生物信息学分析
分析P300在DLBCL中的表达与预后相关性及富集通路
利用TCGA数据库获取DLBCL RNA-seq数据,进行生存分析、KEGG和GSEA富集分析。
P300 enhances glycolysis and dox resistance in DLBCL by upregulating HK2 expression through histone lactylation.
体外细胞功能、体内异种移植、挽救实验及ChIP/荧光素酶等机制研究,多层级验证。
SU-DHL-2细胞(Dox敏感DLBCL细胞系) SU-DHL-2/ADM细胞(阿霉素耐药DLBCL细胞系) U-2932细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型
P300过表达或沉默的细胞模型 Dox浓度梯度(0-4 μM)处理24小时 2DG(2 mM)和Fosfructose处理 HK2启动子-200至+1区域组蛋白乳酸化水平 HIF-1结合位点突变对HK2转录活性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析P300在DLBCL中的表达与预后相关性及富集通路
利用TCGA数据库获取DLBCL RNA-seq数据,进行生存分析、KEGG和GSEA富集分析。
验证P300对DLBCL细胞增殖、凋亡和Dox敏感性的影响
在SU-DHL-2中过表达P300,在SU-DHL-2/ADM中沉默P300,通过MTT、流式细胞术检测细胞增殖、存活和凋亡。
评估P300对糖酵解的影响
通过ELISA检测培养上清中乳酸含量,WB检测糖酵解相关蛋白(HK2、GLUT1)表达。
验证P300沉默对DLBCL体内生长和Dox敏感性的影响
将P300稳定沉默的SU-DHL-2细胞或对照细胞皮下注射至裸鼠,给予Dox处理,测量肿瘤体积和重量,通过IHC和TUNEL检测蛋白表达和凋亡。
阐明P300调控HK2表达的分子机制
通过ChIP检测HK2启动子上H3K18la富集,双荧光素酶报告实验验证HIF-1结合位点和转录激活。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 31800105 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| Opti-MEM低血清培养基 | Gibco | 31985070 | |
| 阿霉素 | MedChemExpress | HY-15142A | |
| 细胞处理 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | MedChemExpress | HY-13966 |
| 磷酸果糖 | MedChemExpress | HY-106950 | |
| 细胞培养 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher | 11668019 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 |
| 细胞增殖检测 | MTT试剂 | Sigma-Aldrich | M2128 |
| 细胞处理 | 多柔比星 | Sigma-Aldrich | D1515 |
| MTT检测 | 二甲基亚砜 | Sinopharm Chemical Reagent Co., Ltd. | 30072418 |
| IHC | 柠檬酸盐缓冲液 | Servicebio | G1202 |
| DAB溶液 | Servicebio | G1212 | |
| Western blotting | β-肌动蛋白抗体 | CST | #4970 |
| P300抗体 | affinity | AF5360 | |
| Mcl-1抗体 | CST | #5453 | |
| Bcl-2抗体 | CST | #15071 | |
| Bcl-XL抗体 | CST | #2764 | |
| Bax抗体 | abcam | ab32503 | |
| Bak抗体 | CST | #6947 | |
| HK2抗体 | CST | #2867 | |
| GLUT1抗体 | CST | #12939 | |
| IHC | Ki67抗体 | Santa Cruz | sc-376764 |
| Western blotting | H3K18la抗体 | PTM Bio | PTM-1406RM |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Procell | P-CA-202 |
| ELISA | ELISA检测试剂盒 | MEIMIAN | 12907 |
| Western blotting | BCA蛋白定量试剂盒 | Takara | -- |
| ChemiScope S6化学发光成像仪 | Clinx | -- | |
| TUNEL | TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Abcam | ab66110 |
| ChIP | ChIP检测试剂盒 | Thermo Fisher | 26157 |
| DNA纯化试剂盒 | Omega | D6296-01 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E2920 |
| WB | PVDF膜 | -- | -- |
| 细胞培养 | SU-DHL-2细胞系 | INDIT Bio-Technology Co., Ltd. | YDT-0733 |
| SU-DHL-2/ADM细胞系 | INDIT Bio-Technology Co., Ltd. | YDT-0755 | |
| U-2932细胞系 | INDIT Bio-Technology Co., Ltd. | YDT-0681 | |
| 载体构建 | pcDNA3.1-P300质粒 | Youbio | -- |
| 空pcDNA3.1载体 | Youbio | -- | |
| shRNA-P300 | Tsingke | -- | |
| shRNA-NC | Tsingke | -- | |
| 慢病毒构建 | Lenti-sh-P300慢病毒 | Aikangde Biotechnology Co. LTD | -- |
| Lenti-sh-control慢病毒 | Aikangde Biotechnology Co. LTD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | SU-DHL-2和U-2932使用RPMI 1640培养基,含10% FBS和1% Pen/Strep;SU-DHL-2/ADM需额外添加0.5 µg/mL ADM 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| P300过表达/沉默 | pcDNA3.1-P300转染SU-DHL-2;shRNA-P300转染SU-DHL-2/ADM;转染试剂Lipo 2000 阅读提示:Materials and methods, Transient transfection |
| MTT实验 | 细胞密度2×10³/孔;Dox浓度0-4 µM处理24小时;MTT孵育3小时 阅读提示:Materials and methods, MTT assay |
| 流式凋亡检测 | Annexin V-FITC/7-AAD试剂盒 阅读提示:Materials and methods, Flow cytometry |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠5周龄,注射8×10⁶细胞,Dox剂量1.5 mg/kg,每组6只 阅读提示:Materials and methods, Animal experiments; Figure 3 |
| ChIP实验 | HK2启动子-1000至+200区域,H3K18la抗体,qPCR检测 阅读提示:Materials and methods, ChIP; Figure 6B |
| 双荧光素酶报告基因实验 | HK2启动子-200至+1区域,HIF-1结合位点突变 阅读提示:Materials and methods, DLR assay; Figure 6D |