构建PUM2敲降细胞模型
验证siRNA敲降PUM2的效率,建立后续实验的基础。
使用siPUM2和siNegative转染H9C2细胞,48小时后通过RT-qPCR和Western blot检测PUM2表达水平。
PUM2 knockdown regulates the expression and alternative splicing of genes associated with myocardial fibrosis in H9C2 cells.
实验包括siRNA敲降、CCK-8、流式凋亡、RNA-seq及RT-qPCR验证,但仅有细胞模型,缺乏体内验证和功能实验,证据层级单一。
H9C2大鼠心肌细胞系
PUM2敲降效率:mRNA表达降低约50%,蛋白水平降低但未统计评估,存在差异 细胞活力检测时间点:48h和72h RNA-seq差异表达基因阈值:P<0.01且fold change>1.5或<0.67 RNA-seq生物学重复数:3个 RT-qPCR验证基因:Adm、Itga8、Rgs2、Plpp3、Ndrg4、Itga11、Tgfbi、Cdh11
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证siRNA敲降PUM2的效率,建立后续实验的基础。
使用siPUM2和siNegative转染H9C2细胞,48小时后通过RT-qPCR和Western blot检测PUM2表达水平。
检测PUM2敲降对H9C2细胞基本生物学功能的影响。
使用CCK-8试剂盒检测48和72小时细胞活力;使用annexin V-APC/7-AAD双染结合流式细胞术检测凋亡。
全面鉴定PUM2调控的基因表达和剪接事件。
提取总RNA,构建链特异性文库,使用Illumina NovaSeq 6000进行150bp双端测序;使用HISAT2比对,DESeq2鉴定DEGs,ABLas分析选择性剪接事件。
验证差异表达基因和选择性剪接事件。
针对8个差异表达基因(Adm、Itga8、Rgs2、Plpp3、Ndrg4、Itga11、Tgfbi、Cdh11)和3个剪接事件(Ppfibp1、Actn1、Tpm1)进行RT-qPCR验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | PM150210 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 青霉素-链霉素 | HyClone | SV30010 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RQ1 DNase | Promega | M6101 | |
| NanoPhotometer N50分光光度计 | Implen | -- | |
| Nanodrop OneC分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA测序文库制备 | Qubit 3.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Qubit RNA宽范围检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q10210 | |
| KC链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Wuhan Kangce Technology | DR08402 | |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Vazyme Biotech | R323-01 |
| T100热循环仪 | Bio-Rad | -- | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | 文中未明确说明 | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Proteintech | PR20001 |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 4693116001 | |
| 蛋白上样缓冲液 | Beijing Solarbio | P1040 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | ISEQ00010 | |
| PUM2抗体 | Abcam | Ab92390 | |
| GAPDH抗体 | ABclonal | A19056 | |
| 肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| HRP标记二抗(抗兔) | Proteintech | SA00001-2 | |
| HRP标记二抗(抗鼠) | ABclonal | AS003 | |
| BeyoECL Moon化学发光试剂 | Beyotime Biotechnology | P0018FM | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Shanghai Yeasen Biotechnology | -- |
| ELx800酶标仪 | BioTek | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Shanghai Yeasen Biotechnology | 40304ES60 |
| BD FACSCanto临床流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| siRNA合成 | siRNA双链 | Shanghai GenePharma | -- |
| 细胞系 | H9C2细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0089 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PUM2敲降模型 | 验证PUM2敲降效率的mRNA和蛋白水平变化,尤其是DSI序列可能只靶向部分转录本,导致mRNA和蛋白敲降程度不一致。 阅读提示:原文Materials and methods: 'Small interfering RNA (siRNA/si) information'、'Cell culture and transfection' 及Results: 'Inhibition of viability in H9C2 cells by PUM2 knockdown' |
| 细胞活力检测 | 确认CCK-8检测的具体时间点(48h、72h)和细胞密度(10,000细胞/孔)以及计算公式。 阅读提示:原文Materials and methods: 'Cell viability assay' |
| 凋亡检测 | 确认凋亡检测的试剂盒和转染后时间点(48小时)。 阅读提示:原文Materials and methods: 'Flow cytometry analysis of apoptosis' |
| RNA-seq实验 | 确认RNA-seq的建库试剂盒、测序平台、参考基因组比对参数、DEG分析阈值(P<0.01, fold change >1.5或<0.67)和生物学重复次数(3个)。 阅读提示:原文Materials and methods: 'RNA extraction and sequencing'、'RNA-seq data and differentially expressed gene (DEG) analysis' 和 'Alternative splicing analysis' |
| RT-qPCR验证 | 确认RT-qPCR的引物序列(Table SI)、内参基因(GAPDH)和分析方法(2-ΔΔCq)。 阅读提示:原文Materials and methods: 'RT-qPCR verification' |