生物信息学筛选关键基因
鉴定与鼻咽癌相关的铁死亡关键基因
从GEO数据库下载多个NPC相关数据集,进行差异表达分析、WGCNA、机器学习(LASSO和SVM-RFE)和生存分析,筛选出4个关键FRGs(IDH1、AHCY、EPAS1、ARHGEF26.AS1),并分析免疫细胞浸润和单细胞表达。
Bioinformatics identification of adenosylhomocysteinase (AHCY) as a regulator of ferroptosis in nasopharyngeal carcinoma cells via the Hippo-Yes-associated protein (Hippo-YAP) pathway.
研究包含生物信息学分析(差异表达、WGCNA、机器学习、生存分析、单细胞分析)和体外细胞功能实验(敲低/过表达、铁死亡抑制剂和通路激动剂处理),但缺乏体内和临床验证。
鼻咽癌细胞系c666-1 鼻咽癌细胞系NPC/HK1 鼻咽上皮细胞系NP69
细胞系来源:NP69来自武汉普诺赛,c666-1和NPC/HK1来自武汉森诺 AHCY敲低使用siRNA(20 nM)转染c666-1细胞,过表达使用pcDNA3.1质粒(1.5 μg)转染NPC/HK1细胞 铁死亡抑制:1 μM Fer-1处理24小时;Hippo-YAP通路激活:10 μM PY-60处理24小时 细胞功能检测:CCK8、流式细胞术、划痕愈合、Transwell实验 铁死亡指标:ACSL4、GPX4蛋白表达,ROS、MDA、GSH水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与鼻咽癌相关的铁死亡关键基因
从GEO数据库下载多个NPC相关数据集,进行差异表达分析、WGCNA、机器学习(LASSO和SVM-RFE)和生存分析,筛选出4个关键FRGs(IDH1、AHCY、EPAS1、ARHGEF26.AS1),并分析免疫细胞浸润和单细胞表达。
验证AHCY在鼻咽癌细胞系中的表达水平
通过qRT-PCR和Western blot检测NP69、NPC/HK1和c666-1细胞中AHCY的mRNA和蛋白表达。
评估AHCY表达对鼻咽癌细胞恶性行为的影响
在c666-1细胞中敲低AHCY(si-AHCY),在NPC/HK1细胞中过表达AHCY(oe-AHCY),检测细胞活力(CCK8)、细胞死亡(流式)、迁移(划痕)、侵袭(Transwell)以及铁死亡相关指标(ACSL4、GPX4、ROS、MDA、GSH)和Hippo-YAP通路蛋白(Mst1、YAP1)。
验证AHCY是否通过铁死亡影响鼻咽癌细胞恶性行为
用1 μM Fer-1处理AHCY敲低的c666-1细胞,检测细胞活力、死亡、迁移、侵袭及铁死亡标志物。
验证AHCY是否通过Hippo-YAP通路调节铁死亡
用10 μM PY-60处理AHCY敲低的c666-1细胞,检测YAP1、Mst1、ACSL4、GPX4表达及细胞功能、铁死亡指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | SUNNCELL | SNLM-516 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞处理 | Ferrostatin-1 (Fer-1) | -- | -- |
| PY-60 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| AHCY抗体 | Invitrogen | MA5-50036 | |
| ACSL4抗体 | Invitrogen | PA5-27137 | |
| GPX4抗体 | Cell Signaling Technology | 52455 | |
| Mst1抗体 | Cell Signaling Technology | 3682 | |
| YAP1抗体 | Abcam | ab52771 | |
| GAPDH抗体 | Invitrogen | MA5-35235 | |
| qRT-PCR | UNlQ-10柱式Trizol总RNA提取试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Hifair III第一链cDNA合成SuperMix | Yeasen Biotechnology | -- | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | Yisen Biotechnology | -- | |
| QuantStudio 6 Flex系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| CCK8实验 | CCK-8溶液 | Beyotime | C0037 |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| CytoFlex S流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Beyotime | S0055 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | NP69细胞专用培养基、RPMI 1640培养基(含10% FBS)、培养条件(37℃、5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 细胞转染 | siRNA浓度(20 nM)、质粒量(1.5 μg)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(48小时) 阅读提示:Methods - Cell transfection |
| 药物处理 | Fer-1浓度(1 μM)、PY-60浓度(10 μM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 功能实验 | CCK8细胞数(2×10^4细胞/孔)、处理时间(2小时)、流式PI染色时间(10分钟)、划痕实验细胞数(5×10^5细胞/孔)、Transwell侵袭实验基质胶比例(1:5)等 阅读提示:Methods - CCK8, Flow cytometry, Wound healing, Transwell |
| 铁死亡指标检测 | ROS检测孵育时间(30分钟)、激发/发射波长(500/525 nm)、MDA和GSH检测试剂盒的使用 阅读提示:Methods - ROS, MDA, GSH |