AidH在SPEEK上的固定化条件优化
确定最佳负载时间、负载量、反应温度和pH,以及热稳定性。
将SPEEK载体与AidH酶液在不同时间(10分钟至3小时)和不同体积(100–1000 μL)下共孵育,测定酶活性;在不同温度(30–70°C)和pH(5.4–8.4)下测定活性;在37°C和40°C下监测24小时活性残留。
Targeting biofilm and virulence in Pseudomonas aeruginosa: AidH@SPEEK as a novel quorum-sensing inhibitor.
包含体外酶学表征、生长曲线、生物膜与毒力因子定量、基因表达分析及抗生素联合试验,但缺乏动物模型或临床样本验证。
临床分离的铜绿假单胞菌PA1、PA2、PA3菌株 表达AidH的大肠杆菌
AidH@SPEEK最佳负载量为400 μL酶液(6.84 IU/mL),吸附30分钟 最佳反应条件为40°C、pH 7.0 三种临床PA菌株(PA1、PA2、PA3)的耐药谱差异 AidH@SPEEK处理剂量:2(SPEEK+AidH) AidH@SPEEK与抗生素联合使用时,PA1的MIC值变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定最佳负载时间、负载量、反应温度和pH,以及热稳定性。
将SPEEK载体与AidH酶液在不同时间(10分钟至3小时)和不同体积(100–1000 μL)下共孵育,测定酶活性;在不同温度(30–70°C)和pH(5.4–8.4)下测定活性;在37°C和40°C下监测24小时活性残留。
评估AidH@SPEEK是否影响PA的生长曲线。
将PA1、PA2、PA3菌株与不同量的AidH@SPEEK共培养,监测24小时OD600值绘制生长曲线。
评估AidH@SPEEK对生物膜形成和毒力因子(绿脓菌素、弹性蛋白酶、海藻酸盐)产量的影响。
将AidH@SPEEK以不同比例加入PA培养物,培养24小时后分别进行结晶紫染色法检测生物膜、氯仿提取法测定绿脓菌素、偶氮酪蛋白法检测弹性蛋白酶、硫酸铜沉淀法测定海藻酸盐。
验证AidH@SPEEK是否下调群体感应和毒力相关基因的表达。
用AidH@SPEEK处理PA菌株24小时后,提取RNA,逆转录为cDNA,通过qPCR检测LasR/LasI、RhlR/RhlI、exoS和phzM的表达水平。
评估AidH@SPEEK是否能增强PA对抗生素的敏感性。
将PA菌株与不同浓度梯度的抗生素(piperacillin, ceftazidime, cefepime, imipenem, meropenem, aztreonam, ciprofloxacin)在存在AidH@SPEEK的情况下共培养,测定MIC值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 试剂 | 偶氮酪蛋白 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- |
| 1,3-萘二酚 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 乙酸丁酯 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 结晶紫 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 无水硫酸铜 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 抗生素 | 头孢吡肟 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- |
| 亚胺培南 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 美罗培南 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 氨曲南 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 哌拉西林 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 环丙沙星 | Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- | |
| 分子生物学 | 焦碳酸二乙酯处理水 | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- |
| SGExcel FastSYBR qPCR 预混液 | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- | |
| MightyScript 第一链cDNA合成预混液(含基因组DNA去除) | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- | |
| 试剂 | Tris粉末 | Bio Froxx GmbH | -- |
| 磷酸二氢钠 | Chengdu Kelong Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 磷酸氢二钠 | Chengdu Kelong Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 异丙醇 | Chengdu Kelong Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 甲醇 | Chengdu Kelong Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 盐酸 | Wuxi Look Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 氯仿 | Wuxi Look Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 氢氧化铵 | Wuxi Look Chemical Co., Ltd. | -- | |
| 无水乙醇 | Xilong Scientific Co., Ltd. | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 抗生素 | 头孢他啶粉末 | Zhejiang Apeloa Pharmaceutical Co., Ltd. | -- |
| 细胞培养 | 穆勒-辛顿肉汤 | -- | -- |
| 基因表达分析 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| PCR | StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | -- | -- |
| 统计分析 | IBM SPSS Statistics 26 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AidH@SPEEK制备 | AidH酶液来源(表达AidH的大肠杆菌)、酶活性(6.84 IU/mL)、吸附体积(400 μL)、吸附时间(30分钟)、吸附转速(150 rpm)、温度(4°C) 阅读提示:Materials and Methods: “Optimization of loading time and ratio for SPEEK-immobilized AidH” |
| 酶学性质测定 | 底物对硝基苯乙酸酯浓度(文中未明确说明)、反应时间(4分钟)、温度梯度(30-70°C)、pH范围(5.4-8.4) 阅读提示:Materials and Methods: “Optimization of loading time and ratio for SPEEK-immobilized AidH” and “Enzymatic properties of SPEEK-loaded AidH” |
| PA生长曲线 | PA菌株(PA1、PA2、PA3)来源(临床分离)、初始OD600=0.1、AidH@SPEEK添加量(分组1、2、3)、对照组(SPEEK+缓冲液)、培养时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods: “Effect of AidH@SPEEK on PA growth” |
| 生物膜和毒力因子测定 | AidH@SPEEK最佳剂量(2(SPEEK+AidH))、培养时间(24小时)、结晶紫染色浓度(0.2%)、乙醇浓度(95%)、绿脓菌素提取(氯仿、0.2 M HCl)、弹性蛋白酶底物(2%偶氮酪蛋白)、海藻酸盐沉淀(10%硫酸铜) 阅读提示:Materials and Methods: “Effect of AidH@SPEEK on PA biofilm formation and virulence factor yield” |
| 基因表达分析 | AidH@SPEEK处理浓度(2(SPEEK+AidH))、处理时间(24小时)、RNA提取方法(TRIzol)、cDNA合成试剂盒(MightyScript)、qPCR试剂(SGExcel FastSYBR)、内参基因(16S rRNA)、数据分析方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:Materials and Methods: “Effect of AidH@SPEEK on expression of quorum-sensing and virulence genes” |
| 抗生素联合试验 | 培养基(M-H肉汤)、细菌初始OD600=0.1、抗生素浓度范围(0.5-64 μg/mL)、AidH@SPEEK添加量(2(SPEEK+AidH))、阳性对照(SPEEK+缓冲液)、培养时间(18-24小时)、MIC判定方法(视觉观察) 阅读提示:Materials and Methods: “Combination effects of SPEEK-loaded AidH with antibiotics” |