通过Hippo-YAP通路鉴定腺苷高半胱氨酸酶(AHCY)作为鼻咽癌细胞铁死亡的调节因子的生物信息学研究

Bioinformatics identification of adenosylhomocysteinase (AHCY) as a regulator of ferroptosis in nasopharyngeal carcinoma cells via the Hippo-Yes-associated protein (Hippo-YAP) pathway.

作者信息Huizhen Zheng, Xiaodan Wang, Qin Chen
PMID41815160
发布时间2026-02-28
DOI10.21037/tcr-2025-1844

实验完整度

研究包含生物信息学分析(差异表达、WGCNA、机器学习、生存分析、单细胞分析)和体外细胞功能实验(敲低/过表达、铁死亡抑制剂和通路激动剂处理),但缺乏体内和临床验证。

主要模型

鼻咽癌细胞系c666-1 鼻咽癌细胞系NPC/HK1 鼻咽上皮细胞系NP69

重点核对

细胞系来源:NP69来自武汉普诺赛,c666-1和NPC/HK1来自武汉森诺 AHCY敲低使用siRNA(20 nM)转染c666-1细胞,过表达使用pcDNA3.1质粒(1.5 μg)转染NPC/HK1细胞 铁死亡抑制:1 μM Fer-1处理24小时;Hippo-YAP通路激活:10 μM PY-60处理24小时 细胞功能检测:CCK8、流式细胞术、划痕愈合、Transwell实验 铁死亡指标:ACSL4、GPX4蛋白表达,ROS、MDA、GSH水平

摘要

背景:鼻咽癌(NPC)是一种广泛流行的恶性肿瘤,具有明显的转移和复发倾向。铁死亡相关基因(FRGs)在NPC的发病机制中至关重要。本研究旨在采用生物信息学分析方法鉴定影响NPC恶性进展的关键基因,并探讨这些基因的调控机制。方法:从Gene Expression Omnibus下载批量RNA测序数据集(GSE53819、GSE61218、GSE64634、GSE12452和GSE102349)和单细胞RNA测序数据集(GSE150825)。整合生物信息学分析(包括差异表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习和生存分析)以鉴定与NPC相关的关键FRGs。通过Western blot检测腺苷高半胱氨酸酶(AHCY)、酰基辅酶A合成酶长链家族成员4、谷胱甘肽过氧化物酶4、巨噬细胞刺激1和Yes1相关转录调节因子的细胞内表达水平。使用细胞计数试剂盒-8评估细胞活力;通过流式细胞术测定细胞死亡;使用划痕愈合和Transwell实验评估细胞迁移和侵袭。使用荧光探针2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯测定细胞内活性氧水平,并使用相应的检测试剂盒检测丙二醛和谷胱甘肽水平。结果:鉴定出四个关键FRGs——异柠檬酸脱氢酶1、AHCY、内皮PAS结构域蛋白1(EPAS1)和ARHGEF26反义RNA 1。对公开队列的生存分析强调AHCY和EPAS1作为NPC患者生存的潜在生物标志物。我们选择AHCY进行进一步的体外机制分析,发现其在NPC细胞系(NPC/HK1和c666-1)中相对于鼻咽上皮细胞系NP69上调。功能上,c666-1细胞中AHCY敲低抑制细胞迁移、活力和侵袭,并抑制Hippo-Yes相关蛋白(YAP)通路,同时促进铁死亡。相反,NPC/HK1细胞中AHCY过表达增强细胞迁移、活力和侵袭,并促进Hippo-YAP通路,同时抑制铁死亡。用铁死亡抑制剂ferrostatin-1处理AHCY敲低的c666-1细胞可增强细胞活力、迁移和侵袭,而用Hippo-YAP通路激动剂PY-60处理可促进细胞活力、迁移和侵袭,同时抑制铁死亡。结论:我们的体外研究结果表明,AHCY部分通过Hippo-YAP通路抑制铁死亡,从而促进NPC细胞的侵袭和迁移。需要进一步的体内和临床研究来验证这些发现。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些铁死亡相关基因影响鼻咽癌的恶性进展,其调控机制是什么?
核心机制
AHCY通过Hippo-YAP通路抑制铁死亡,从而促进鼻咽癌细胞的侵袭和迁移。
主要证据
体外实验显示,AHCY在鼻咽癌细胞中高表达,敲低AHCY抑制细胞迁移、活力和侵袭,促进铁死亡;过表达AHCY则相反。铁死亡抑制剂Fer-1和Hippo-YAP通路激动剂PY-60处理可逆转AHCY敲低的效果。
研究意义
AHCY可能作为鼻咽癌的潜在生物标志物和治疗靶点,为鼻咽癌的治疗提供新方向。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学筛选关键基因

鉴定与鼻咽癌相关的铁死亡关键基因

从GEO数据库下载多个NPC相关数据集,进行差异表达分析、WGCNA、机器学习(LASSO和SVM-RFE)和生存分析,筛选出4个关键FRGs(IDH1、AHCY、EPAS1、ARHGEF26.AS1),并分析免疫细胞浸润和单细胞表达。

2

验证AHCY在鼻咽癌细胞中的表达

验证AHCY在鼻咽癌细胞系中的表达水平

通过qRT-PCR和Western blot检测NP69、NPC/HK1和c666-1细胞中AHCY的mRNA和蛋白表达。

3

AHCY功能实验

评估AHCY表达对鼻咽癌细胞恶性行为的影响

在c666-1细胞中敲低AHCY(si-AHCY),在NPC/HK1细胞中过表达AHCY(oe-AHCY),检测细胞活力(CCK8)、细胞死亡(流式)、迁移(划痕)、侵袭(Transwell)以及铁死亡相关指标(ACSL4、GPX4、ROS、MDA、GSH)和Hippo-YAP通路蛋白(Mst1、YAP1)。

4

铁死亡抑制剂(Fer-1)处理

验证AHCY是否通过铁死亡影响鼻咽癌细胞恶性行为

用1 μM Fer-1处理AHCY敲低的c666-1细胞,检测细胞活力、死亡、迁移、侵袭及铁死亡标志物。

5

Hippo-YAP通路激动剂(PY-60)处理

验证AHCY是否通过Hippo-YAP通路调节铁死亡

用10 μM PY-60处理AHCY敲低的c666-1细胞,检测YAP1、Mst1、ACSL4、GPX4表达及细胞功能、铁死亡指标。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI 1640培养基SUNNCELLSNLM-516
胎牛血清----
Ferrostatin-1 (Fer-1)----
PY-60----
Lipofectamine 3000Invitrogen--
RIPA裂解液BeyotimeP0013B
BCA蛋白定量试剂盒BeyotimeP0009
AHCY抗体InvitrogenMA5-50036
ACSL4抗体InvitrogenPA5-27137
GPX4抗体Cell Signaling Technology52455
Mst1抗体Cell Signaling Technology3682
YAP1抗体Abcamab52771
GAPDH抗体InvitrogenMA5-35235
UNlQ-10柱式Trizol总RNA提取试剂盒Sangon Biotech--
NanoDrop 2000分光光度计Thermo Fisher Scientific--
Hifair III第一链cDNA合成SuperMixYeasen Biotechnology--
Hieff qPCR SYBR Green预混液Yisen Biotechnology--
QuantStudio 6 Flex系统Thermo Fisher Scientific--
CCK-8溶液BeyotimeC0037
碘化丙啶----
CytoFlex S流式细胞仪Beckman Coulter--
DCFH-DA荧光探针BeyotimeS0033S
MDA检测试剂盒BeyotimeS0131S
GSH检测试剂盒BeyotimeS0055

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
NP69细胞专用培养基、RPMI 1640培养基(含10% FBS)、培养条件(37℃、5% CO2)
阅读提示:Methods - Cell culture
细胞转染
siRNA浓度(20 nM)、质粒量(1.5 μg)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(48小时)
阅读提示:Methods - Cell transfection
药物处理
Fer-1浓度(1 μM)、PY-60浓度(10 μM)、处理时间(24小时)
阅读提示:Methods - Cell culture
功能实验
CCK8细胞数(2×10^4细胞/孔)、处理时间(2小时)、流式PI染色时间(10分钟)、划痕实验细胞数(5×10^5细胞/孔)、Transwell侵袭实验基质胶比例(1:5)等
阅读提示:Methods - CCK8, Flow cytometry, Wound healing, Transwell
铁死亡指标检测
ROS检测孵育时间(30分钟)、激发/发射波长(500/525 nm)、MDA和GSH检测试剂盒的使用
阅读提示:Methods - ROS, MDA, GSH