AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H轴:胰腺腺癌中的生物信息学分析、表达验证及其与预后和免疫抑制微环境的相关性

AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H axis: bioinformatics analysis, expression validation, and association with prognosis and immunosuppressive microenvironment in pancreatic adenocarcinoma.

作者信息Kai Sun, Zhi-Xin Song, Xiao-Yun Zhang, Xue-Xing Wang, Song Wen, Ke-Run Wang, Yi-Lian Qiu
PMID41822359
发布时间2026-02-25
DOI10.3389/fcell.2026.1725060

实验完整度

包含多数据库生物信息学分析、RT-qPCR和IHC表达验证,但缺乏功能实验和机制验证,如荧光素酶报告实验和敲低/过表达实验。

主要模型

TCGA、GEO、ICGC、ArrayExpress的PAAD数据集及正常胰腺组织 PANC-1胰腺癌细胞系 HPDE人胰腺导管上皮细胞系 12对PAAD及癌旁组织标本

重点核对

EIF3H表达与预后的关系(总体生存、无进展生存等) EIF3H与hsa-miR-126-5p、AC005034.3的负/正相关 EIF3H表达与免疫细胞浸润(如M1巨噬细胞、CD8+T细胞)的相关性 EIF3H表达与药物敏感性(如MDM2抑制剂、蛋白酶体抑制剂)的相关性

摘要

背景:胰腺腺癌(PAAD)是最致命的人类实体肿瘤之一,以其进展迅速和治疗选择有限而著称。真核翻译起始因子3亚基H(EIF3H)被认为是翻译起始的关键因子,新兴研究表明其可能参与促进肿瘤侵袭和转移。然而,EIF3H在肿瘤中的确切作用仍知之甚少。方法与结果:采用全面的泛癌方法,我们分析了来自癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)、ArrayExpress和国际癌症基因组联盟(ICGC)的数据集。该分析系统地评估了与EIF3H表达相关的预后意义、临床关联、信号通路、免疫浸润谱和化疗敏感性。通过一系列相关、表达和生存分析,我们鉴定了有助于胰腺腺癌(PAAD)中EIF3H上调的非编码RNA(ncRNA)。值得注意的是,我们确定了AC005034.3/hsa-miR-126-5p轴是影响PAAD中EIF3H表达的最有前景的上游ncRNA相关通路。这三个基因在PAAD和正常胰腺组织之间的差异表达通过逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和免疫组织化学(IHC)进一步验证。此外,我们证明了EIF3H表达与PAAD中免疫浸润谱以及化疗敏感性之间存在显著相关性。此外,我们构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行了涉及EIF3H的功能注释。结论:我们的研究结果表明,ncRNA驱动的EIF3H过表达与PAAD的不良预后和肿瘤免疫细胞浸润相关,提示AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H轴可能作为PAAD中有前景的预后生物标志物和治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
EIF3H在PAAD中的表达、预后价值及其上游调控机制和免疫微环境相关性是什么?
核心机制
AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H轴通过ceRNA机制调控EIF3H表达,促进免疫抑制微环境
主要证据
基于TCGA等数据库的生物信息学分析、RT-qPCR和IHC实验验证、免疫浸润和药物敏感性分析
研究意义
AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H轴可能作为PAAD的预后生物标志物和治疗靶点,为联合免疫治疗提供依据

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

EIF3H表达谱与预后分析

评估EIF3H在泛癌及PAAD中的表达差异和预后价值

利用TCGA、GTEx、GEO等数据库分析EIF3H mRNA表达,并进行生存分析

2

上游ncRNA预测与筛选

寻找调控EIF3H表达的miRNA和lncRNA

使用多个数据库预测miRNA和lncRNA,并通过相关性和表达分析筛选

3

RT-qPCR和IHC验证

验证EIF3H、hsa-miR-126-5p和AC005034.3在PAAD组织及细胞系中的表达

对12对PAAD组织进行IHC染色,对PANC-1和HPDE细胞系进行RT-qPCR检测

4

免疫浸润和药物敏感性分析

评估EIF3H表达与免疫细胞浸润及药物敏感性的相关性

使用多种算法分析免疫浸润,并计算EIF3H与药物IC50的相关性

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Procell--
RPMI-1640培养基Procell--
胎牛血清Procell--
TRIzol试剂Vazyme Biotech--
HiScript qRT SuperMix IIYEASEN--
ChamQ通用SYBR qPCR预混液YEASEN--
柠檬酸缓冲液Boster Biological Technology--
HRP标记二抗ZSGB-Bio--
DAB显色剂----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
EIF3H表达分析
TCGA-PAAD样本量、正常组织来源、GEO数据集的选择
阅读提示:Materials and methods 中的 Data processing and differential expression, survival and correlation analysis 部分
RT-qPCR
引物序列、RT-qPCR反应条件、内参基因、细胞系来源
阅读提示:Materials and methods 中的 RNA extraction and RT-qPCR assay 部分
IHC
组织样本来源、抗体浓度、抗原修复条件、定量方法
阅读提示:Materials and methods 中的 Tissue specimen collection and immunohistochemical analysis 部分
免疫浸润分析
算法参数、数据集列表、相关性阈值
阅读提示:Materials and methods 中的 The Association Between EIF3H Expression and Immune Cell Infiltration in PAAD 部分
药物敏感性分析
药物数据库版本、药物列表、相关性方法
阅读提示:Materials and methods 中的 Drug sensitivity of EIF3H in PAAD 部分