PaRG表达和遗传变异分析
分析副凋亡相关基因在RCC中的表达差异和遗传改变。
从TCGA和GSE33371数据中获取RCC和正常样本的转录组数据,对32个PaRGs进行差异表达分析,并分析体细胞突变和拷贝数变异。
Identification of Paraptosis-Related Renal Cell Carcinoma Subtypes, Construction of a Prognostic Signature, and Determination of Tumor Microenvironment Landscape Using Bioinformatic Analysis and Experimental Verification.
包含生物信息学分析(差异表达、共识聚类、LASSO/Cox建模)和体外实验验证(qRT-PCR、Western blot),但缺乏动物实验等高级功能验证。
786-O细胞系 ACHN细胞系 HK-2正常肾上皮细胞系 TCGA-KIRC和GSE33371队列
细胞系:HK-2、786-O、ACHN qRT-PCR和Western blot验证四基因(COL7A1, RNASE2, SLC10A2, APOLD1)表达 批量效应去除:使用sva包合并TCGA和GSE33371 共有亚型:PaRG cluster A/B 和 gene cluster A/B 生存分析:Kaplan-Meier曲线和log-rank检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析副凋亡相关基因在RCC中的表达差异和遗传改变。
从TCGA和GSE33371数据中获取RCC和正常样本的转录组数据,对32个PaRGs进行差异表达分析,并分析体细胞突变和拷贝数变异。
基于PaRG表达将RCC患者分为不同分子亚型,以探索不同亚型的临床和生物学差异。
使用ConsensusClusterPlus进行共识聚类,将患者分为两个PaRG cluster(A和B),并通过PCA、GSVA和ssGSEA分析亚型间的转录组差异和免疫浸润差异。
构建可预测RCC患者预后的基因风险模型。
比较两个PaRG亚型间的差异表达基因,通过单变量Cox回归筛选预后相关基因,再经LASSO和多变量Cox回归构建四基因预后特征。按中位风险评分将患者分为高低风险组,并验证其预后性能。
探讨风险特征与肿瘤微环境、癌症干细胞指数和肿瘤突变负荷的关系。
计算高风险和低风险组的免疫/基质评分,分析风险评分与免疫细胞浸润、CSC指数的相关性,并比较两组间的突变谱。
验证四基因在RCC细胞系中的表达水平,确认其与生物信息学分析的一致性。
在RCC细胞系(786-O和ACHN)和正常肾上皮细胞系(HK-2)中,通过qRT-PCR和Western blot检测COL7A1、RNASE2、SLC10A2和APOLD1的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Gibco | 41500034 |
| RPMI-1640培养基 | Solarbio | 31800 | |
| RNA提取 | FreeZol试剂 | Vazyme | R711-01 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Vazyme | Q222 |
| qRT-PCR | qRT-PCR试剂盒 | Vazyme | MQ102-01 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Solarbio | 329-98-6 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 |
| Western blot | COL7A1抗体 | Proteintech | 19799-1-AP |
| RNASE2抗体 | Proteintech | 18172-1-AP | |
| SLC10A2抗体 | Proteintech | 25245-1-AP | |
| APOLD1抗体 | Biorbyt | orb325529 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与预处理 | 数据来源:TCGA-KIRC和GSE33371;批次效应去除方法(sva包);基因注释平台(如GPL570) 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 亚型鉴定 | 聚类数k=2;ConsensusClusterPlus参数(1000次重复) 阅读提示:Materials and Methods 2.2 |
| 预后模型构建 | 训练/测试集划分比例(1:1);LASSO回归的10倍交叉验证;多变量Cox回归的基因选择 阅读提示:Materials and Methods 2.4 |
| 体外验证 | 细胞系:HK-2, 786-O, ACHN;培养基:MEM(Gibco)和RPMI-1640(Solarbio);qRT-PCR内参β-actin;Western blot抗体稀释比例 阅读提示:Materials and Methods 2.9和2.10 |