临床关联分析
验证吸烟与CRC的关联及因果关系
基于NHANES数据库(1999-2018)进行横断面研究,使用逻辑回归分析吸烟状态、可替宁水平和开始吸烟年龄与CRC的关联;利用GWAS数据进行两样本孟德尔随机化分析,评估吸烟特征对CRC的因果效应。
Smoking promotes colorectal cancer via the CKAP2L/AREG axis.
包含横断面研究和孟德尔随机化分析的临床关联分析,体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭),机制验证(RNA-seq、ChIP、Western blot),以及体内皮下瘤模型等多层级验证。
HCT116细胞 RKO细胞 Caco-2细胞 BALB/c小鼠皮下移植瘤模型
CSE浓度:0.125%和0.25%,处理RKO和HCT116细胞2个月 CKAP2L敲低:shCKAP2L #1和#2;过表达:CKAP2L-OE质粒 AREG敲低:siAREG转染HCT116细胞(50 μM siRNA) STAT3抑制剂Stattic:2 μM处理HCT116细胞24小时 体内模型:4-6周龄雌性BALB/c小鼠,皮下注射2×10^6 CT26细胞,21天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证吸烟与CRC的关联及因果关系
基于NHANES数据库(1999-2018)进行横断面研究,使用逻辑回归分析吸烟状态、可替宁水平和开始吸烟年龄与CRC的关联;利用GWAS数据进行两样本孟德尔随机化分析,评估吸烟特征对CRC的因果效应。
识别与CRC和吸烟相关的关键基因
整合TCGA、GSE200130(bulk RNA-seq)、GSE200997(scRNA-seq)数据,通过差异表达分析、WGCNA分析和RNA-seq(CSE处理HCT116细胞)筛选与CRC和吸烟相关的重叠基因。
验证CSE对CRC细胞恶性表型的影响
用CSE短期和慢性处理CRC细胞,通过CCK8、EdU、Transwell、伤口愈合等实验检测细胞活力、增殖、迁移和侵袭能力,并检测EMT标志物表达。
验证CKAP2L对CRC细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响
在CRC细胞中敲低或过表达CKAP2L,通过EdU、CCK8、集落形成、Transwell、伤口愈合、流式细胞术和蛋白质印迹检测表型变化。
阐明CKAP2L促进CRC进展的分子机制
通过RNA-seq、RT-qPCR、ELISA、ChIP-qPCR和蛋白质印迹探究CKAP2L对AREG表达和STAT3磷酸化的影响,并使用STAT3抑制剂Stattic验证通路。
验证CKAP2L在体内对肿瘤生长的影响
将稳定过表达CKAP2L的CT26细胞皮下注射到BALB/c小鼠,测量肿瘤体积和重量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Pricella; Elabscience Bionovation Inc. | -- | |
| 药物处理 | Stattic | MedChemExpress | HY-13818 |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒8 | Biosharp Life Sciences | BS350C |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 11668027 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 15596026 |
| RT-qPCR | qPCR RT预混液 | Toyobo Co., Ltd. | FSQ-201 |
| SYBR Green实时PCR预混液 | Toyobo Co., Ltd. | QPK-201 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| BCA试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0010S | |
| SDS-PAGE凝胶 | Beyotime Biotechnology | P0012AC | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00001-2 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00001-1 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0018S | |
| ELISA | 人AREG ELISA试剂盒 | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd. | EK0304 |
| ChIP | ChIP检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P2080S |
| 抗STAT3抗体 | Proteintech Group, Inc. | 60199-1-Ig | |
| IgG抗体 | Proteintech Group, Inc. | 30000-0-AP | |
| 蛋白A/G磁珠 | MedChemExpress | -- | |
| EdU检测 | EdU试剂盒 | Biosharp Life Sciences | BL917A |
| 细胞周期分析 | PI/RNase染色缓冲液 | BD Biosciences | 550825 |
| 迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning, Inc. | 3422 |
| 基质胶 | Corning, Inc. | 356234 | |
| RNA测序 | HiSeq Rapid SBS试剂盒v2 | Illumina, Inc. | FC-402-4022 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 横断面研究 | 样本量:37,091名参与者;吸烟状态分组标准;可替宁水平分组:<0.015、0.015-3、3-10、≥10 ng/ml;年龄分组:<20、≥20岁;协变量调整 阅读提示:Materials and methods 部分 'Investigation of the association between smoking and CRC' 及 Figure 1 |
| 孟德尔随机化分析 | IVs选择:P<5×10^-8,r2<0.001,窗口大小10,000-kb;工具变量数目;F统计量≥10;MR方法:IVW、加权中位数、简单众数、加权众数;异质性、多效性、离群值检验 阅读提示:Materials and methods 部分 'Investigation of the association between smoking and CRC' 及 Figure 1 |
| 细胞培养与CSE处理 | 细胞系:SW480、Caco-2、HCT116、RKO、CT26、NCM460、293T;培养基:DMEM+10% FBS;CSE制备方法;CSE浓度:0.125%和0.25%;处理时间:4天(短期)和2个月(慢性) 阅读提示:Materials and methods 部分 'Cell lines and inhibitor' 和 'Construction of cell models treated with CSE' |
| 细胞转染与转导 | 质粒:shCKAP2L #1、#2,CKAP2L-OE,对照质粒;siRNA:siAREG;转染试剂:Lipofectamine 2000;293T细胞包装慢病毒;筛选浓度:嘌呤霉素 2 μg/ml(选择)和1 μg/ml(维持) 阅读提示:Materials and methods 部分 'Cell transfection and transduction' |
| Western blotting | 蛋白上样量:40 μg/孔;一抗及稀释度:参见表SV;二抗稀释度:1:5,000;ECL底物 阅读提示:Materials and methods 部分 'Western blotting' |
| 体内动物实验 | 小鼠品系和性别:4-6周龄雌性BALB/c;体重范围:14-18 g;细胞类型:CT26-CKAP2L-OE和CT26-Vector;细胞数量:2×10^6细胞/小鼠;注射体积:100 μl PBS;观察周期:21天;肿瘤测量频率:每3天 阅读提示:Materials and methods 部分 'Subcutaneous tumor model' 和 Figure 5E |