体外抗增殖与凋亡效应评估
评估龙芽草酚B对PDAC细胞增殖和凋亡的影响。
使用CCK-8、集落形成和EdU实验检测细胞活力与增殖,流式细胞术检测凋亡,蛋白质印迹检测cleaved caspase 9。
Agrimol B inhibits pancreatic ductal adenocarcinoma by induction of lethal mitophagy through decreasing mitochondrial transcription termination factor 3.
包含体外细胞实验、体内异种移植模型、患者来源类器官模型及临床样本分析,并进行了功能验证和机制验证。
PANC-1、AsPC-1、CFPAC-1 PDAC细胞系 PANC-1细胞皮下异种移植NCG小鼠模型 患者来源PDAC类器官 PDAC患者组织样本
人PDAC细胞系PANC-1、AsPC-1和CFPAC-1 Agrimol B处理浓度和持续时间 PINK1、Parkin、MTERF3表达水平 异种移植模型中Agrimol B给药剂量(20 mg/kg/day) 患者来源类器官模型中药物联合方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估龙芽草酚B对PDAC细胞增殖和凋亡的影响。
使用CCK-8、集落形成和EdU实验检测细胞活力与增殖,流式细胞术检测凋亡,蛋白质印迹检测cleaved caspase 9。
评估龙芽草酚B在体内的抗肿瘤效果和安全性。
将PANC-1细胞皮下接种至NCG小鼠,待肿瘤体积约100 mm3后分组,腹腔注射Agrimol B或溶剂,定期测量肿瘤体积,1个月后处死并收集肿瘤组织。
验证龙芽草酚B是否诱导PDAC细胞线粒体损伤。
通过无标记定量蛋白质组学、Western blot、流式检测钙离子和ROS、JC-1探针测线粒体膜电位、qPCR测mtDNA拷贝数、ATP检测和透射电镜观察线粒体形态。
验证龙芽草酚B是否通过PINK1/Parkin途径启动线粒体自噬。
分离线粒体检测PINK1和Parkin表达,免疫荧光检测Parkin转位和LC3斑点,使用Mdivi-1、siPINK1、siParkin和wortmannin抑制自噬后检测LC3表达。
验证龙芽草酚B是否阻断自噬流。
检测P62和CTSD表达,使用GFP-RFP-LC3 tandem荧光探针观察自噬流,检测LC3与LAMP2共定位,并使用HCQ处理观察LC3积累。
研究龙芽草酚B是否通过下调MTERF3来调节线粒体自噬。
通过蛋白质组学筛选差异蛋白,Western blot验证MTERF3表达下降,过表达MTERF3后检测LC3、PINK1和Parkin的变化,分子对接预测结合,MG132处理验证蛋白降解。
评估龙芽草酚B与一线化疗药物在患者来源类器官中的联合效应。
构建PDAC患者来源类器官,单独或联合处理Agrimol B和化疗药物(白蛋白紫杉醇、吉西他滨、伊立替康、5-氟尿嘧啶、奥沙利铂),观察类器官形态变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| RPMI-1640培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Vazyme | -- | |
| 药物处理 | 龙芽草酚B | TargetMol | T4S1173 |
| 羟氯喹 | MedChem Express | HY-W031727 | |
| 渥曼青霉素 | MedChem Express | HY-10197 | |
| Mdivi-1 | MedChem Express | HY-15886 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | MedChem Express | HY-B0215 | |
| 白蛋白紫杉醇 | MedChem Express | HY-P99974 | |
| 伊立替康 | MedChem Express | HY-16562 | |
| 5-氟尿嘧啶 | MedChem Express | HY-107856 | |
| 奥沙利铂 | MedChem Express | HY-17371 | |
| 吉西他滨 | Selleck | S1714 | |
| MG132 | Selleck | S2619 | |
| 质粒构建 | Flag-MTERF3质粒 | FulenGen | -- |
| 蛋白质印迹 | 抗caspase 9抗体 | Zenbio | 680095 |
| 抗HADHA抗体 | Zenbio | R24526 | |
| 抗SOD2抗体 | Zenbio | 306028 | |
| 抗ATG7抗体 | Zenbio | R23498 | |
| 抗P62抗体 | Zenbio | 380612 | |
| 抗CTSD抗体 | Zenbio | 380946 | |
| 抗VDAC1抗体 | Zenbio | R26067 | |
| 抗LC3抗体 | Novus | NB100-2220 | |
| 抗MTERF3抗体 | HuaBio | EM1701-29 | |
| 抗LAMP2抗体 | HuaBio | M1603-5 | |
| 抗Parkin抗体 | Proteintech | 14060-1-AP | |
| 抗TIM23抗体 | Proteintech | 11123-1-AP | |
| 抗PINK1抗体 | Abcam | ab216144 | |
| 类器官培养 | MasterAim PDAC类器官试剂盒 | AIMINGMED | -- |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Oriscience | -- |
| PE多功能微孔板检测仪 | BioTek Instruments | -- | |
| EdU检测试剂盒 | RIBOBIO | -- | |
| 钙离子检测 | Fluo-4 AM钙离子探针 | Beyotime | -- |
| 活性氧检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| DNA提取 | NucleoSpin组织DNA提取试剂盒 | -- | -- |
| 线粒体DNA检测 | 人线粒体DNA监测引物组 | Takara | -- |
| 线粒体分离 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime | -- |
| 蛋白质浓度测定 | 即时BCA蛋白定量试剂盒 | Oriscience | -- |
| 质谱分析 | Q Exactive Plus质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 透射电子显微镜 | JEM-1400 FLASH透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | -- | -- |
| 化学发光试剂 | Proteintech | -- | |
| 免疫组织化学 | Leica DM2500显微镜 | Leica | -- |
| 免疫荧光 | 山羊血清 | Beyotime | -- |
| Alexa Fluor二抗 | -- | -- | |
| DAPI | Solarbio | -- | |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- |
| 实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | 4A BIOTECH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | PDAC细胞系PANC-1、AsPC-1、CFPAC-1的培养基(DMEM或RPMI-1640)、血清浓度(10%)、培养条件(5% CO2,37°C) 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(5000细胞/孔)、Agrimol B浓度梯度、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods, Cell proliferation assay; Figure 1E-F |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系(NCG)、周龄(6周)、细胞接种量(1×10^7细胞)、给药剂量(20 mg/kg/day)、给药途径(腹腔注射)、溶剂组成 阅读提示:Materials and methods, Generation of a tumour xenograft model |
| 线粒体功能检测 | Agrimol B处理浓度(10或45 μM)、处理时间(24小时)、检测指标(钙离子、ROS、膜电位、ATP、mtDNA) 阅读提示:Materials and methods, ROS measurement, Mitochondrial membrane potential measurement, ATP measurement, mtDNA measurement; Figure 2 |
| 自噬流检测 | tandem GFP-RFP-LC3转染时间(48小时)、Agrimol B处理时间(24小时)、对照药物rapamycin浓度 阅读提示:Materials and methods, Immunofluorescence staining; Figure 4 |
| 化疗药物联合 | 类器官培养条件、Agrimol B浓度(5 μM)、化疗药物(白蛋白紫杉醇、吉西他滨、伊立替康、5-FU、奥沙利铂)的浓度、处理时间 阅读提示:Materials and methods, PDAC organoid construction; Figure 7 |