生物信息学筛选差异表达基因和枢纽基因
识别CRC原发灶与肝转移灶之间差异表达的基因,并筛选与转移相关的枢纽基因。
利用GSE14297和GSE6988数据集进行差异表达分析,通过WGCNA构建共表达网络,结合PPI网络分析筛选出ITIH2作为枢纽基因。
ITIH2 in colorectal cancer metastasis: Weighted Gene Co-expression Network Analysis-guided functional validation.
包含体外功能实验(CCK-8、Transwell、克隆形成)、体内小鼠模型、转录组测序及临床样本IHC验证,多个独立证据层级且包含功能与机制验证。
SW480和SW620细胞系(过表达) Caco2和NCI-H508细胞系(敲低) BALB/c小鼠异种移植模型 CRC患者组织样本(30例原发灶和30例肝转移灶)
ITIH2表达水平(qRT-PCR和Western blot验证) 细胞增殖(CCK-8和克隆形成) 迁移和侵袭(Transwell) 体内肿瘤生长(小鼠异种移植) 临床样本中ITIH2表达(IHC和ELISA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别CRC原发灶与肝转移灶之间差异表达的基因,并筛选与转移相关的枢纽基因。
利用GSE14297和GSE6988数据集进行差异表达分析,通过WGCNA构建共表达网络,结合PPI网络分析筛选出ITIH2作为枢纽基因。
验证ITIH2过表达或敲低对CRC细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
通过慢病毒转导构建ITIH2过表达(SW480、SW620)和敲低(Caco2、NCI-H508)的稳定细胞系,进行CCK-8、克隆形成、Transwell迁移和侵袭实验。
揭示ITIH2影响CRC转移的潜在分子机制。
对ITIH2过表达(SW620)和敲低(Caco2)细胞进行RNA-seq,并进行GO/KEGG富集分析。
在动物模型中验证ITIH2对肿瘤生长的影响。
将ITIH2过表达(SW620)和敲低(HT-29)细胞皮下注射入BALB/c小鼠,观察肿瘤体积变化。
评估ITIH2在CRC患者中的表达水平及预后价值。
对30例原发性CRC和30例肝转移组织进行IHC染色,通过ELISA检测血清ITIH2水平,并利用TCGA数据分析ITIH2与生存期的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Pricella | -- | |
| 基因表达验证 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| All-In-One 5X RT预混液 | abm | -- | |
| PrimeScriptTM RT试剂盒 | Takara | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Yamay Biomedical Technology | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗ITIH2抗体 | Affinity Biosciences | DF13454 | |
| β-actin抗体 | Affinity Biosciences | AF7018 | |
| 山羊抗兔抗体 | Affinity Biosciences | S0001 | |
| ECL化学发光试剂 | Millipore | -- | |
| Fluor Chem M成像系统 | Protein Simple | -- | |
| 细胞活性检测 | CCK-8试剂 | Beyotime | -- |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 细胞侵袭 | Matrigel基质胶 | BD Bioscience | -- |
| 免疫组织化学 | 抗ITIH2抗体 | Affinity | DF13454 |
| ELISA | ITIH2标准品 | -- | -- |
| 生物素标记抗ITIH2抗体 | -- | -- | |
| 链霉亲和素-辣根过氧化物酶 | -- | -- | |
| TMB底物 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基、血清、CO2浓度) 阅读提示:Methods 2.5 |
| 基因过表达和敲低 | 慢病毒载体和MOI值 阅读提示:Methods 2.6 |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度和检测时间点 阅读提示:Methods 2.10 |
| 细胞迁移和侵袭 | 细胞数量、血清浓度、Matrigel稀释比例、孵育时间 阅读提示:Methods 2.11 |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系、年龄、细胞注射数量和部位、肿瘤测量时间 阅读提示:Methods 2.13 |
| 免疫组织化学 | 抗体稀释度、评分标准 阅读提示:Methods 2.14 |
| ELISA | 标准品浓度、抗体稀释度、孵育时间 阅读提示:Methods 2.15 |