体外药效评估
评估PE对HCC细胞活力、增殖和凋亡的影响
使用CCK-8、集落形成、EdU掺入和TUNEL检测PE对HCCLM3、Hep3B、HepG2细胞的影响。
Pedunculoside Inhibits Hepatocellular Carcinoma Progression by Activating the MAPK Signaling Pathway Through Targeting and Suppressing CDK4.
体外细胞增殖/凋亡实验、异种移植和肺转移模型、急性毒性实验,结合分子对接、CETSA、DARTS及机制验证实验。
HCC细胞系(HCCLM3、Hep3B、HepG2) BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 BALB/c裸鼠肺转移模型
PE处理浓度:体外0、1、2.5、5 μM;体内5、10 mg/kg CDK4敲低和过表达模型的构建 p38通路抑制剂adezmapimod(2 μM)的使用 体内给药方式为腹腔注射,持续29天(异种移植)和20天(肺转移)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PE对HCC细胞活力、增殖和凋亡的影响
使用CCK-8、集落形成、EdU掺入和TUNEL检测PE对HCCLM3、Hep3B、HepG2细胞的影响。
评估PE对HCC肿瘤生长和肺转移的抑制作用
建立BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型和肺转移模型,腹腔注射PE(5和10 mg/kg)或生理盐水,监测肿瘤体积、重量、Ki67表达和肺转移情况。
评估PE的急性毒性
对BALB/c裸鼠单次腹腔注射PE(5和10 mg/kg)或生理盐水,观察14天内动物存活、体重、行为,并检测肝、肾、心脏的组织病理和生化指标。
预测PE作用于HCC的潜在靶点
使用Swiss Target Prediction和PubChem预测PE的靶点,与HCC差异表达基因取交集,构建PPI网络和KEGG通路富集分析。
验证PE与CDK4的直接结合
使用AutoDock Vina进行分子对接,预测PE与CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK4的结合能;使用CETSA和DARTS验证PE与CDK4的直接结合。
验证PE通过抑制CDK4诱导细胞周期阻滞和凋亡
构建CDK4敲低(siRNA)和过表达(质粒)的Hep3B和HepG2细胞模型,结合PE处理,进行细胞周期和凋亡分析。
验证PE通过激活p38 MAPK通路诱导凋亡
进行RNA测序分析PE处理后的转录组变化,并通过Western blot检测MAPK通路蛋白和磷酸化水平,使用p38抑制剂adezmapimod进行功能验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物配制 | 长梗冬青苷 | SelleckChem | CL-S9501 |
| 二甲基亚砜 | MP Biomedicals | 196055 | |
| 玉米油 | Sigma | C8267 | |
| 细胞培养 | 改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| Western blotting | 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | Proteintech | -- | |
| 化学发光剂 | GE ECL | -- | |
| 一抗Bax | Abcam | ab32503 | |
| 一抗Cleaved Caspase 3 | Abcam | ab32042 | |
| 一抗Cleaved Caspase 7 | Abcam | ab256469 | |
| 一抗Cleaved Caspase 9 | Abcam | ab32539 | |
| 一抗c-myc | Abcam | ab32072 | |
| 一抗Bcl-2 | Abcam | ab32124 | |
| 一抗CCNB1 | Abcam | ab32053 | |
| 一抗CCNB2 | Abcam | ab185622 | |
| 一抗CDK1 | Abcam | ab32384 | |
| 一抗CDK4 | Abcam | ab108357 | |
| 一抗P-p38 | Beyotime | AM063 | |
| 一抗p38 | Beyotime | AM065 | |
| 一抗P-ERK | Beyotime | AF1891 | |
| 一抗ERK | Beyotime | AF1051 | |
| 一抗P-JNK | Beyotime | AF1762 | |
| 一抗JNK | Beyotime | AF1048 | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Epizyme | -- |
| 细胞凋亡检测 | TUNEL检测试剂盒 | KeyGEN Biotech | KGA704 |
| Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | HRP-DAB检测试剂盒 | ZsBio | ZLI-9019 |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | -- | -- |
| Fugene 6转染试剂 | -- | -- | |
| pcDNA3.1载体 | GenePharma | -- | |
| 线粒体形态观察 | MitoTracker Red | -- | -- |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 内质网应激检测 | CHOP抗体 | Beyotime | AC532 |
| GRP78抗体 | Beyotime | AF0171 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件(如培养基、FBS浓度) 阅读提示:Materials and Methods, Cell Culture (Section 2.2) |
| 体外药效评估 | PE浓度和处理时间(如0-5 μM,24小时) 阅读提示:Materials and Methods, Cell Viability Assay (Section 2.4)及Figure 1B |
| 细胞周期和凋亡 | PE浓度、细胞周期和凋亡检测方法 阅读提示:Materials and Methods, Cell Apoptosis Analysis (Section 2.18)和Cell Cycle Analysis (Section 2.19) |
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、细胞接种数量、给药方式、剂量和周期 阅读提示:Materials and Methods, Xenograft Assay (Section 2.7)和Lung Metastatic Mice Model Assay (Section 2.8) |
| 靶点验证 | PE浓度、CETSA和DARTS实验条件 阅读提示:Materials and Methods, Cellular Thermal Shift Assay (Section 2.13)和Drug Affinity Responsive Target Stability Assay (Section 2.14) |
| 信号通路验证 | PE浓度、adezmapimod浓度、检测蛋白及磷酸化水平 阅读提示:Materials and Methods, P38 Pathway Inhibition Experiment (Section 2.20)和Figure 9C-E |