EIF3H表达谱与预后分析
评估EIF3H在泛癌及PAAD中的表达差异和预后价值
利用TCGA、GTEx、GEO等数据库分析EIF3H mRNA表达,并进行生存分析
AC005034.3/hsa-miR-126-5p/EIF3H axis: bioinformatics analysis, expression validation, and association with prognosis and immunosuppressive microenvironment in pancreatic adenocarcinoma.
包含多数据库生物信息学分析、RT-qPCR和IHC表达验证,但缺乏功能实验和机制验证,如荧光素酶报告实验和敲低/过表达实验。
TCGA、GEO、ICGC、ArrayExpress的PAAD数据集及正常胰腺组织 PANC-1胰腺癌细胞系 HPDE人胰腺导管上皮细胞系 12对PAAD及癌旁组织标本
EIF3H表达与预后的关系(总体生存、无进展生存等) EIF3H与hsa-miR-126-5p、AC005034.3的负/正相关 EIF3H表达与免疫细胞浸润(如M1巨噬细胞、CD8+T细胞)的相关性 EIF3H表达与药物敏感性(如MDM2抑制剂、蛋白酶体抑制剂)的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估EIF3H在泛癌及PAAD中的表达差异和预后价值
利用TCGA、GTEx、GEO等数据库分析EIF3H mRNA表达,并进行生存分析
寻找调控EIF3H表达的miRNA和lncRNA
使用多个数据库预测miRNA和lncRNA,并通过相关性和表达分析筛选
验证EIF3H、hsa-miR-126-5p和AC005034.3在PAAD组织及细胞系中的表达
对12对PAAD组织进行IHC染色,对PANC-1和HPDE细胞系进行RT-qPCR检测
评估EIF3H表达与免疫细胞浸润及药物敏感性的相关性
使用多种算法分析免疫浸润,并计算EIF3H与药物IC50的相关性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| RPMI-1640培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Vazyme Biotech | -- |
| HiScript qRT SuperMix II | YEASEN | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | YEASEN | -- | |
| IHC | 柠檬酸缓冲液 | Boster Biological Technology | -- |
| HRP标记二抗 | ZSGB-Bio | -- | |
| DAB显色剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| EIF3H表达分析 | TCGA-PAAD样本量、正常组织来源、GEO数据集的选择 阅读提示:Materials and methods 中的 Data processing and differential expression, survival and correlation analysis 部分 |
| RT-qPCR | 引物序列、RT-qPCR反应条件、内参基因、细胞系来源 阅读提示:Materials and methods 中的 RNA extraction and RT-qPCR assay 部分 |
| IHC | 组织样本来源、抗体浓度、抗原修复条件、定量方法 阅读提示:Materials and methods 中的 Tissue specimen collection and immunohistochemical analysis 部分 |
| 免疫浸润分析 | 算法参数、数据集列表、相关性阈值 阅读提示:Materials and methods 中的 The Association Between EIF3H Expression and Immune Cell Infiltration in PAAD 部分 |
| 药物敏感性分析 | 药物数据库版本、药物列表、相关性方法 阅读提示:Materials and methods 中的 Drug sensitivity of EIF3H in PAAD 部分 |