多组学数据整合与亚型构建
整合多组学数据以识别具有临床意义的AML分子亚型
从TCGA-LAML队列整合mRNA/lncRNA表达、DNA甲基化、拷贝数变异和体细胞突变数据,使用九种聚类算法进行亚型分类,并通过多算法共识确定三个亚型。
Multi-omics classification of acute myeloid leukemia guides drug combinations to overcome Venetoclax resistance.
本研究包含多组学数据聚类分析、细胞系和原代细胞体外功能验证、耐药细胞株构建、异种移植小鼠体内验证等多个独立证据层级。
TCGA-LAML患者队列 MOLM13细胞系及其耐维奈克拉株MOLM13/Vene OCI-AML3、U937、HEL等AML细胞系 MOLM13/Vene异种移植NSG小鼠模型
多组学数据整合自TCGA-LAML队列,共121例患者 Venetoclax耐药细胞株MOLM13/Vene通过递增浓度(5-1000 nmol/L)诱导超过3个月建立 体外药物处理时间24-48小时,IC50测定使用CCK-8试剂盒 体内实验使用NSG小鼠,Venetoclax剂量50 mg/kg腹腔注射,Elesclomol 10 mg/kg,Bortezomib 1 mg/kg 药物联用效果通过ZIP模型计算协同分数,>10认为协同
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
整合多组学数据以识别具有临床意义的AML分子亚型
从TCGA-LAML队列整合mRNA/lncRNA表达、DNA甲基化、拷贝数变异和体细胞突变数据,使用九种聚类算法进行亚型分类,并通过多算法共识确定三个亚型。
验证亚型分型的稳健性和泛化能力
利用NTP方法将外部队列(Beat AML、GSE10358等)的样本映射到已定义的亚型,并比较不同亚型患者的生存差异。
在单细胞水平描绘不同亚型的细胞组成和分化轨迹
对GSE116256单细胞数据聚类注释,结合AUCell和ssGSEA评估亚型特征,并使用Monocle2分析Cluster 3细胞的分化轨迹。
建立维奈克拉耐药模型以研究耐药机制
通过逐步增加维奈克拉浓度处理MOLM13细胞超过3个月,获得完全耐药细胞系MOLM13/Vene,并进行RNA-seq分析。
识别对各亚型特异有效的药物和耐药模式
利用Beat AML队列的药物反应数据(AUC值),比较各亚型对多种抑制剂的敏感性,并预测CCLE细胞系亚型。
评估Elesclomol或硼替佐米联合维奈克拉的协同抗白血病效应
在Cluster 3细胞系(OCI-AML3、U937、MOLM13/Vene)和原代AML细胞中,用CCK-8测定细胞活力,流式检测凋亡,并通过SynergyFinder分析协同作用。
在动物模型中验证联合方案对维奈克拉耐药白血病的疗效
建立MOLM13/Vene异种移植NSG小鼠模型,分别给予维奈克拉单药或联合Elesclomol或硼替佐米治疗,通过检测骨髓和脾脏中hCD45+细胞比例评估肿瘤负荷。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA-seq文库构建 | TRIzol | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Newzerum | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 维奈克拉 | Selleck | -- |
| 原代细胞分离 | 磷酸盐缓冲液 | -- | -- |
| 羟乙基淀粉 | TBDscience | -- | |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | -- |
| 药物处理 | Elesclomol | MedChemExpress | -- |
| 硼替佐米 | MedChemExpress | -- | |
| 凋亡检测 | 膜联蛋白V | Biolegend | -- |
| 碘化丙啶 | Biolegend | -- | |
| BD FACS Canto II流式细胞仪 | BD | -- | |
| 体内实验 | 聚氧乙烯蓖麻油 | MedChemExpress | -- |
| 抗人CD45抗体 | Biolegend | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学数据整合 | TCGA-LAML队列样本量121例;原始数据需通过GEO、UCSC Xena、cBioPortal等数据库获取;纳入特征包括44个mRNA、90个lncRNA、313个CNA、13个甲基化位点和18个高突变基因。 阅读提示:Methods 'Integration and subtype construction of TCGA-LAML cohort raw data' |
| 亚型预测 | 外部队列预测使用各亚型前100个上调基因作为模板;需确保数据归一化方法一致。 阅读提示:Methods 'External validation...' 和 Figure legends 图2 |
| 细胞培养 | 细胞系来源(MOLM13来自DSMZ、M07e和U937来自ATCC、HEL和Kasumi-1来自Procell、OCI-AML3来自Nanjing Cobioer);培养基成分(RPMI-1640,10%或20% FBS,1%丙酮酸钠,1%L-谷氨酰胺)。 阅读提示:Methods 'Cell culture' |
| 耐药细胞株构建 | 维奈克拉浓度递增方案(5-1000 nmol/L),处理时间超过3个月;RNA-seq三个生物学重复。 阅读提示:Methods 'Construction of Venetoclax-resistant cell line and RNA sequencing' |
| IC50测定 | 细胞接种密度3×10^5 cells/mL;处理时间24-48小时;CCK-8检测;IC50计算使用非线性回归。 阅读提示:Methods 'Drug treatment and IC50 measurement' |
| 联合药物分析 | 药物浓度设置;处理时间24小时;ZIP模型判断协同(>10)。 阅读提示:Methods 'Multi-drug combination analysis' |
| 凋亡检测 | 细胞密度5×10^5 cells/mL;处理时间24小时;染色后流式分析。 阅读提示:Methods 'FACS analysis of apoptosis' |
| 体内实验 | 小鼠品系(NSG,雌性,6-8周龄);细胞接种量2×10^4;给药方案(维奈克拉50 mg/kg,Elesclomol 10 mg/kg,Bortezomib 1 mg/kg,用药频率和时间)。 阅读提示:Methods 'In vivo evaluation of combined therapeutic efficacy in a xenograft AML mouse model' |