生信分析筛选关键基因
鉴定与肝纤维化相关且在PI3K/Akt通路富集的差异表达基因。
利用GEO数据集(GSE77627和GSE33258)进行差异表达分析,与GeneCards中的肝硬化相关基因取交集,并通过KEGG富集分析确定关键通路,最终筛选出LAMC2。
Structural maintenance of chromosome protein 1A exacerbates liver fibrosis by enhancing hepatic stellate cell activation and extracellular matrix synthesis via laminin subunit gamma 2 activation.
包含体内外实验(小鼠模型与LX-2细胞)、功能验证(敲低/过表达)及机制验证(ChIP、双荧光素酶),并利用生信分析,证据层级完善。
CCl4诱导的C57BL/6J小鼠肝纤维化模型 TGF-β1刺激的LX-2人肝星状细胞系
CCl4剂量:1 mL/kg(1:9溶于玉米油),每周两次,持续6周 慢病毒感染:尾静脉注射0.05 mL/只(1×10^9 TU/mL) recilisib处理:10 mg/kg腹腔注射,每天一次,最后3周 LX-2细胞激活:TGF-β1(10 ng/mL)处理24小时 shRNA慢病毒感染:48小时,随后嘌呤霉素筛选(2 μg/mL)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与肝纤维化相关且在PI3K/Akt通路富集的差异表达基因。
利用GEO数据集(GSE77627和GSE33258)进行差异表达分析,与GeneCards中的肝硬化相关基因取交集,并通过KEGG富集分析确定关键通路,最终筛选出LAMC2。
确认LAMC2在肝纤维化模型中的表达水平。
在CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型中,通过免疫组化、RT-qPCR和Western blot检测LAMC2表达。
评估LAMC2敲低对肝纤维化及HSC活化的影响。
在CCl4模型小鼠中尾静脉注射sh-LAMC2慢病毒,通过组织学染色、免疫组化、ELISA和Western blot评估纤维化程度及炎症因子水平。
验证LAMC2敲低是否通过抑制PI3K/Akt通路发挥抗纤维化作用。
在LAMC2敲低模型小鼠中,使用PI3K/Akt激动剂recilisib处理,观察肝纤维化及HSC活化指标的变化。
验证SMC1A是否为LAMC2的上游转录因子。
在LX-2细胞中敲低SMC1A,检测LAMC2表达;通过ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因实验验证SMC1A结合LAMC2启动子并增强其转录活性。
验证LAMC2是SMC1A的下游效应分子。
在敲低SMC1A的LX-2细胞中过表达LAMC2,检测HSC活化标志物、ECM蛋白及PI3K/Akt通路的变化。
验证在体内SMC1A敲低的效果能否被LAMC2过表达逆转。
在CCl4模型小鼠中联合注射sh-SMC1A和LAMC2-oe慢病毒,评估肝纤维化程度和相关分子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | recilisib | MedChemExpress | HY-101625 |
| 细胞培养 | LX-2细胞 | Procell | CL-0560 |
| 高糖DMEM培养基 | Procell | PM150210 | |
| 转化生长因子-β1 | PeproTech Inc. | 100-21 | |
| 组织学染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
| HE染色试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd. | C0105S | |
| DAB辣根过氧化物酶显色试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd. | P0202 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| RT-qPCR | SuperScript IV UniPrime逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 12596100 |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Abcam | ab208348 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Abcam | ab197742 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Abcam | ab222503 | |
| Western blot | 细胞裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| BeyoECL Plus化学发光试剂 | Beyotime | P0018S | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| LRAT抗体 | Proteintech | 12815-1-AP | |
| GFAP抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-16291 | |
| PI3K p85 α抗体 | Abcam | ab86714 | |
| 磷酸化PI3K p85 α (Y607)抗体 | Abcam | ab182651 | |
| Akt1抗体 | Abcam | ab308107 | |
| 磷酸化Akt1 (T308)抗体 | Abcam | ab308100 | |
| HRP标记二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 免疫组化 | LAMC2抗体 | Abmart Shanghai Co., Ltd. | PK08311 |
| α-SMA抗体 | GeneTex, Inc. | GTX100034 | |
| 胶原I抗体 | GeneTex | GTX20292 | |
| 山羊抗兔IgG | Abcam | ab97051 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL4.20基本载体 | Promega Corporation | -- |
| 双荧光素酶检测系统 | Promega | E2920 | |
| ChIP-qPCR | ChIP试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| SMC1A抗体 | Abcam | ab140493 | |
| 兔IgG | Abcam | ab37373 | |
| 免疫荧光 | 胶原I抗体 | ABclonal | A22349 |
| SMC1A抗体 | Abcam | ab243875 | |
| FITC标记山羊抗兔IgG免疫荧光染色试剂盒 | Beyotime | P0186 | |
| 含DAPI的抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0131 | |
| 小鼠抗α-SMA抗体 | Proteintech | 67735-1-Ig | |
| Cy3标记山羊抗小鼠IgG (H+L) | Beyotime | A0521 | |
| 动物实验 | 阿佛丁(三溴乙醇) | -- | -- |
| 网络分析 | jvenn在线工具 | -- | -- |
| 分析 | Hiplot平台 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型诱导 | CCl4剂量(1 mL/kg,1:9玉米油稀释)、给药频率(每周两次)、持续时间(6周)、对照组(玉米油) 阅读提示:参见Methods 2.1 动物研究 |
| 慢病毒感染 | 病毒滴度(1×10^9 TU/mL)、注射剂量(0.05 mL/只)、注射时间(CCl4处理2周后)、注射途径(尾静脉) 阅读提示:参见Methods 2.1 动物研究 |
| PI3K/Akt激动剂处理 | recilisib剂量(10 mg/kg)、溶剂(DMSO)、给药方式(腹腔注射)、频率(每日一次)、时间(最后3周) 阅读提示:参见Methods 2.1 动物研究 |
| 细胞培养与处理 | LX-2细胞来源(Procell)、培养基(高糖DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素)、TGF-β1浓度(10 ng/mL)、处理时间(24小时)、慢病毒感染时间(48小时)、嘌呤霉素浓度(2 μg/mL) 阅读提示:参见Methods 2.2 细胞培养和处理 |
| Western blot检测 | 蛋白裂解液(P0013)、BCA定量(P0010S)、SDS-PAGE凝胶浓度(10%)、一抗稀释比例、二抗稀释比例、曝光试剂(BeyoECL Plus) 阅读提示:参见Methods 2.6 Western blot分析 |