分析临床样本中SDF2L1及相关标志物的表达
探究SDF2L1在人类心肌梗死和肺癌组织中的表达及其与ER应激和oxLDL受体的相关性。
利用公开的人类心肌梗死和肺癌空间转录组数据集,分析SDF2L1、ATF6、OLR1、TLR4和MCM8的表达。
SDF2L1 modulates oxLDL-induced endoplasmic reticulum stress, protein aggregation, and O-mannosylation in myocardial infarction and lung cancer.
包含空间转录组分析、细胞系(EA.hy926和A549)敲低/过表达实验、Sdf2l1敲除小鼠体内模型,以及Western blot、qPCR、PROTEOSTAT、ELISA和LC–MS/MS糖蛋白组学等多项验证。
EA.hy926人脐静脉内皮细胞 A549人肺上皮细胞 Sdf2l1基因敲除C57BL/6J小鼠 人类心肌梗死和肺癌空间转录组数据
oxLDL处理浓度10 μg/mL,处理时间48小时 SDF2L1敲低和过表达效率经Western blot和qPCR验证 Sdf2l1基因敲除小鼠经PCR基因分型和Western blot验证 oxLDL体内注射剂量1.4 mg/kg,静脉注射,7天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究SDF2L1在人类心肌梗死和肺癌组织中的表达及其与ER应激和oxLDL受体的相关性。
利用公开的人类心肌梗死和肺癌空间转录组数据集,分析SDF2L1、ATF6、OLR1、TLR4和MCM8的表达。
确认SDF2L1在内质网定位,并探究oxLDL对SDF2L1表达及细胞结构的影响。
在EA.hy926和A549细胞中进行免疫荧光染色观察SDF2L1与Calnexin共定位,并用oxLDL处理,检测SDF2L1表达和细胞结构变化。
探究改变SDF2L1水平是否影响oxLDL诱导的内质网应激和炎症反应。
构建稳定敲低(KD)和过表达(OE)SDF2L1的EA.hy926和A549细胞系,用oxLDL处理后,通过Western blot检测ER应激标志物,qPCR检测炎症和凋亡基因。
探究SDF2L1水平异常是否影响oxLDL诱导的蛋白质聚集。
使用PROTEOSTAT染料检测EA.hy926和A549细胞(对照、KD、OE)在有无oxLDL处理下的蛋白质聚集体形成。
探究SDF2L1是否调节O-甘露糖转移酶含量以及下游TLR4和MCM8的蛋白水平。
通过ELISA检测细胞和组织的总O-甘露糖转移酶(PMT)水平,通过Western blot检测TLR4和MCM8蛋白表达。
验证oxLDL在体内能否诱导SDF2L1表达和ER应激。
给野生型C57BL/6J小鼠注射oxLDL,通过Western blot检测心脏和肺组织中的SDF2L1和ER应激标志物,qPCR检测炎症和凋亡基因。
探究Sdf2l1缺失是否加剧oxLDL诱导的体内病理反应。
对野生型和Sdf2l1敲除小鼠进行oxLDL处理,检测ER应激标志物、炎症和凋亡基因表达、组织病理(H&E染色)以及早期疾病生物标志物。
探究Sdf2l1缺失对蛋白质O-甘露糖化谱的影响,特别是TLR4和MCM8。
对oxLDL处理的WT和Sdf2l1敲除小鼠心脏组织进行LC–MS/MS糖蛋白组学分析,并验证TLR4和MCM8的蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Excell Bio | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 人氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotechnologies | -- | |
| 慢病毒制备 | PLKO.1载体 | Addgene | 8453 |
| HSDF2L1过表达载体 | Pratze Biotechnology | FO143127 | |
| pSPAX2包装质粒 | Addgene | -- | |
| pMD2.G包装质粒 | Addgene | -- | |
| HighGene转染试剂 | Abclonal | RM09014 | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| 蛋白质定量 | Quick Start™ Bradford蛋白质检测试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Merck Millipore | -- |
| ECL化学发光试剂盒 | Oriscience | -- | |
| GE Amersham Imager 600成像系统 | Cytiva | -- | |
| ImageJ | NIH | -- | |
| 免疫荧光 | PROTEOSTAT®蛋白聚集体检测试剂盒 | Enzo Life Sciences | -- |
| Alexa Fluor™ 594 | Invitrogen | -- | |
| Alexa Fluor™ 647 | Invitrogen | -- | |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | -- | |
| Zeiss LSM900共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Oriscience | -- |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 逆转录和qPCR | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- |
| PerfectStart™ Green qPCR预混液 | TransGen Biotech | -- | |
| Applied Biosystems 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ELISA | O-甘露糖转移酶ELISA试剂盒 | -- | PM10684 |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | Vazyme | -- |
| 酶标仪 | BioTek Instruments | -- | |
| LC-MS/MS蛋白质组学 | Orbitrap Fusion Lumos Tribrid质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| FAIMS Pro接口 | Thermo Scientific | -- | |
| Proteome Discoverer软件 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 组织学 | 光学显微镜 | Olympus或Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(EA.hy926和A549)的来源和培养条件;oxLDL浓度10 μg/mL,处理48小时;血清和抗生素浓度。 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 慢病毒转染与稳转细胞构建 | shRNA靶序列;慢病毒包装质粒和转染试剂;polybrene和puromycin浓度;敲低和过表达效率验证。 阅读提示:Methods - Lentivirus preparation and infection |
| 体内动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)和年龄;CRISPR-Cas9敲除策略和基因分型验证;oxLDL剂量1.4 mg/kg、尾静脉注射、7天时间点。 阅读提示:Methods - Generation of Sdf2l1 knockout mice; Animal experiments |
| ER应激和炎症检测 | Western blot抗体(如PERK、IRE1α、ATF6、XBP1)和qPCR引物序列;内参基因(β-actin或GAPDH);统计方法(t检验或ANOVA)。 阅读提示:Methods - Western blot analysis; RNA extraction and qPCR; Statistical analysis |
| 蛋白质聚集检测 | PROTEOSTAT试剂盒使用步骤;固定、透化和封闭条件;共聚焦显微镜设置。 阅读提示:Methods - Immunofluorescence (IF) |
| O-甘露糖化分析 | ELISA试剂盒(PM10684)和LC-MS/MS样品制备;富集方法(麦芽糖修饰硅珠);质谱参数(FAIMS Pro);数据分析软件(Proteome Discoverer)和数据库。 阅读提示:Methods - Detection of O-mannosyltransferase levels; Enrichment and analysis of O-mannose-modified peptides |