多组学表达与预后分析
评估PKMYT1在LUAD中的表达差异及其与预后的关系。
利用TCGA和GEO数据库(GSE10072等)比较肿瘤与正常组织中的PKMYT1表达,进行生存分析(OS、PFS)和Cox回归。
Comprehensive analysis identifies PKMYT1 as an oncogene and potential prognostic and immunological biomarker in lung adenocarcinoma.
包含多组学生物信息学分析、临床样本蛋白验证及体外细胞功能实验(增殖、迁移、凋亡),但缺乏体内动物模型和深入的机制验证。
LUAD细胞系A549 NCI-H1299细胞系 人支气管上皮细胞BEAS-2B 39对LUAD临床组织样本
PKMYT1敲低使用siRNA-521和siRNA-1269,转染浓度为50-60%融合度,转染试剂Lipofectamine 3000 细胞活力检测:CCK-8,接种密度5×10^3细胞/孔 EdU检测:EdU浓度10 μM,孵育2小时 Transwell迁移侵袭:细胞数5×10^4,孵育24小时 凋亡检测:Annexin V-FITC/PI染色
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PKMYT1在LUAD中的表达差异及其与预后的关系。
利用TCGA和GEO数据库(GSE10072等)比较肿瘤与正常组织中的PKMYT1表达,进行生存分析(OS、PFS)和Cox回归。
探索PKMYT1表达与免疫微环境、肿瘤突变负荷及免疫检查点的关联。
使用ESTIMATE和CIBERSORT评估免疫浸润,计算TMB(MuTect2算法),分析免疫检查点基因表达。
验证PKMYT1对LUAD细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的功能影响。
在A549和H1299细胞中通过siRNA敲低PKMYT1,进行CCK-8、EdU、Transwell、划痕和流式凋亡检测。
在临床样本中验证PKMYT1蛋白表达并探讨相关信号通路。
对39对LUAD组织和细胞系进行Western blot,分析EMT、凋亡、MEK/ERK通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995-500BT |
| 胎牛血清 | Baidi Biotech | F801-500 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Beyotime | C0222 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | -- | AG11705 | |
| Accurate PCR试剂盒 | -- | AG11702 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Epizyme | PC101 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme | ZJ101 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 快速封闭液 | Epizyme | PS108P | |
| PKMYT1抗体 | Proteintech | 55098-1-AP | |
| 微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | BF0219 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF6710 | |
| BAX抗体 | Affinity | AF0120 | |
| BCL-2抗体 | Affinity | AF6139 | |
| ERK抗体 | Epizyme | R013501 | |
| 磷酸化ERK抗体 | Epizyme | R011978 | |
| MEK抗体 | Epizyme | R013844 | |
| 磷酸化MEK抗体 | Epizyme | R012258 | |
| ECL检测试剂盒 | Epizyme | SQ201 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖成像试剂盒 | Abbkine | KTA2030 |
| 迁移侵袭 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Beyotime | C0371-5ml | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Key GEN Biotech | KGA1102-50 |
| 细胞培养 | BEAS-2B细胞系 | Baidi Biotech | C5382 |
| A549细胞系 | Procell | CL-0016 | |
| NCI-H1299细胞系 | Procell | CL-0165 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件:BEAS-2B、A549、H1299,DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素,37°C,5% CO2 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 基因敲低 | siRNA序列(siRNA-521和siRNA-1269),转染试剂Lipofectamine 3000,转染时细胞融合度50-60%,转染后48-72小时进行测定 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 细胞增殖 | CCK-8检测:接种密度5×10^3细胞/孔,加入CCK-8后孵育1-2小时,测450nm吸光度;EdU检测:EdU浓度10 μM,孵育2小时 阅读提示:Methods - Cell viability assay 和 EdU incorporation assay |
| 迁移和侵袭 | Transwell实验:细胞数5×10^4,上室无血清,下室10%FBS,孵育24小时;划痕实验:5×10^5细胞/孔,1%血清培养基,观察24和48小时 阅读提示:Methods - Transwell migration and invasion assays 和 Cell scratch assay |
| 凋亡 | Annexin V-FITC/PI染色,流式细胞仪分析 阅读提示:Methods - Flow cytometry analysis of apoptosis |
| 蛋白表达 | Western blot:蛋白提取,BCA定量,抗体稀释比例(如PKMYT1 1:1000),ECL检测 阅读提示:Methods - Western blot analysis |