患者队列遗传筛查
确定队列中已知致聋基因的突变频率和诊断率。
对3353例样本进行SNPscan检测115个常见突变,675例进行TPS检测180个基因,204例进行WES检测,并评估诊断率。
The landscape of gene mutations in a cohort of 3353 Han Chinese children with nonsyndromic hearing loss.
包含患者队列遗传筛查、敲入/敲除小鼠模型、细胞功能实验及机制研究等多层级证据。
3353例汉族非综合征性听力损失儿童队列 Foxi1N155del/+敲入小鼠 Neu4-/-敲除小鼠 HT22细胞系 HeLa细胞系
SNPscan检测115个已知突变位点 TPS涵盖180个已知耳聋基因 WES平均覆盖深度>100×,>99%区域≥20× ABR检测频率包括4、5.66、8、11.3、16、22.6、32 kHz Neu4敲除小鼠ABR测试在2月龄进行
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定队列中已知致聋基因的突变频率和诊断率。
对3353例样本进行SNPscan检测115个常见突变,675例进行TPS检测180个基因,204例进行WES检测,并评估诊断率。
验证FOXI1 c.479_481del突变的致病性及其机制。
构建Foxi1N155del/+敲入小鼠,进行ABR、OCT、H&E染色检测听力及内耳形态;通过双荧光素酶报告基因实验检测突变对SLC26A4启动子转录活性的影响。
验证NEU4作为候选耳聋基因的致病性。
构建Neu4-/-敲除小鼠和HT22敲除细胞,进行ABR、神经形态分析、神经氨酸酶活性检测、RNA-seq等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因检测 | IDTxGenExomeResearch v2试剂盒 | Integrated DNA Technologies | -- |
| BWA 0.7.17 | -- | -- | |
| GATK (v.4.2.3.0) | -- | -- | |
| 动物实验 | TDT RZ6 | Tucker Davis Technologies | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ChemiDoc™ MP成像系统 | BIO-RAD | -- | |
| Immobilon Western HRP底物 | MilliporeSigma | P90720 | |
| NEU4抗体 | AVIVA | ARP52522_P050 | |
| GAPDH抗体 | ZSGB-BIO | TA-08 | |
| 辣根酶标记山羊抗小鼠IgG | ZSGB-BIO | ZB-2305 | |
| 辣根酶标记山羊抗兔IgG | ZSGB-BIO | ZB-2301 | |
| 免疫荧光 | MAP2抗体 | Sigma-Aldrich | AB5622 |
| Myosin ⅦA抗体 | Proteus Biosciences Inc | 25-6790 | |
| CTBP2抗体 | BD biosciences | 612044 | |
| Tuj1抗体 | Cell Signaling Technology | 5568S | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 驴抗兔Alex647 | Thermo Fisher Scientific | A-31573 | |
| 驴抗兔Alex488 | Thermo Fisher Scientific | A-21206 | |
| 免疫组织化学 | NEU4抗体 | Proteintech | 12995-1-AP |
| HRP偶联二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 组织学 | Olympus BX53显微镜 | Olympus | -- |
| 光学相干断层扫描 | 光学相干断层扫描系统 | THORLABS | -- |
| 原位杂交 | pEASY-T1克隆载体 | Transgen | CT101 |
| DIG RNA标记试剂盒 | Roche | 11175025910 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | CM-0697 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | invitrogen | L3000015 |
| 细胞培养 | 杀稻瘟菌素 | invivogen | ant-bl-05 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| 细胞活力测定 | 细胞计数试剂盒(CCK-8) | Biosharp | BS350A |
| 神经氨酸酶活性测定 | 神经氨酸酶检测试剂盒 | Beyotime | P0306 |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | -- | -- |
| NanoPhotometer® | IMPLEN | -- | |
| Agilent 2100 RNA nano 6000检测试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | -- | NR604-01/02 | |
| NovaSeq 6000平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者招募 | 纳入标准:0-18岁非综合征性听力损失汉族儿童,排除综合征性病例;样本量3353例;采集外周血提取DNA 阅读提示:Methods - Study design and participants |
| 遗传筛查 | SNPscan检测115个常见突变位点;TPS覆盖180个基因;WES平均深度>100×,>99%区域≥20×;变异解读遵循ACMG及ClinGen HLEP指南 阅读提示:Methods - Genetic analysis |
| 动物模型 | Foxi1N155del/+敲入小鼠和Neu4-/-敲除小鼠均基于C57BL/6J背景,通过CRISPR-Cas9构建;动物实验符合伦理审查 阅读提示:Methods - Generation of the Foxi1N155del/+ and Neu4−/− mouse |
| ABR检测 | 麻醉剂量:xylazine 10 mg/kg,ketamine 50 mg/kg;检测频率:4, 5.66, 8, 11.3, 16, 22.6, 32 kHz;阈值定义为可观察到任何波的最低声压级 阅读提示:Methods - Auditory brainstem response (ABR) |
| 细胞实验 | HT22细胞培养条件:DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素;转染试剂:Lipofectamine 3000;敲除筛选:10 μg/ml blasticidin;检测方法:神经氨酸酶活性、CCK-8、Western blot等 阅读提示:Methods - Cell culture and plasmid transfection |