) | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| RNA提取和RT-qPCR | RNA-easy分离试剂 | Vazyme | -- |
| Vazyme逆转录试剂盒 | Vazyme | -- | |
| SYBR Green | -- | -- | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | -- | -- |
| 细胞死亡检测 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| BD FACSCanto™ II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 胱氨酸摄取测定 | 胱氨酸摄取检测试剂盒 | Majorbio | -- |
| Synergy H4酶标仪 | BioTek | -- | |
| NADP+/NADPH测量 | NADP+/NADPH检测试剂盒(WST-8法) | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | -- | -- | |
| G6PD抗体 | Proteintech | 66373-1-Ig | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | -- | -- | |
| 增强化学发光检测试剂盒 | Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 免疫组织化学 | DAB+底物染色系统 | -- | -- |
| 免疫荧光染色 | 594标记的鬼笔环肽 | Coolaber | CD4682 |
| 含DAPI的抗淬灭封片剂 | Coolaber | SL1841 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HPDE-C7和SW1990;培养基:DMEM、10%胎牛血清、1%青霉素/链霉素;培养条件:37°C、5% CO2 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 药物处理 | RRx-001浓度、处理时间:文中未明确说明;溶剂对照:DMSO 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Results: G6PD inhibition by RRx-001 |
| 细胞活性检测 | 细胞密度:5000个/孔;处理时间:未明确说明;CCK-8孵育时间:2小时;检测波长:450 nm 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 cell viability assay; Figure 7B |
| 细胞死亡检测 | 细胞密度:1-5×10^5;PI染色量:5 µL;检测:流式细胞仪;分析:FlowJo v10 阅读提示:Materials and methods: Propidium iodide (PI) staining assay; Figure 7C-E |
| 代谢物检测 | NADPH检测:WST-8法,波长450 nm;胱氨酸摄取:荧光490nm/540nm 阅读提示:Materials and methods: NADP⁺ and NADPH measurement; Cystine uptake assay; Figure 7F-G |
| 形态学观察 | F-actin染色:Phalloidin 1:100稀释,室温孵育20分钟;DAPI封片;显微镜:Zeiss 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence staining of actin filaments; Figure 7H-I |