单细胞转录组图谱构建
表征HCC肿瘤微环境中的细胞组成和内皮细胞异质性
整合三个scRNA-seq数据集(GSE151530、GSE125449、GSE149614),进行质量控制、聚类和细胞类型注释。
Venous endothelial remodeling mediated by MARCKS promotes angiogenesis and tumor progression in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing.
包含scRNA-seq数据整合分析、预后模型构建、体外细胞功能实验(敲低MARCKS)及体内异种移植模型验证,多层级功能验证。
HUVEC细胞系 Huh7细胞系 B-NDG小鼠皮下异种移植模型 HCC患者肿瘤组织样本
MARCKS敲低效率通过Western blot验证 细胞增殖、迁移和侵袭实验的具体处理时间 体内实验中Huh7和HUVEC的注射比例及细胞数量 肿瘤体积计算公式及测量时间点
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征HCC肿瘤微环境中的细胞组成和内皮细胞异质性
整合三个scRNA-seq数据集(GSE151530、GSE125449、GSE149614),进行质量控制、聚类和细胞类型注释。
确定内皮细胞亚型及其分化轨迹,验证VenECs作为血管生成起始细胞
基于标志基因注释内皮亚型(动脉、毛细血管、淋巴、尖端、静脉),使用Monocle3和Slingshot进行轨迹推断。
开发并验证基于VenECs基因的预后评分模型(VERS)
使用LASSO Cox回归筛选预后基因,构建VERS模型,并在训练和验证队列中评估其预后价值。
评估MARCKS敲低对内皮细胞及肿瘤细胞行为的影响
使用shRNA敲低HUVEC中的MARCKS,进行集落形成、迁移和侵袭实验,并通过条件培养基共培养评估对Huh7细胞的影响。
验证内皮细胞MARCKS敲低对肿瘤生长和血管生成的影响
建立皮下异种移植模型,共注射Huh7细胞和对照或MARCKS敲低HUVEC,测量肿瘤生长,并通过免疫组化检测Ki-67和CD31。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Huh7和HUVEC的培养条件(培养基、血清浓度、抗生素) 阅读提示:Methods: Cell lines |
| MARCKS敲低 | shRNA序列及转染方法、敲低效率验证(Western blot) 阅读提示:Methods: Cell lines and Figure 7A |
| 体外功能实验 | 集落形成、迁移和侵袭实验的具体时间、细胞密度、基质胶等 阅读提示:Figure 7B-D |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别、注射细胞数量、比例、观察时间、肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods: Mouse studies and Figure 8 |
| 免疫组化 | Ki-67和CD31染色的抗体浓度、孵育时间等 阅读提示:Figure 8D-E |