蛋白质组学筛选与验证
探索MLN4924处理AML细胞后显著改变的蛋白和通路,寻找潜在联合靶点。
对Kasumi-1细胞进行MLN4924或DMSO处理24小时,进行Astral-DIA蛋白质组学分析,鉴定差异蛋白并进行KEGG富集分析,发现GLUL显著上调;通过RT-qPCR和Western blot验证。
Targeting the Glutamine Transporter SLC1A5 Enhances Sensitivity of Acute Myeloid Leukemia to MLN4924.
包含体外细胞实验(CCK-8、RT-qPCR、Western blot、流式)、体内CDX模型及转录组分析等多个独立证据层级,并包含功能验证(敲低、抑制剂)和机制验证(TCA循环)。
人AML细胞系Kasumi-1 人AML细胞系MOLM-13 NCG小鼠MOLM-13细胞皮下异种移植模型 AML患者和健康供者公共数据库数据队列
MLN4924和V9302的浓度及处理时间(如Kasumi-1联合浓度1.6 μM和4 μM,MOLM-13为0.32 μM和10 μM) 谷氨酰胺剥夺或补充的浓度(2 mM vs 6 mM) shRNA敲低SLC1A5或siRNA敲低GLUL的效率验证 体内模型中药物剂量和给药方式(MLN4924 60 mg/kg,V9302 20 mg/kg,每日一次腹腔注射) TCA循环相关基因表达的检测(RNA-seq)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索MLN4924处理AML细胞后显著改变的蛋白和通路,寻找潜在联合靶点。
对Kasumi-1细胞进行MLN4924或DMSO处理24小时,进行Astral-DIA蛋白质组学分析,鉴定差异蛋白并进行KEGG富集分析,发现GLUL显著上调;通过RT-qPCR和Western blot验证。
验证MLN4924是否促进谷氨酰胺消耗并上调SLC1A5,以及GLUL上调是否与谷氨酰胺相对缺乏有关。
通过检测培养基中谷氨酰胺消耗、Western blot检测SLC1A5表达、流式检测细胞表面SLC1A5,并利用谷氨酰胺剥夺或补充实验验证GLUL表达。
分析GLUL和SLC1A5在AML患者中的表达及与预后的关系。
从BloodSpot和UALCAN数据库获取数据,分析基因表达差异和生存相关性。
验证抑制GLUL或SLC1A5对AML细胞对MLN4924敏感性的影响。
通过siRNA敲低GLUL、shRNA敲低SLC1A5,以及使用抑制剂MSO和V9302,结合CCK-8检测细胞活力。
评估MLN4924联合V9302对AML细胞增殖、分化、凋亡和细胞周期的影响。
通过CCK-8、流式细胞术(检测CD11b、CD14、CD16、Annexin V-FITC/PI、JC-1)和Western blot(Caspase-3)检测联合处理效果。
验证MLN4924联合V9302在体内对AML细胞生长的抑制作用。
建立NCG小鼠皮下异种移植模型(MOLM-13细胞),给予MLN4924、V9302或联合治疗,监测肿瘤体积和体重,并进行HE染色评估安全性。
探索MLN4924联合V9302协同抑制AML的分子机制。
对四组(对照组、MLN4924单药、V9302单药、联合组)进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因并进行KEGG和GSEA富集分析,发现TCA循环被显著抑制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Cellbox | -- | |
| 药物处理 | MLN4924 | TargetMol | -- |
| V9302 | MedChemExpress | -- | |
| APTO-253 | TargetMol | -- | |
| MSO | MedChemExpress | -- | |
| RNA提取与qPCR | SPARKeasy RNA纯化试剂盒 | SparkJade | -- |
| SPARKscript II 一步法RT SuperMix(qPCR) | SparkJade | -- | |
| SYBR Green qPCR混合液 | SparkJade | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Share-Bio | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 无蛋白快速封闭液 | Epizyme | -- | |
| 增强化学发光检测试剂盒 | Epizyme | -- | |
| Western blot快速剥离缓冲液 | Epizyme | -- | |
| SLC1A5抗体 | Proteintech | 20350-1-AP | |
| GLUL抗体 | Epizyme | R014807 | |
| GAPDH抗体 | Epizyme | LF205 | |
| Caspase-3抗体 | STARTER-Bio | S0B0368 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Gooniebio | -- |
| 谷氨酰胺消耗检测 | 谷氨酰胺检测试剂盒 | LABGIC | BL1411B |
| 基因敲低 | 小干扰RNA | Sangon Biotechnology | -- |
| shRNA慢病毒颗粒 | Genechem | -- | |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | -- | |
| 流式分析 | SLC1A5抗体 | Proteintech | 20350-1-AP |
| 驴抗兔IgG-APC抗体 | Absin | -- | |
| CD11b抗体 | Proteintech | FITC-65582 | |
| CD14抗体 | Epizyme | 83F86E77 | |
| CD16抗体 | Epizyme | 52Q46N54 | |
| 细胞周期分析 | 细胞周期检测试剂盒 | Epizyme | -- |
| 细胞凋亡分析 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Epizyme | -- |
| 线粒体膜电位分析 | JC-1染料试剂盒 | Solarbio | -- |
| 细胞形态学分析 | Wright-Giemsa染色 | -- | -- |
| 光学显微镜 | Nikon | -- | |
| 蛋白质组学 | Vanquish Neo系统 | Thermo Scientific | -- |
| Astral高分辨质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| RNA-seq | 2100生物分析仪 | -- | -- |
| ND-2000 | NanoDrop Technologies | -- | |
| Illumina Truseq RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 动物实验 | NCG小鼠 | GemPharmatech | T001475 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(Kasumi-1来自ATCC,MOLM-13由郭远成博士提供),培养基类型(RPMI-1640含或不含L-谷氨酰胺),谷氨酰胺浓度(2 mM),血清浓度(10% FBS),培养条件(37℃,5% CO2) 阅读提示:2.1 Cell Culture and Reagents |
| 药物处理 | MLN4924和V9302的浓度、处理时间(如24小时、48小时)、溶剂对照(DMSO) 阅读提示:图1A、图5F、图5G、图2D-I |
| 基因敲低 | siRNA或shRNA序列、转染或感染效率、敲低时间(48小时)、筛选浓度(嘌呤霉素) 阅读提示:2.7、2.8 Knockdown of GLUL / SLC1A5 |
| 体内实验 | 小鼠品系(NCG,雌性,6周龄)、细胞接种量(2×10^6)、给药剂量(MLN4924 60 mg/kg,V9302 20 mg/kg,每日一次腹腔注射)、治疗开始时间(接种后一周)、观察终点(第15天) 阅读提示:2.13 AML CDX Models、图7A |
| RNA-seq分析 | 测序平台(Illumina NovaSeq 6000)、文库构建试剂盒、数据分析流程(差异表达基因阈值,GO/KEGG富集) 阅读提示:2.12 RNA-Seq and Data Analysis |