生物信息学分析与转录组测序筛选关键基因
通过GEO数据分析与转录组测序筛选与巨噬细胞极化和急性排斥相关的核心基因。
分析17例临床肝移植后肝组织样本的RNA-seq数据(8例耐受,9例排斥),鉴定差异表达基因,并进行WGCNA、KEGG富集分析。随后对巨噬细胞及PLAU敲低巨噬细胞进行转录组测序,筛选Ptgs2进行拯救实验。
Downregulated PLAU alleviates acute rejection after liver transplantation by targeting Ptgs2 in macrophages.
包含临床样本检测、大鼠LT模型、体内外基因敲低与过表达拯救实验,以及通路验证等多层级证据。
Lewis→Brown Norway大鼠原位肝移植急性排斥模型 SD大鼠原代肝巨噬细胞 临床LT患者外周血单个核细胞
临床PBMCs动态采集时间点(术前1天及术后1、3、5、7、14天) 大鼠LT模型分组(Sham, 1d, 3d, 5d, 7d, 14d, 7d+Tac, 14d+Tac)及各组样本量(n=6) 体内腺病毒转染剂量:ADV-NC1/ADV-PLAU(1×10^10 PFU/ml,200ul门静脉注射) 体外LPS刺激条件:100 ng/ml,24小时 巨噬细胞纯度>95%及M1极化比例(>90%)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过GEO数据分析与转录组测序筛选与巨噬细胞极化和急性排斥相关的核心基因。
分析17例临床肝移植后肝组织样本的RNA-seq数据(8例耐受,9例排斥),鉴定差异表达基因,并进行WGCNA、KEGG富集分析。随后对巨噬细胞及PLAU敲低巨噬细胞进行转录组测序,筛选Ptgs2进行拯救实验。
评估LT前后PLAU和Ptgs2表达变化及其与AR发生时间的关系。
采集LT患者术前术后外周血,提取PBMCs;建立大鼠LT时间梯度模型,提取肝巨噬细胞,通过RT-qPCR和Western blot检测PLAU和Ptgs2表达,并评估肝组织病理和肝功能。
验证下调PLAU能否减轻大鼠LT后的急性排斥反应。
通过门静脉注射ADV-PLAU敲低供肝PLAU表达,建立大鼠LT模型,评估肝组织病理、血清细胞因子和肝功能、生存率、巨噬细胞极化标志物。
验证Ptgs2过表达是否能逆转PLAU敲低对AR和巨噬细胞极化的影响。
在PLAU敲低基础上,通过门静脉注射ADV-Ptgs2过表达Ptgs2,建立大鼠LT模型,评估病理、细胞因子、肝功能和生存率。
模拟AR的体外微环境,验证LPS刺激对PLAU、Ptgs2表达及巨噬细胞极化的影响。
用LPS刺激SD大鼠原代肝巨噬细胞,检测PLAU、Ptgs2及极化标志物表达,并通过流式细胞术和免疫荧光确认M1极化。
验证PLAU敲低能否抑制LPS诱导的巨噬细胞M1极化。
使用LV-PLAU敲低巨噬细胞PLAU表达,经LPS刺激后检测极化标志物、M1比例等。
验证Ptgs2过表达是否能逆转PLAU敲低对M1极化的抑制作用。
在PLAU敲低基础上,使用LV-Ptgs2过表达Ptgs2,经LPS刺激后检测极化标志物。
验证PLAU/Ptgs2轴是否通过AKT/NF-κB通路调节巨噬细胞极化。
通过RT-qPCR、Western blot和免疫荧光检测LPS刺激、PLAU敲低和Ptgs2拯救后通路关键分子表达及磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMCs提取 | Ficoll分离液 | Solarbio | P8900 |
| 肝巨噬细胞提取 | IV型胶原酶 | Sigma | C5138 |
| Percoll分离液 | Solarbio | P8730 | |
| 细胞培养 | DMEM完全培养基 | Procell | PM150210B |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 他克莫司 | MCE | FK506 |
| 体内转染 | ADV-NC1 | Hanheng Bio | -- |
| ADV-PLAU | Hanheng Bio | -- | |
| ADV-NC2 | Hanheng Bio | -- | |
| ADV-Ptgs2 | Hanheng Bio | -- | |
| 体外转染 | LV-NC1 | Hanheng Bio | -- |
| LV-PLAU | Hanheng Bio | -- | |
| LV-NC2 | Hanheng Bio | -- | |
| LV-Ptgs2 | Hanheng Bio | -- | |
| 药物筛选 | 嘌呤霉素 | Biosharp | BS111 |
| 杀稻瘟菌素 | Hanbio | 20240930 | |
| LPS刺激 | 脂多糖 | Biosharp | BS904 |
| RNA提取和RT-qPCR | TRIzol试剂 | Servicebio | G3013 |
| RT-qPCR | MCE逆转录试剂盒 | MCE | HY-K0511 |
| MCE SYBR Green qPCR预混液 | MCE | HY-K0501 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | SparkJade | EA0002 |
| PMSF溶液 | SparkJade | EA0005 | |
| 磷酸酶抑制剂 | SparkJade | SJ-MK0002 | |
| 蛋白质定量 | BCA法 | SparkJade | EC0001 |
| Western blot | PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme Biotech | PG112 |
| PVDF膜 | Immobilon | IPVH00010 | |
| NcmBlot封闭液 | NCM | P30500 | |
| Oriscience超敏ECL试剂盒 | -- | PD202 | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| CytExpert 2.5.0软件 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞免疫荧光 | 玻璃底细胞培养皿 | Biosharp | BS-15-GJM |
| 含Triton X-100的免疫染色通透液 | Beyotime | P0096 | |
| 山羊血清 | BOSTER | AR0009 | |
| DAPI | Beyotime | P0131 | |
| 激光共聚焦显微镜LSM 900(配备Airyscan 2) | Zeiss | -- | |
| 细胞因子检测 | ELISA试剂盒 | MSKBIO | -- |
| 肝功能检测 | 微量ALT检测试剂盒 | MSKBIO | -- |
| 微量AST检测试剂盒 | MSKBIO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 大鼠肝移植模型构建 | 供体、受体品系(Lewis→BN)、大鼠性别、年龄、体重(12周龄、200-220g)、麻醉剂量(1%戊巴比妥钠40mg/kg)、手术方法(双袖套法)、分组及样本量 阅读提示:Materials and methods: LT model construction and tacrolimus injection |
| 体内基因操作 | 腺病毒载体类型(ADV-NC1, ADV-PLAU等)、注射剂量(1×10^10 PFU/ml,200ul)、注射途径(门静脉)、注射时间(手术时或术前14天) 阅读提示:Materials and methods: In vivo transfection |
| 体外细胞培养与处理 | 原代巨噬细胞来源(SD大鼠)、培养条件(DMEM完全培养基、10% FBS、1%青链霉素,37°C、5% CO2)、LPS浓度(100 ng/ml)及刺激时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods: Liver macrophage extraction and culture; Lipopolysaccharide stimulation |
| 体外基因操作 | 慢病毒载体(LV-NC1, LV-PLAU等)、MOI值(30)、筛选药物(puromycin 6ug/ml, blasticidin 4ug/ml)及筛选时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: In vitro transfection and drug screening |
| 他克莫司处理 | 剂量(0.5 mg/kg体重)、给药途径(肌肉注射)、给药频率(每日一次)、起始时间(术后第一天) 阅读提示:Materials and methods: LT model construction and tacrolimus injection |