FTO表达水平分析
明确FTO在DLBCL中的表达情况及其临床相关性。
利用GEPIA数据库分析DLBCL患者样本中FTO的表达;通过RT-qPCR和Western blot检测DLBCL细胞系中FTO的表达水平。
Fat Mass and Obesity-Associated Protein Contributes to Tumorigenesis and Drug Resistance of Diffuse Large B-Cell Lymphoma by Suppressing N6-Methyladenosine Methylation of Myc.
包含细胞功能验证、机制验证(RIP、MeRIP-qPCR、mRNA稳定性)和体内异种移植模型验证,证据层级独立且完整。
OCI-Ly1细胞系 U2932细胞系 SU-DHL-8细胞系 NOD/SCID小鼠皮下异种移植模型
FTO敲除和敲低对DLBCL细胞增殖和集落形成的影响 FTO过表达对依鲁替尼IC50的影响 FTO与Myc mRNA的直接结合及m6A修饰水平变化 Myc表达对FTO介导的增殖和耐药表型的恢复作用 体内异种移植模型中FTO对肿瘤生长和依鲁替尼耐药的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确FTO在DLBCL中的表达情况及其临床相关性。
利用GEPIA数据库分析DLBCL患者样本中FTO的表达;通过RT-qPCR和Western blot检测DLBCL细胞系中FTO的表达水平。
验证FTO对DLBCL细胞增殖、集落形成和依鲁替尼敏感性的影响。
通过慢病毒转导FTO shRNA或过表达载体,检测细胞增殖(CCK-8)、集落形成和依鲁替尼IC50的变化。
验证FTO是否直接结合Myc mRNA并调节其m6A修饰水平。
通过RIP检测FTO与Myc mRNA的结合;通过MeRIP-qPCR检测FTO敲低或过表达后Myc mRNA的m6A富集水平;通过mRNA稳定性实验(放线菌素D处理)检测Myc mRNA稳定性。
验证FTO对体内肿瘤生长和依鲁替尼耐药的影响,以及Myc在其中的作用。
将稳定表达sgCon或sgFTO的OCI-Ly1细胞注射入NOD/SCID小鼠皮下;将表达LV-Con或LV-FTO的SU-DHL-8细胞注射入小鼠皮下,并给予依鲁替尼或安慰剂处理;通过肿瘤体积和重量评估FTO和Myc的作用。
验证FTO是否通过Myc依赖和非依赖途径发挥功能。
在SU-DHL-8细胞中敲低Myc(Myc-sh1)或过表达Myc(LV-Myc),检测细胞增殖、集落形成和依鲁替尼敏感性变化;在FTO过表达细胞中敲低Myc,观察表型变化;在体内验证Myc敲除和FTO过表达对肿瘤生长的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Iscove改良杜氏培养基 | Gibco | 12440053 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Procell | PB180120 | |
| 质粒构建与转染 | pLKO.1-puro慢病毒载体 | Addgene | 8453 |
| pLVX-Puro慢病毒载体 | Clontech | 632164 | |
| lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 | |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | C0351 | |
| RT-qPCR | MolPure细胞RNA提取试剂盒 | Yeasen | 19231ES50 |
| Hifair AdvanceFast第一链cDNA合成试剂盒 | Yeasen | 11149ES60 | |
| Hieff UNICON高级qPCR SYBR预混液 | Yeasen | 11185ES08 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0038 |
| FTO抗体 | Beyotime | AF6936 | |
| Myc抗体 | GeneTex | GTX628459 | |
| GAPDH抗体 | Beyotime | AF1186 | |
| HRP标记二抗 | Beyotime | A0208 | |
| 化学发光检测试剂盒 | Vazyme | E422 | |
| CCK-8实验 | CCK-8溶液 | Yeasen | 40203ES76 |
| 酶标仪 | Bio-Tek | Synergy | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 倒置光学显微镜 | Olympus | IX73 | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/碘化丙啶凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A211 |
| FACScan流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- | |
| RNA免疫沉淀 | BersinBio RIP试剂盒 | BersinBio | Bes5101 |
| 抗FTO抗体 | Cell Signaling Technology | 14692 | |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab6715 | |
| MeRIP-qPCR | Magna MeRIP m6A试剂盒 | Millipore | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型和血清浓度(FBS 10%或20%);青霉素-链霉素浓度。 阅读提示:Methods 2.2 Cell Culture |
| 基因敲除和过表达 | shRNA和sgRNA序列(见表S1);慢病毒载体(pLKO.1、pLVX、lentiCRISPR v2);嘌呤霉素浓度(1或2 μg/mL)和处理时间(3天)。 阅读提示:Methods 2.3 Plasmid Construction, Cell Transfection, and Lentiviral Infection; Table S1 |
| 细胞增殖和药物敏感性检测 | 细胞接种密度(5×10^3细胞/孔)、处理时间(0-72h)、依鲁替尼浓度梯度(0-32nM)和处理时间(24h);IC50计算方法。 阅读提示:Methods 2.6 Cell Counting Kit-8 Assay; Figure 2C |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系(NOD/SCID)、性别、年龄、体重;细胞注射数量(1×10^7)和途径(皮下);依鲁替尼剂量(6 mg/kg/天)和给药途径(口服);肿瘤体积测量方法(每48h)和观察周期(4周)。 阅读提示:Methods 2.12 Experimental Animals; 2.13 Subcutaneous Xenograft Assay |
| FTO与Myc相互作用验证 | RIP抗体(anti-FTO #14692, anti-IgG #ab6715);MeRIP试剂盒(Millipore);mRNA稳定性实验中的放线菌素D浓度(10 μg/mL)和时间点(0, 50, 100, 150min)。 阅读提示:Methods 2.9 RNA Immunoprecipitation; 2.10 MeRIP-qPCR Assay; 2.11 mRNA Stability Assay |