RNA测序筛选差异表达lncRNA
识别TGF-β1诱导的HK-2细胞中显著差异表达的lncRNA,并预测其潜在调控通路。
使用TGF-β1处理HK-2细胞构建肾纤维化模型,进行链特异性RNA文库构建和Illumina NovaSeq测序,通过生物信息学分析筛选差异表达的mRNA和lncRNA,并进行GO富集分析和转录因子结合位点预测。
Long non‑coding RNA NKILA regulates the JAK2/STAT3 pathway to exacerbate TGF‑β1‑mediated renal fibrosis.
包含RNA测序筛选、细胞模型构建、功能过表达与敲低、抑制剂救援实验,但缺乏体内动物模型验证,实验完整度为中等。
HK-2 人肾皮质近曲小管上皮细胞 TGF-β1诱导的HK-2细胞肾纤维化模型
HK-2细胞购自Procell,货号CL-0109,培养基RPMI 1640(L220KJ) TGF-β1浓度10 ng/ml,处理时间24小时 慢病毒转染MOI=5,使用HiTransGA溶液 AG490浓度50 μM,溶解于DMSO 实验重复三次,统计方法包括t检验和单因素方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别TGF-β1诱导的HK-2细胞中显著差异表达的lncRNA,并预测其潜在调控通路。
使用TGF-β1处理HK-2细胞构建肾纤维化模型,进行链特异性RNA文库构建和Illumina NovaSeq测序,通过生物信息学分析筛选差异表达的mRNA和lncRNA,并进行GO富集分析和转录因子结合位点预测。
验证NKILA在HK-2细胞中的功能角色。
使用慢病毒载体过表达或敲低NKILA,并设立阴性对照,通过RT-qPCR验证转染效率。
评估NKILA过表达是否促进EMT并激活JAK2/STAT3通路。
将OE-NKILA或OE-NC转染HK-2细胞,通过Western blot、免疫荧光和RT-qPCR检测EMT标志物及JAK2/STAT3蛋白表达和磷酸化水平。
评估NKILA缺失是否减轻TGF-β1诱导的EMT并抑制JAK2/STAT3激活。
在TGF-β1诱导的HK-2细胞中敲低NKILA,检测EMT标志物和JAK2/STAT3信号的变化。
验证JAK2/STAT3通路在NKILA介导的纤维化中的必要性。
使用JAK2抑制剂AG490处理TGF-β1诱导的模型和NKILA过表达细胞,检测EMT标志物和JAK2/STAT3磷酸化水平的逆转情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Shanghai Basal Media Technologies Co., Ltd | L220KJ |
| 胎牛血清 | Suzhou Cyagen Biosciences Inc. | FBSSR-01021-5 | |
| HK-2细胞 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-0109 | |
| 75平方厘米培养瓶 | Corning, Inc. | 430720 | |
| 转化生长因子-β1 | PeproTech, Inc; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 100-21 | |
| 慢病毒转染 | HiTransGA转染试剂 | GeneChem Inc. | REVG004 |
| 细胞处理 | 二甲基亚砜 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | D8371 |
| AG490抑制剂 | Beyotime Biotechnology | S1509 | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Biosharp Life Sciences | BS350B |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd. | AR0105 |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | 8% SDS-PAGE凝胶 | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd. | AR0138 |
| 蛋白质转移 | PVDF膜 | GVS S.p.A. | 1212639 |
| Western blot | 纤连蛋白抗体 | Abcam | ab45688 |
| I型胶原蛋白抗体 | Abcam | ab138492 | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10366-1-AP | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech Group, Inc. | 14395-1-AP | |
| JAK2抗体 | Proteintech Group, Inc. | 17670-1-AP | |
| STAT3抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10253-2-AP | |
| 磷酸化JAK2抗体 | Abcam | ab32101 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Abcam | ab76315 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10494-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd | BA1054 | |
| 免疫荧光 | E-钙粘蛋白抗体 | Abcam | ab231303 |
| CoraLite594偶联的山羊抗兔IgG | Abcam | ab6721 | |
| RNA提取 | RNApure组织细胞RNA提取试剂盒 | Jiangsu CoWin Biotech Co., Ltd. | CW0584S |
| 逆转录 | cDNA合成试剂盒 | Jiangsu CoWin Biotech Co., Ltd. | CW2569M |
| qPCR | UltraSYBR荧光定量PCR预混液 | Jiangsu CoWin Biotech Co., Ltd. | CW2601H |
| RNA质量检测 | NanoDrop™ 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 840-317500 |
| qPCR | ProFlex™ PCR仪 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 4484073 |
| RNA测序文库定量 | Qubit™荧光计 | Thermo Fisher Scientific | Q32857 |
| RNA完整性检测 | 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent Technologies, Inc. | -- |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq™ 6000测序仪 | Illumina, Inc. | 20012850 |
| Western blot成像 | Chemstudio成像系统 | Analytik Jena | -- |
| 免疫荧光 | 荧光显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 细胞培养 | 二氧化碳培养箱 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与建模 | HK-2细胞来源(Procell,CL-0109)、培养基(RPMI-1640,L220KJ)、FBS浓度(10%)、TGF-β1浓度(10 ng/ml)及处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods: 细胞培养与处理 |
| 慢病毒转染 | MOI=5、病毒种类及滴度(OE-NKILA 1×10^9 TU/ml,KD 6×10^8和7×10^8 TU/ml)、阴性对照(LVCON335、LVCON313)、转染时间(10小时后换液,继续培养24小时) 阅读提示:Materials and methods: 细胞培养、转染和处理 |
| 药物处理 | AG490浓度50 μM,DMSO溶解,处理时间24小时 阅读提示:Materials and methods: 细胞培养、转染和处理 |
| 蛋白检测 | 蛋白上样量30 µg/泳道,凝胶浓度8%,抗体稀释比例(如GAPDH 1:5000),成像系统Chemstudio 阅读提示:Materials and methods: Western blot分析 |
| 基因表达检测 | 引物序列(见表II),内参基因GAPDH,定量方法2−ΔΔCq,所用试剂盒(CW0584S,CW2569M,CW2601H) 阅读提示:Materials and methods: RNA提取和RT-qPCR |