Ang II刺激HSMCs建立细胞损伤模型
模拟AAA病理环境,观察DKK1及应激相关基因的表达变化
用1 µM Ang II刺激HSMCs 24小时,通过Western blot检测DKK1蛋白表达,RT-qPCR检测IL-1β、GRP-94、GRP-78 mRNA表达
DKK1/SMDT1 participate in Ang II-induced mitochondrial injury of human smooth muscle cells in an abdominal aortic aneurysm cell model.
包含体外细胞实验、Western blot、RT-qPCR、RNA-seq及生信分析,具有明确实验方法和验证结果,但缺乏体内实验及功能验证。
人主动脉平滑肌细胞(HSMCs) Ang II刺激的HSMCs细胞模型
HSMCs细胞株:人主动脉平滑肌细胞,第4-10代 Ang II处理:1 µM,24小时 siDKK1转染:50 nM,转染6小时后换液,48小时验证敲低 RNA-seq分组:NC、siDKK1、NC-Ang II、siDKK1-Ang II,每组两个生物学重复 DEGs阈值:|log2 fold change|≥1且调整后P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟AAA病理环境,观察DKK1及应激相关基因的表达变化
用1 µM Ang II刺激HSMCs 24小时,通过Western blot检测DKK1蛋白表达,RT-qPCR检测IL-1β、GRP-94、GRP-78 mRNA表达
验证DKK1敲低效率,为后续RNA-seq准备样本
转染siDKK1或NC siRNA,通过RT-qPCR检测DKK1 mRNA表达,验证敲低效率
鉴定DKK1沉默后的下游差异表达基因
对四组(NC、siDKK1、NC-Ang II、siDKK1-Ang II)进行RNA-seq,使用DESeq2分析DEGs,Venn分析共表达DEGs,RRA筛选关键基因
验证RNA-seq筛选出的关键基因SMDT1的表达变化
通过RT-qPCR检测Ang II刺激和siDKK1敲低后SMDT1的mRNA表达水平
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 平滑肌细胞培养基 | ScienCell Research Laboratories, Inc. | 1101 |
| 人血管紧张素II | MedChemExpress | HY-13948 | |
| 人主动脉平滑肌细胞 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CP-H081 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Wuhan Boster Biological Technology Co., Ltd. | AR0102 |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | ProteinTech Group, Inc. | P0010 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 | |
| 抗DKK1抗体 | Abcam | ab109416 | |
| GAPDH抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 60004-1-Ig | |
| HRP标记亲和纯化山羊抗小鼠IgG(H+L) | ProteinTech Group, Inc. | SA00001-1 | |
| HRP标记亲和纯化山羊抗兔IgG(H+L) | Beijing Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co., Ltd. | ZB-2301 | |
| Tanon5200化学发光成像系统 | Tanon Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| RT-qPCR | 超纯RNA提取试剂盒 | Jiangsu CoWin Biotech Co., Ltd. | CW0581S |
| Evo M-MLV逆转录预混液 | Accurate Biology Co., Ltd. | AG11706 | |
| SYBR Green Pro Taq HS预混液 | Accurate Biology Co., Ltd. | AG11701 | |
| CFX connect实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 转染 | Lipofectamine RNAi MAX转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| siRNA转染 | 靶向人DKK1的siRNA | Changzhou Ruibo Bio-Technology Co., Ltd. | -- |
| 转染 | 乱序siRNA | Changzhou Ruibo Bio-Technology Co., Ltd. | -- |
| RNA-seq | VAMNE磁珠通用总RNA提取试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | ROA3301 |
| NanoPhotometer NP80超微量分光光度计 | Implen GmbH | -- | |
| Qubit 3.0荧光计 | Life Technologies; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| Agilent 2100 RNA Nano 6000检测试剂盒 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| iQ SYBR Green Supermix | Bio-Rad Laboratories, Inc. | 1708882 | |
| CFX 96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| NovaSeq 6000 S4试剂盒V1.5 | Illumina, Inc. | 20028312 | |
| Illumina NovaSeq测序平台 | Illumina, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | HSMCs细胞株(第4-10代)、培养基、Ang II浓度(1 µM)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods中的'Cell culture and treatment'部分,图1图注 |
| siRNA转染 | siRNA序列、浓度(50 nM)、转染试剂、转染时间(6小时)、敲低验证时间(48小时) 阅读提示:Methods中的'Transfection of HSMCs with small interfering RNA (siRNA) and vector',图2图注 |
| RNA-seq | 分组(NC、siDKK1、NC-Ang II、siDKK1-Ang II)、生物学重复数(2)、RNA提取试剂盒、建库方法、测序平台和读长 阅读提示:Methods中的'RNA sequencing (RNA-seq)' |
| DEG分析 | DEG阈值(|log2 fold change|≥1,调整后P<0.05)、分析软件(DESeq2) 阅读提示:Methods中的'Differentially expressed gene (DEG) analysis' |
| RT-qPCR验证 | 引物序列、内参基因(GAPDH)、定量方法(2-∆∆Cq)、循环条件 阅读提示:Methods中的'RNA extraction and reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR)'和Table I |