评估2-DG及其衍生物对糖酵解和细胞增殖的影响
验证2-DG、2-FG、2-DG-d是否能抑制A498细胞增殖和糖酵解
用不同浓度的2-DG、2-FG、2-DG-d处理A498细胞,检测细胞增殖、葡萄糖摄取和乳酸产生。
A TXNIP-driven bioluminescent reporter for high-throughput discovery of glycolytic inhibitors against renal cell carcinoma.
包含RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、细胞功能、报告系统构建及验证等多个证据层级,并明确功能验证和机制验证。
A498肾透明细胞癌细胞系 稳定表达TXNIP-Pro-Luc2的A498细胞系 TCGA-KIRC数据集
2-DG、2-FG、2-DG-d处理A498细胞的浓度梯度和时间 RNA-seq分析中2-DG处理浓度(5 mM)和时间(48 h) MLXIP和TXNIP过表达质粒的转染剂量及时间 G418筛选浓度(800 µg/mL) 生物发光成像的荧光素底物浓度和孵育时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证2-DG、2-FG、2-DG-d是否能抑制A498细胞增殖和糖酵解
用不同浓度的2-DG、2-FG、2-DG-d处理A498细胞,检测细胞增殖、葡萄糖摄取和乳酸产生。
确定2-DG在A498细胞中上调的效应基因
RNA-seq分析2-DG处理的A498细胞,RT-qPCR和Western blot验证TXNIP和MLXIP的表达。
验证TXNIP在A498细胞中对糖酵解的抑制作用
过表达TXNIP,检测葡萄糖摄取和乳酸产生。
构建稳定的TXNIP启动子驱动的荧光素酶报告细胞系并验证其功能
将TXNIP启动子克隆至pGL4.19载体,转染A498细胞,经G418筛选获得稳定细胞系,验证荧光素酶活性和响应性。
验证报告系统能否特异、浓度依赖性地响应2-DG及其衍生物
用不同浓度的2-DG、2-FG、2-DG-d处理报告细胞系,检测荧光素酶活性和生物发光信号。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Procell | PM150410 |
| 胎牛血清 | Sangon Biotech | E600001-500 | |
| 磷酸盐缓冲液 | -- | -- | |
| G418 | Solarbio | G8160 | |
| 胰蛋白酶 | Solarbio | T1320 | |
| 细胞转染 | HighGene转染试剂 | ABclonal | RM09014P |
| 质粒构建 | pGL4.19-TXNIP-Pro-Luc2质粒 | Public Protein/Plasmid Library | 20220805 |
| pEZ-M39对照质粒 | GeneCopoeia | EX-NEG-M39 | |
| MLXIP表达质粒 | GeneCopoeia | EX-A1755-M39 | |
| TXNIP表达质粒 | GeneCopoeia | EX-M0226-M39 | |
| RT-qPCR | TXNIP引物 | GeneCopoeia | HSQRP013766 |
| ACTB引物 | GeneCopoeia | HQP108762 | |
| Western blot | 抗MLXIP抗体 | Proteintech | 13614-1-AP |
| 抗TXNIP抗体 | Nature Biosciences | A11682 | |
| 抗Vinculin抗体 | Abclonal | A2752 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abclonal | AS014 | |
| 药物处理 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | SparkJade | SJ-MN0028 |
| 2-脱氧-2-氟-D-葡萄糖 | MedChemExpress | HY-141637 | |
| 2-脱氧-D-葡萄糖-d | MedChemExpress | HY-13966S | |
| Western blot | Western及免疫沉淀裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL检测试剂盒 | ABclonal | RM02867 | |
| RNA提取 | Zymo RNA提取试剂盒 | Zymo Research | TR154-50 |
| RT-qPCR | All-in-One第一链cDNA合成试剂盒 | GeneCopoeia | QP056 |
| BlazeTaq SYBR Green qPCR预混液 | GeneCopoeia | QP031 | |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 生物发光成像 | D-荧光素 | Revvity | 122799A |
| IVIS Lumina LT Series III成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 荧光素酶活性检测 | 荧光素酶检测系统 | Promega | E1910 |
| lumiPro发光检测仪 | Yuanpinghao | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Sangon Biotech | E606335 |
| 代谢检测 | 葡萄糖摄取检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A154-1-1 |
| 乳酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A019-2-1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | A498细胞培养条件:MEM培养基,10% FBS,37°C,5% CO2 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 药物处理 | 2-DG浓度梯度(0, 5, 10, 15 mM);2-FG和2-DG-d浓度梯度(0, 1, 2, 5, 10 mM);处理时间48小时 阅读提示:Results: 图1、图5图注 |
| RNA-seq | 2-DG处理浓度5 mM,时间48小时,每组3个重复 阅读提示:Methods: RNA extraction, RT-qPCR, and RNA-seq analysis |
| 质粒转染 | 转染试剂HighGene,质粒剂量如MLXIP 0-4 µg,TXNIP 0-2 µg;检测时间转染后48小时 阅读提示:Methods: Cell culture, cell transfection |
| 稳定细胞系筛选 | G418浓度800 µg/mL,筛选时间约2-3周 阅读提示:Methods: Stable cell line establishment |
| 生物发光成像 | D-荧光素浓度150 µg/mL,孵育时间5分钟 阅读提示:Methods: Bioluminescent imaging and luciferase assay |