临床样本代谢组学分析
比较PCa患者与BPH对照的循环代谢物差异,探索IPA水平与PCa进展的关系
收集24例PCa患者和26例BPH对照血清,进行非靶向代谢组学(UPLC-MS/MS)分析,鉴定差异代谢物,并分析IPA水平与肿瘤分级和PSA的相关性。
Indole-3-propionic acid suppresses prostate cancer by inducing cell cycle arrest and apoptosis associated with p53 activation.
包含临床样本代谢组学分析、体外功能实验(CCK-8、伤口愈合、Transwell、流式)、体内异种移植模型及转录组测序和Western blot机制验证,证据层级完整。
PCa细胞系22RV1 PCa细胞系PC3 BALB/c裸鼠异种移植模型(22RV1细胞) PCa患者血清样本
IPA处理浓度200 μM用于体外实验 22RV1细胞皮下注射5×10^6细胞建立异种移植模型 IPA处理剂量:15 mg/kg/day和60 mg/kg/day,皮下注射 体内实验持续17天 qPCR和Western blot使用22RV1细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较PCa患者与BPH对照的循环代谢物差异,探索IPA水平与PCa进展的关系
收集24例PCa患者和26例BPH对照血清,进行非靶向代谢组学(UPLC-MS/MS)分析,鉴定差异代谢物,并分析IPA水平与肿瘤分级和PSA的相关性。
评估IPA对PCa细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响
使用22RV1和PC3细胞系,以不同浓度IPA处理,通过CCK-8、伤口愈合、集落形成和Transwell迁移实验检测细胞活力、迁移和侵袭能力。
验证IPA在体内的抗肿瘤效果和安全性
在BALB/c裸鼠皮下接种22RV1细胞建立异种移植模型,待肿瘤体积约80 mm³时分组,每日皮下注射DMSO对照、低剂量IPA(15 mg/kg/day)或高剂量IPA(60 mg/kg/day),持续17天,测量肿瘤体积和体重,终点称取肿瘤重量并进行组织学分析。
揭示IPA处理对PCa细胞转录组的影响,识别关键信号通路
对200 μM IPA处理或对照的22RV1细胞进行RNA-seq,鉴定差异表达基因,并进行GO富集分析和GSEA,以确定受影响的生物过程。
验证IPA对p53-p21-RB信号轴的调控作用及对细胞周期和凋亡的影响
通过RT-qPCR验证关键基因表达,Western blot检测p53、磷酸化p53、p21和磷酸化RB的蛋白水平,流式细胞术分析细胞周期和凋亡,免疫组化分析异种移植肿瘤组织中p21和cleaved caspase-3的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875500BT |
| 胎牛血清 | Celligent | CG0430B | |
| 抗生素-抗真菌溶液 | Gibco | 15410-122 | |
| 代谢组学分析 | EXionLC™液相色谱系统 | AB SCIEX | -- |
| AB6500 Plus质谱仪 | AB SCIEX | -- | |
| ACQUITY UPLC® BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RT-qPCR | FastPure®细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | Vazyme | RC112-01 |
| HiScript IV All-in-One Ultra RT SuperMix for qPCR | Vazyme | R433-01 | |
| ChamQ Universal SYBR® qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| Applied Biosystems 7500 PCR系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 |
| 牛血清白蛋白 | Biofoxx | 9048-46-8 | |
| 吐温-20 | BioSharp | 9005-64-5 | |
| anti-p53抗体 | Wuhan Servicebio Technology | 10442-1-AP | |
| anti-phospho-p53 (Ser15)抗体 | Wuhan Servicebio Technology | 80195-1-RR | |
| anti-p21抗体 | Wuhan Servicebio Technology | 10355-1-AP | |
| anti-phospho-RB (Ser780)抗体 | Wuhan Servicebio Technology | 84692-1-RR | |
| anti-β-actin抗体 | Wuhan Servicebio Technology | GB12001 | |
| anti-GAPDH抗体 | Wuhan Servicebio Technology | 10494-1-AP | |
| 抗兔IgG | Wuhan Servicebio Technology | GB23303 | |
| 抗鼠IgG | Wuhan Servicebio Technology | GB23301 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Solarbio | G1062 |
| Transwell迁移实验 | Transwell®细胞培养小室 | Corning | 3422 |
| 增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI双染试剂盒 | Beyotime | C1062L |
| 细胞周期检测 | 碘化丙啶DNA染色试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 流式分析 | CytoFlex系统 | Beckman Coulter | -- |
| 免疫组化 | DAB底物试剂盒 | -- | -- |
| 显微镜 | Nikon Eclipse Ci显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本代谢组学 | 样本来源、纳入排除标准、样本量(PCa n=24, BPH n=26)、空腹采血、离心条件、UPLC-MS/MS分析参数 阅读提示:Methods: Sample collection, Sample preparation and UPLC–MS/MS analysis |
| 体外细胞实验 | 细胞系(22RV1, PC3)、培养条件(培养基、血清浓度)、IPA浓度(200 μM)及处理时间、细胞接种密度 阅读提示:Methods: Cell culture, Results: IPA treatment inhibits the viability of PCa cells |
| 体内异种移植实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、细胞接种数(5×10^6)、给药剂量和途径(15 mg/kg/day和60 mg/kg/day,皮下注射)、实验周期(17天) 阅读提示:Methods: In vivo animal studies, Figure 4 legend |
| 转录组测序 | 细胞处理(200 μM IPA)、RNA提取方法、测序平台、差异表达基因筛选标准(fold change>2或<0.5, p<0.05) 阅读提示:Methods: RNA-seq experiments, Results: Transcriptomic profiling |
| 机制验证 | RT-qPCR引物序列、Western blot抗体及稀释比例、流式细胞术检测周期和凋亡的试剂盒 阅读提示:Methods: Quantitative real-time PCR, Western blot analysis, Flow cytometry analysis |