细菌菌株构建和孢子制备
获得遗传背景明确、功能不同的炭疽芽孢杆菌菌株和纯化的孢子。
使用A16D2 (pXO1+ pXO2-)及其ΔatxA和plcRG突变体,通过CRISPR/Cas9修复plcR基因,制备孢子。
Decoding Virulence Mechanisms of Bacillus anthracis Using a Galleria mellonella Infection Model: Differential Host Response Profiles Elicited by AtxA and PlcR.
研究包含多个独立证据层级:宿主转录组分析、组织病理学、细菌载量测定、细胞毒性实验、ROS检测和RT-qPCR验证,并进行了基因表达和功能验证。
J774A.1小鼠巨噬细胞 大蜡螟幼虫感染模型
感染剂量:1×10^4孢子/幼虫(ROS测定),其他实验使用梯度稀释(1×10^7-1×10^9 CFU/mL) 感染时间:24小时(ROS测定)、48小时(组织病理学和细菌载量) 菌株背景:荚膜缺陷(pXO1+ pXO2-)的A16D2及其突变体(ΔatxA、plcRG) MOI:0.1(J774A.1细胞实验) 样本量:30只幼虫/组(毒力实验),三重复(细胞实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得遗传背景明确、功能不同的炭疽芽孢杆菌菌株和纯化的孢子。
使用A16D2 (pXO1+ pXO2-)及其ΔatxA和plcRG突变体,通过CRISPR/Cas9修复plcR基因,制备孢子。
评估不同菌株对巨噬细胞的直接毒性。
J774A.1细胞与孢子以MOI 0.1共感染8小时,使用CCK-8检测细胞活力。
评估不同菌株在昆虫模型中的致死性和宿主反应。
将孢子稀释液注射到大蜡螟幼虫体内,观察存活率、黑色素化和细菌载量。
观察感染后组织的病理变化和细菌定植情况。
感染48小时后,取幼虫固定、包埋、切片,进行H&E染色和革兰染色,并定量细菌载量。
分析感染后宿主全转录组变化,识别差异表达基因和通路。
提取RNA,构建cDNA文库,Illumina平台测序,使用DESeq2分析差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析。
验证转录组结果并功能验证氧化应激表型。
选取关键基因通过RT-qPCR验证表达,使用商业试剂盒测定感染后24小时幼虫体内的ROS水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞毒性检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 细菌培养 | LB培养基 | -- | -- |
| 孢子制备 | 产孢培养基 | -- | -- |
| 泛影酸钠 | -- | -- | |
| 泛影葡胺 | -- | -- | |
| 动物实验 | 胰岛素注射器 | KRUUSE | 112416C |
| 细菌载量分析 | 蜡样芽孢杆菌显色琼脂平板 | Hopebio | -- |
| RNA提取 | TRIzol®试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 氯仿 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | -- | |
| 异丙醇 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | -- | |
| RNA测序 | SMART-Seq™ v4 RNA试剂盒 | -- | -- |
| RT-qPCR | EasyQuick逆转录预混液 | Yisheng Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 2× Hieff UNICON®通用蓝qPCR SYBR Green预混液 | Yisheng Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| CFX Connect™实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Wuhan Saiwei Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 组织匀浆 | SWE-EP组织匀浆机 | Wuhan Saiwei Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| Western blot | 抗His标签抗体 | -- | -- |
| LF抗体 | -- | -- | |
| PA抗体 | -- | -- | |
| 构建报告菌株 | pHT304-lacZ质粒 | -- | -- |
| β-半乳糖苷酶检测 | Precellys 24匀浆器 | Bertin Technologies | -- |
| ONPG | -- | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 10.1.2 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 菌株构建和孢子制备 | 菌株遗传背景、孢子制备条件(培养基组成、培养温度和时间、纯化步骤) 阅读提示:Materials and Methods 2.1和2.2 |
| 细胞毒性实验 | J774A.1细胞培养条件、细胞接种密度、MOI、感染时间、CCK-8检测步骤 阅读提示:Materials and Methods 2.3 |
| 大蜡螟感染模型 | 幼虫来源和重量、注射剂量和体积、培养温度、观察时间 阅读提示:Materials and Methods 2.4 |
| 组织病理学和细菌载量 | 感染时间、固定方法、切片厚度、染色方法、半定量分级标准、细菌载量测定步骤 阅读提示:Materials and Methods 2.5 |
| 转录组分析 | RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台、差异表达分析阈值(FDR<0.05, |log2FC|≥1) 阅读提示:Materials and Methods 2.6和2.7 |
| RT-qPCR和ROS检测 | RT-qPCR内参基因、引物序列、qPCR程序、ROS检测剂量和时间 阅读提示:Materials and Methods 2.8和2.9 |