临床样本中CLK1表达验证
验证CLK1在NSCLC患者肿瘤组织中的表达水平与癌旁组织的差异。
收集NSCLC患者肿瘤及癌旁组织,通过免疫印迹和免疫组化检测CLK1蛋白表达。
CLK1 is a potential tumor suppressor for NSCLC by regulating cell proliferation and immune infiltration.
包含临床样本蛋白验证和细胞增殖功能实验,主要依赖生物信息学分析,缺乏体内验证和机制验证。
A549细胞系 H1299细胞系 TCGA-LUAD队列(455例) NSCLC患者组织样本(n=12)
CLK1表达分组基于中位值,高表达组n=318,低表达组n=137 体外过表达使用pHAGE-CLK1慢病毒载体,感染时添加8 μg/mL polybrene,筛选使用2 μg/mL嘌呤霉素 细胞计数和CCK-8实验使用至少三次独立生物学重复,每次包含三次技术重复 临床样本蛋白验证使用免疫印迹和免疫组化,患者样本量为12例 药物敏感性分析主要基于GDSC、CTRP和CellMiner数据库,及特定化合物验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CLK1在NSCLC患者肿瘤组织中的表达水平与癌旁组织的差异。
收集NSCLC患者肿瘤及癌旁组织,通过免疫印迹和免疫组化检测CLK1蛋白表达。
验证CLK1过表达对NSCLC细胞系增殖的影响。
在A549和H1299细胞中稳定过表达CLK1,通过集落形成、细胞计数和CCK-8实验评估增殖。
分析CLK1表达与预后、免疫浸润、突变负荷及药物敏感性的关联。
利用TCGA等公共数据库,进行差异表达、生存分析、免疫浸润评估、TMB比较和药物敏感性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biosharp | -- | |
| 慢病毒包装 | Neofect™ DNA转染试剂 | Neofect™ | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Solarbio | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350A |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Biosharp | BL504A |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Absin | -- |
| 兔抗CLK1抗体 | Proteintech | 20439-1-AP | |
| 兔抗β-actin抗体 | ABclonal | AC038 | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | ABclonal | -- | |
| 增强化学发光检测系统 | Biosharp | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与过表达 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、过表达载体、转染试剂、感染时polybrene浓度、筛选浓度 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 细胞增殖检测 | 接种密度、检测时间点、CCK-8孵育时间、波长、生物学重复数 阅读提示:Methods: Cell growth and cell viability assay |
| 蛋白表达检测 | 组织样本量、抗体稀释比、显色系统 阅读提示:Methods: Immunoblotting analysis; Results: CLK1 suppresses NSCLC cell proliferation in vitro |
| 生物信息学分析 | TCGA队列样本量、分组阈值、差异表达阈值、GSEA参数、免疫浸润算法 阅读提示:Methods: Datasets and data preprocessing; GSEA and functional pathway analysis; Analysis of immune cell infiltration |